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Die ersten drei Monate im [[Dominion-Krieg]] verlaufen schlecht für die Föderation und die Klingonen. Die Sternenflotte verliert eine Schlacht nach der anderen und auch O'Brien ist wegen des schlechten Kriegsverlauf verzweifelt. Schließlich wird die ''Defiant'' zur [[Sternenbasis 375]] beordert. Dort angekommen bekommt Captain Sisko von Admiral [[William Ross]] den Auftrag mit einem erbeuteten Jem'Hadar-Angriffsjäger ein Ketracel-White Lager des Dominions zu vernichten. Siskos Offiziere üben zwei Wochen auf dem Schiff, um sich mit der Steuerung vertraut zu machen. O'Brien vermisst Replikatoren an Bord des Schiffes, da er sich nicht die ganze Zeit von Feldrationen ernähren möchte. Unter dem Kommando von Sisko beginnt die Mission und es gelingt ihnen das Vorratslager des Dominions zu vernichten. Aber durch einen Unfall wird das Schiff schwer beschädigt und der Warpantrieb fällt aus. Somit sind Sisko und seine Crew im Dominionraum gestrandet. ({{DS9|Zeit des Widerstands}})

Während des langen Heimfluges wird Siskos Schiff vom Dominion entdeckt und Angegriffen. Sisko gelingt es zwar in einem [[Nebel]] aus [[Dunkle Materie|dunkler Materie]] zu entkommen, aber dort stürzt das Schiff auf einen Planeten. Trotz der katastrophalen Situation muss O'Brien lachen, da auch noch seine [[Hose]] gerissen ist. Währenddessen erkunden Nog und Garak die Gegend, als diese plötzlich von Jem'Hadar angegriffen und gefangen genommen werden. Es stellt sich heraus, dass diese Gruppe Jem'Hadar und ihr Vorta [[Keevan]] ebenfalls auf dem Planeten gestrandet sind. Keevan ist schwer verletzt und verlangt für die Freilassung von Nog und Garak den Kommandanten und einen Arzt als Austausch. Sisko stimmt den Gefangenenaustausch zu, um seine Männer zu retten. Sisko und Bashir werden zu Keevan gebracht und dort muss Bashir den schwer verletzten Keevan behandeln. Bashir operiert Keevan und Bashir gelingt die Operation. Zum Dank verrät Keevan Sisko die Wahrheit, dass er kaum noch Ketracel-White Vorräte hat und bald nicht mehr seine Jem'Hadar kontrollieren kann. Keevan erklärt Sisko, dass er seine Soldaten in eine Falle laufen lassen will, da diese ansonsten auch für ihn gefährlich werden. Keevan will damit erreichen, dass er so von Sisko gerettet wird. Bei den darauffolgenden Kampf werden alle Jem'Hadar getötet und Keevan liefert sich freiwillig an Sisko aus. ({{DS9|Entscheidungen}})

Kurz darauf werden Sisko und seiner Crew von Worf und General Martok gerettet. Die Offiziere verbringen einige Zeit auf der ''Rotarran''. Als die ''Rotarran'' schließlich Sternenbasis 375 erreicht, sind vor allem O'Brien und Bashir froh kein klingonisches Essen und Gesänge mehr hören zu müssen. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Kurz darauf bereitet Captain Sisko auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als O'Brien und Bashir wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zu spielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage?}})

Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. O'Brien denkt sofort an eine Junggasellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muss O'Brien vier Tage in der Hitze fasten und dies zerrt sehr an seinen Kräften. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir schließlich vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen O'Brien und Bashir über glühende [[Kohle]]n hängen und beide schwören sich bei Worf für diese Qualen zu rächen. Doch durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Als dies O'Brien und Bashir erfahren, freuen sie sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Beide begeben sich darauf in Quarks, um dort etwas zu essen. Doch als Quark den beiden das Essen vorbei bringt, hält sie Sisko vom Essen ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. O'Brien und Bashir können es nicht erwarten zu schlagen zu können und O'Brien fragt Martok ständig wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen O'Brien und Bashir endlich auf Worf einschlagen und beide stürzen sich auf Worf, um sich für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten, zu rächen. ({{DS9|Klingonische Tradition}})

Einige Zeit später meldet O'Brien, dass sich jemand von einem unbekannten Ort auf die OPS beamt. Dieser jemand ist [[Bareil Antos (Spiegeluniversum)|Bareil Antos]] aus dem Spiegeluniversum und er entführt Kira. Doch Kira kann Bareil schnell überwältigen und nach einiger Zeit kehrt dieser ins Spiegeluniversum zurück. ({{DS9|Erkenntnis}})

Bashir bekommt kurz darauf den Auftrag sich um eine Gruppe [[Augment|genetisch aufgewerteten Menschen]] zu kümmern und diesen bei der Resozialisierung zu helfen. Er soll ihnen zeigen, dass auch genetisch aufgewerteten Menschen ein normales Leben führen können. So trifft Bashir auf [[Jack (24. Jahrhundert)|Jack]], [[Lauren]], [[Patrick]] und [[Sarina Douglas]] und Bashir beginnt mit ihnen zusammen zu arbeiten. Die Gruppe beschwert sich über ein Geräusch und Bashir ruft O'Brien zur Hilfe, dass er nach der Ursache des Geräuschs forscht. Doch O'Brien hört nichts. Mit Hilfe der Gruppe findet O'Brien den Fehler und beseitigt diesen. Nach einigen Erfolgen feiert die Gruppe und O'Brien kommt plötzlich hinzu, um eine unerwartete Reparatur durch zu führen. Als Patrick mit O'Brien feiern will, lehnt er ab und Patrick fängt sofort zu weinen an. Die Gruppe erkennt sofort, dass keine Repartur notwenig ist und O'Brien dies nur vorgegeben hat, um etwas Zeit mit Bashir zu verbringen. Kurz darauf später errechnet Bashir mit der Gruppe, dass die Föderation den Krieg gegen das Dominion verlieren wird. O'Brien glaubt die nicht, da es sich nur um Berechnungen handelt und mit der Zeit sieht Bashir ein, dass O'Brien recht hat. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})

Wenige Wochen später unternimmt die ''Defiant'' erfolgreich die erste Mission im cardassianischen Raum seit dem Ausbruch des Krieges. Darauf können O'Brien, Dax und Bashir von ihrer erfolgreichen Mission im Quarks berichten. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})

Als Morn scheinbar ums Leben gekommen ist, ist O'Brien entsetzt als dieser von Morns Tod erfährt. Später besucht O'Brien die Gedenkfeier von Morn. Allerdings hat O'Brien kein Geschenk dabei, obwohl dies bei einer [[Lurianer|lurianischen]] Gedenkfeier Sitte ist. Quark verkauft O'Brien bei der Gedenkfeier ein überteuertes Getränk, damit dieser auch ein Geschenk für die Gedenkfeier hat. Zu ehren von Morn hält kurz darauf O'Brien den Platz von Morn warm. Später stellt sich heraus, dass Morn seinen Tod nur vorgetäuscht hat. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})

Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraumkompressionsanomalie|Subraum-Kompressions-Phänomen]]. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch diese Anomalie werden allerdings auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Doch durch den Effekt der Anomalie werden das Runabout und dessen Crew ebenfalls geschrumpft. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Dadurch bricht der Kontakt zwischen dem Runabout und der ''Defiant'' ab und das Runabout treibt in der Anomalie. Doch dem Runabout gelingt es einen Weg aus der Anomalie zu finden, doch es ist immer noch winzig klein. Das Runabout fliegt zwar aus der Anomalie, ist aber immer noch winzig klein. Da das Runabout keinen Kontakt zur Defiant herstellen kann, fliegt dieses durch den Impulsschacht in die ''Defiant'' hinein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko und seine Crew versuchen währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Dax und O'Brien erkennen, dass Sisko es nicht allein schafft und Hilfe benötigt. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und versuchen dort die Computerkontrolle frei zu schalten. Mit viel Mühe schaffen es die beiden die Kontrolle frei zu schalten. Sisko gelingt es dadurch die Kontrolle über das Schiff wieder zu erlangen, doch dabei wird er von den Jem'Hadar entdeckt. Das Runabout greift darauf die Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff vollständig zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' werden Bashir, Dax und O'Brien wieder auf ihre normale Größe gebracht. Allerdings bemerken Bashir und O'Brien, als sie neben [[M'Pella]] stehen, dass sie noch nicht ganz ihre normale Größe erreicht haben. Darauf begeben sich beide eiligst auf die Krankenstation. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

Wenig später muss O'Brien für den [[Geheimdienst der Sternenflotte]] arbeiten. Der Geheimdienst sucht nach einen Informaten aus der Sternenflotte, welcher heimlich für das [[Orion-Syndikat]] und disen Informationen weiter gibt. Aufgrund seiner technischen Kenntnissen wird O'Brien für diese Mission ausgewählt. O'Brien bekommt den Auftrag das Orion-Syndikat auf [[Farius Prime]] zu [[Infiltration|infiltrieren]] und so den heimlichen Informanten der Sternenflotte zu finden. O'Brien nennt sich [[Connelly]], welcher als gescheiteter Techniker auf Farius Prime lebt. Nach einige Zeit gelingt es O'Brien das Vertrauen von [[Liam Bilby]], einem hochrangigen Mitglied des Syndikats, zu gewinnen. Bilby erkennt das technische Talent von O'Brien und bittet ihn einige klingonische [[Disruptor]]en zu reparieren. Mit der Zeit findet O'Brien herraus, wer der geheime Informat ist und übermittelt dies der Geheimdienst. Allerdings findet O'Brien auch herraus, dass das Syndikat für das Dominion arbeitet. Obwohl O'Brien nur noch nach Hause will, bekommt er von [[Chadwick]] den Auftrag das Syndikat weiter zu infiltrieren. O'Brien setzt mit der Zeit seine Mission fort und während seiner Arbeit lernt O'Brien Bilby besser kennen und freundet sich mit diesen an. Zur selben Zeit erfährt O'Brien, dass das Dominion plant mit Hilfe des Syndikats den klingonischen Botschafter auf Farius Prime mit den gestohlenen klingonischen Waffen tötet. Dieser Angriff soll aussehen, als ob ein feindliches klingonisches Haus für den Angriff verantwortlich ist und das durch diesen Konflikt die Klingonen sich vorerst aus dem Krieg zurück ziehen. O'Brien warnt sofort Chadwick vor diesem Angriff und Chadwick will die Klingonen informieren. Chadwick will Bilby in eine Falle laufen lassen, doch O'Brien kann dies nicht seinen Gewissen vereinbaren. Als Chadwick erkennt, dass O'Brien mit Bilby symphatisiert, will er O'Brien von der Mission abziehen. Doch O'Brien schlägt Chadwick nieder und warnt Bilby vor dieser Falle. Als Bilby O'Brien nicht glaubt, gibt er seine wahre Identität preis. Doch Bilby hat keine Wahl, da er für O'Brien bei seinen Vorgesetzten gebürgt hat und nicht vor den Syndikat fliehen kann. Um seine Familie zu schützen begibt sich Bilby auf diese Selbstmordmission und kommt dabei um. O'Brien kehrt nach dieser Mission auf die Station zurück und kümmert sich dort um die Katze [[Chester]], welche bisher Bilby gehört hat. ({{DS9|Ehre unter Dieben}})

Wenig später beobachten O'Brien und Worf wie Dax und Quark [[Tongo]] spielen. Beide schließen eine Wette auf dem Sieger ab. O'Brien, welcher auf Quark setzt gewinnt die Wette. Als O'Brien das spiel beobachtet, bekommt er Lust auch mal wieder Tongo zu spielen, da er es langer Zeit selbst mal Tongo gespielt hat. Während O'Brien übt bittet er Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spieler und hat zu dieser Zeit eine Glückssträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Bashir willigt ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel, bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir Dax noch immer liebt, ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel und O'Brien ist enttäuscht, dass Bashir auf Quark hereingefallen ist. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Kurz darauf schlägt O'Brien Bashir vor, in der Holosuite die [[Schlacht von Alamo]] nach zu spielen. Anfangs ist Bashir wenig begeistert eine Schlacht zu spielen bei der sie verlieren werden, aber bald darauf wird dieses [[Alamoprogramm|Programm]] das Lieblingsprogramm der beiden. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})

Einige Zeit später bekommt Bashir von seinem Freund [[Felix]] das Programm [[Bashir 62]] mit [[Vic Fontaine's Lounge]] und der Holofigur [[Vic Fontaine]]. Bashir ist so begeistert von dem Programm, dass er es kurz darauf seinen Freunden präsentiert. Fontaine bemerkt bei O'Brien sofort, dass ihm seine Frau fehlt und O'Brien sich im Vics umschauen kann. Fontain erklärt O'Brien das er sich zwar umsehen darf, aber aufgrund seiner Frau nicht anfassen darf. ({{DS9|Auf seine Art}})

Einige Wochen später fällt in Quarks Bar der Replikator aus. Quark meldet dies sofort O'Brien, damit er Nog schickt, welcher sich um den Replikator kümmern soll. Doch statt Nog erscheint Dax, welche Nog einen Gefallen schuldig ist und ihn vertritt. ({{DS9|Valiant}})

Da Deep Space 9 mittlerweile realtiv sicher ist, holt O'Brien seine Familie zurück auf die Station. Kurz darauf macht die Familie ein [[Picknick]] auf dem Planeten [[Golana]], doch dabei stürzt Molly in ein [[Zeitportal]]. O'Brien versucht seine Tochter festzuhalten, doch sie stürzt durch das Portal und wird 300 Jahre in die Vergangenheit versetzt. Ein Wissenschaftsteam von Deep Space 9 versucht das Portal wieder zu aktivieren, um das Kind aus der Vergangenheit zu retten. Man versucht sie aus der Vergangenheit durch das Portal zurück ins 24. Jahrhundert zu beamen, dies gelingt zwar auch, allerdings ist diese Molly zehn Jahre älter. Diese Molly ist verwildert und allein auf dem Planeten aufgewachsen und kann sich nicht mehr an ihre Eltern erinnern. Die O'Briens nehmen sie mit auf die Station und versuchen sich um ihre Tochter zu kümmern. Mit der Zeit gelingt es den beiden Eltern langsam wieder Kontakt mit ihrer Tochter aufzunehmen. Doch Molly fällt es trotz der liebevolle Fürsorge ihrer Eltern schwer an ihre neue Umgebung zu gewöhnen, sie will wieder zurück in die freie Natur auf Golana. Ihre Eltern können ihr zwar kurzzeitig mit einem [[Golana (Holoprogramm)|Holoprogramm von Golana]] helfen, aber dies ist nur eine kurzfristige Lösung, da sich Molly nicht nicht nicht an das Leben auf Deep Space 9 gewöhnen kann. Die Sternenflotte beschließt darauf Molly nach [[Dalvos Prime]] zu bringen, damit sie dort in einer [[Psychiatrie]] betreut wird. Doch das wollen die O'Briens nicht zulassen. Sie bringen Molly zurück nach Golana, damit Molly dort durch das Zeitportal gehen und in der Vergangenheit glücklich leben kann. Doch als die 18-jährige Molly durch das Portal zurück reist, trifft sie dort ihr achtjähriges Ich und schickt dieses durch das Portal zurück ins 24. Jahrhundert. Das achtjährige Mädchen kehrt zu ihren Eltern zurück und die Familie ist wieder glücklich vereint. ({{DS9|Das Zeitportal}})

=== 2375 ===

Nach dem Ende des Dominion-Kriegs kehrt er mit seiner Familie zur Erde zurück, um dort der Tätigkeit eines Dozenten der Sternenflottenakademie nachzugehen. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})