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Wenig später kauft Quark ein Schiffswrack. Doch in den Trümmern befindet sich ein Baby einer unbekannten Spezies. Bashir untersucht das Baby, kann aber die Spezies nicht feststellen. O'Brien untersucht inzwischen das Wrack, um so die herkunft des Babys zu ermitteln. Später stellt sich heraus, dass der Junge ein Jem'Hadar ist. Wenig später bringt Odo den jungen Jem'Hadar zu seinem Volk zurück. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})
Kurz darauf arbeiten O'Brien und Jake Sisko im alten [[Erzverarbeitungszentrum]], um dieses umzurüsten. Commander Sisko kommt hinzu, um zu sehen wie beide voran kommen. Als O'Brien den Computer der Anlage löschen will, aktiviert er das noch vorhandene [[Antirebellionsprogramm]] und eine Aufzeichnung von Dukat erscheint und er fordert die Rebellen auf sich zu ergeben. Zeitgleich werden die Drei eingesperrt und alle Programme auf der Station fallen aus. O'Brien versucht alles um das Programm deaktivieren, doch ohne cardassianischen Sicherheitscode funktioniert dies nicht. Da das Programm nicht deaktivieren lässt, wird [[Neurozingas]] in die Kammer gelassen. Im letzten Moment gelingt es Jake Sisko eine Luke in einer Erzrutsche zu öffnen durch die Sisko und O'Brien entkommen können. Doch dies aktiviert die nächste Stufe des Antirebellionsprogramms und überall auf der Station werden Kraftfelder aktiviert und die Kommunikatoren fallen aus. Die Aufzeichnung von Dukat droht den Habitatring mit Neurozingas zu fluten. Da dies durch die Lebenserhaltung geschieht beschließen die Offiziere auf der Ops diese zu deaktivieren, doch dies aktiviert die nachste Stufe des Antirebellionsprogramms und die Selbstzerstörung der Station wird aktiviert. Inzwischen können Sisko sein Sohn und O'Brien aus der Erzverarbeitungsanlage entkommen und erfahren von der bevorstehenden Selbstzerstörung der Station. Um die Selbstzerstörung zu deaktivieren, versuchen die Drei den Hauptreaktor zu deaktivieren. Allerdings müssen sie um dorthin zugelangen durch einen Wartungsschacht. Sisko und O'Brien kriechen hindurch, um an den Reaktor zu gelangen, doch plötzlich bricht eine Leitung und O'Brien wird dabei verletzt. Sisko begibt sich weiter zum Reaktor um diesen zu deaktivieren. Zur sleben Zeit rettet Jake Sisko O'Brien aus dem brennenden Schacht. Nachdem Sisko den Reaktor deaktiviert hat wird das Antirebellionsprogramm beendet. ({{DS9|In der Falle}})
Wenig später bricht die ''Defiant'', trotz der Gefahr welche vom Dominion ausgeht, zu einer Forschungsmission in den Gamma-Quadrant auf. O'Brien scannt das [[Trialus-System]], als plötzlich der Planet [[Meridian]] aus dem Nichts erscheint. Die Bewohner des Planeten laden darauf die Crew auf die Planetenoberfläche ein. Später versucht O'Brien herraus zufinden, was die Dimensonsverschiebungen von Meridian verursacht. Dax beschließt auf dem planeten zu bleiben, doch sie passt sich der Dimensionsverschiebung nicht an und wird im letzten Moment an Bord der ''Defiant'' gebeamt. ({{DS9|Meridian}})
Kurz darauf besucht Riker die Station und er will auch die ''Defiant'' besichtigen. Kira führt Riker auf der Station herum und bringt ihn auch auf die ''Defiant''. Zu dieser Zeit arbeitet O'Brien dort und als er Riker sieht freut sich O'Brien ihn wieder zu sehen. Doch Riker reagiert ihm feindseelig gegenüber auf und fordert O'Brien auf das Schiff zu verlassen. O'Brien wundert sich über das seltsame Verhalten und verlässt das Schiff. Darauf überwältigt Riker Kira und entführt die ''Defiant''. Es stellt sich heraus, dass dieser Riker nicht Will Riker, sondern [[Thomas Riker]] ist, welcher für den Maquis arbeitet. Später gelingt es Sisko die ''Defiant'' wieder zurück zu bekommen und Riker muss sich vor einem cardassianischen Gericht verantworten. ({{DS9|Defiant}})
Im Jahr [[2371]] verhindert er die Zerstörung von Deep Space 9, da er aufgrund von [[Delta-Isotop]]en einige [[Zeitsprung|Zeitsprünge]] erlebt. ({{DS9|Der Visionär}})
