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Einige Wochen später empfängt die ''Enterprise'' einen Notruf von [[Triadus]]. Alle Wissenschaftler auf den Planeten sind tot, nur die Kinder haben Überlebt und werden an Bord gebracht. Die Kinder sollen auf eine Kolonie zu ihren Verwandten gebracht werden aber [[Gorgan]], welcher für den Tod der Wissenschaftler verantwortlich ist verleitet die Kinder, die ''Enterprise'' zu kontrollieren und mit den Schiff nach [[Markus 12]] zu fliegen. Durch Illusionen glaubt die Crew, dass das Schiff sich im Orbit von Triadus befindet, aber in Wirklichkeit fliegt das Schiff nach Markus 12. Scott merkt als einer der ersten das etwas nicht stimmt. Als er den Antrieb kontrollieren möchte, wird er von einem seiner Untergebenen attackiert. Kirk kann später Gorgan mit Hilfe der Kinder besiegen und übernimmt darauf die Kontrolle über die ''Enterprise''. ({{TOS|Kurs auf Marcus 12}})
Einige Zeit später wird Scott mit der übrigen Besatzung betäubt, als Spock sein [[Gehirn]] gestohlen wird. Scott gehört auch zum Außenteam welches auf [[Sigma Draconis VI]] beamt, um Spocks Gehirn zu finden. Dort wird er mit den anderen von [[Kara (Eymorg)|Kara]] gefangen genommen und betäubt. Das Außenteam bekommt einen Gürtel, welcher Schmerzen verursacht. Kurz darauf kann das Außenteam sich befreien und mit Hilfe der [[Eymorc]] Technologie kann Spock gerettet werden. ({{TOS|Spock's Gehirn}})
[[Datei:Scotty streitet sich.jpg|thumb|left|Scott streitet sich mit einem Crewmitglied.]]
