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[[Datei:Scotty auf Janus VI.jpg|thumb|left|Scott auf Janus VI.]]
Nachdem Sulu ziemlich verwirrt von dem Planeten [[Beta III]] auf die ''Enterprise'' zurück gebeamt wird, beamt Kirk mit einen Außenteam auf die Planetenoberfläche um heraus zu finden was mit Sulu geschehen ist. In dieser Zeit erhält Scott das Kommando über die ''Enterprise''. Es stellt sich schnell heraus, dass die [[Bewohner von Beta III|Bevölkerung]] unter der Kontrolle von einem Wesen namens [[Landru]] stehen. Landru sieht auch in der ''Enterprise'' eine Bedrohung und grreift greift diese mit [[Hitzestrahl]]en an. Scott meldet dies sofort dem Captain und Kirk befiehlt Scott die [[Schutzschild]]e so lange es geht aufrecht zu erhalten. Außerdem befiehlt Kirk Scott Sulu bewachen zu lassen. Wenig später findet Kirk heraus, Landru in Wirklichkeit ein Computer ist. Um die Bewohner aus der Kontrolle von Landru zu befreien und die ''Enterprise'' zu retten ist Kirk gezwungen den Computer Landru zu deaktivieren. ({{TOS|Landru und die Ewigkeit}})
Die ''Enterprise'' bekommt einige Zeit später den Auftrag, diplomatischen Kontakt zu dem Planeten [[Eminiar VII]] aufzunehmen. Kirk und ein Außenteam beamen auf den Planeten, während Scott das Kommando auf der ''Enterprise'' hat. Zu der Zeit befindet sich der Planet Eminiar VII in einem [[Eminiar-Vendikar-Krieg|Computer simulierten Krieg]] mit der Nachbarwelt [[Vendikar]]. In dieser Simulation wird das Landeteam und die ''Enterprise'' als vernichtet registriert. Das Landeteam wird gefangen genommen und der Rest der Crew der ''Enterprise'' soll sich auf den Planeten beamen, um dort zu sterben. Der Ratspräsident von Eminiar VII, [[Anan 7]], versucht die Crew mit der gefälschten Stimme von Kirk auf den Planeten zu locken. Aber Scott bemerkt sofort die Fälschung und lässt sich diese auch vom Computer bestätigen. Anan 7 greift darauf die ''Enterprise'' direkt an, aber die ''Enterprise'' ist durch ihre Schutzschilde geschützt. Schließlich probiert es Anan 7 mit Diplomatie, woraufhin sich der [[Botschafter]] [[Robert Fox]] auf den Planeten beamen will. Er befiehlt Scott die Schilde zu senken. Der Botschafter ahnt nicht, dass Anan 7 die ''Enterprise'', sobald sie die Schilde gesenkt hat, angreifen will. Auf der ''Enterprise'' weigert sich Scott die Schilde zu senken und gerät in einen heftigen Streit mit dem Botschafter. Doch kurz darauf beamt sich Fox mit seinem [[~/Person/TOS/1x23/24|Kollegen]] auf den Planeten. Die beiden werden dort sofort gefangen genommen. Nachdem Kirk sich befreien und die Kontrolle über die Kommandozentrale übernehmen kann, gibt er Scott die Anweisung, dass er den [[Befehl 24]] ausführen soll, falls das Landeteam nicht freigelassen und der Krieg beendet wird. Dieser Befehl beutet, dass die ''Enterprise'' das gesamte Leben auf Eminiar VII vernichten soll. Da Anan 7 immer mehr die Kontrolle verliert gibt er schließlich das Landeteam frei. Botschafter Fox bietet darauf seine Hilfe an und beginnt zwischen Eminiar VII und Vendikar zu vermitteln, damit dieser Krieg endlich beendet wird. ({{TOS|Krieg der Computer}})
Kurz darau wird Scott, wie die gesamte Besatzung, mit der [[Omicron-Spore]] infiziert. Er verlässt seinen Posten und beamt auf den Planeten [[Omicron Ceti III]]. Wenig später wird er aber wieder geheilt und er kehrt auf seinen Posten zurück. ({{TOS|Falsche Paradiese}})
Einige Zeit später folgt die ''Enterprise'' einem Notruf der Bergbaukolonie auf [[Janus VI]]. Die [[Bergmann|Bergleute]] werden dort von einer [[Spezies]] namens [[Horta]] bedrohtfremden Kreatur angegriffen. Kirk beamt darauf mit einem Sicherheitsteam in die Kolonie, um die Kreatur aufzuspüren. Die [[Mutterhorta]] Wenig später sabotiert die Kreatur den Hauptreaktor der Kolonie. Kirk erkundigt sich darauf bei Scott, ob sich an Bord der ''Enterprise'' Ersatzteile für diesen Reaktor befinden, doch Scott verneint dies. Doch Scott kann gelingt es den alten [[PXK-Pergiumreaktor]] provisorisch reparieren, da . Da aber ein wichtiges Ersatzteil fehlt, die [[Umwälzpumpe]], hält seine Konstruktion nur ein paar Stunden. Schließlich Inzwischen gelingt es Kirk und Spock Kontakt , mit der Kreatur, welche sich [[Horta ]] nennt, aufzunehmen und . Die [[Mutterhorta]] hat die Bergleute angegriffen, da diese unbewusst ihre Jungen getötet hat. Nachdem dies geklärt ist gelingt es wird eine friedliche Einigung zwischen der Horta und den Bergleuten gefundenzu finden. ({{TOS|Horta rettet ihre Kinder}})
Ein paar Wochen später gehört Scott zu dem Landeteam, welches auf dem Planeten auf dem der [[Wächter Hüter der Ewigkeit]] lebt geschickt wird. Nachdem McCoy durch den Wächter Hüter in die Vergangenheit gesprungen ist und sie verändert hat, verschwindet auch die ''Enterprise''. Kirk und Spock versuchen die [[Zeitlinie]] wieder herzustellen. Im Fall ihres Scheiterns sollen Scott und die anderen sich eine Epoche in der Geschichte der [[Erde]] aussuchen in der sie eine Möglichkeit zum Leben haben. Kirk und Spock können jedoch, zu Scotts verwunderung die Zeitlinie schnell wieder herstellen. ({{TOS|Griff in die Geschichte}})
[[Datei:Scotty Pollux IV.jpg|thumb|Scott nach dem Angriff von Apoll.]]
