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[[Datei:McCoy überwacht Romaine.jpg|thumb|McCoy überwacht die Werte von Mira Romaine.]]
Anfang [[2269]] überwachen Scott und McCoy die Aktivitäten auf [[Elba II]], als sich Kirk und Spock auf der Oberfläche des Planeten befinden. Später hilft McCoy bei der Behandlung der geistigkranken Patienten auf der Planetenoberfläche. ({{TOS|Wen die Götter zerstören}})
Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' nach [[Memory Alpha]], der großen [[Bibliothek|Zentralbibliothek]] der Föderation. Auf dem Weg dorthin trifft das Schiff auf ein Energiefeld, wobei es sich jedoch, wie sich später herausstellt, um die [[Zetarianer]] handelt. Die Zetarianer nehmen Lieutenant [[Mira Romaine]] in Besitz und diese bricht dabei zusammen. McCoy behandelt diese und vermutet zu beginn sie leide unter der [[Raumkrankheit]]. Zur selben Zeit setzt die Enterprise den Kurs nach Memory Alpha fort, aber auch der Planetoid wird von diesem Energiefeld angegriffen. McCoy gehört mit zu dem Außenteam, welches nach Memory Alpha beamt, aber er kann dort nichts mehr tun, da es nach dem Angriff keine Überlebenden gibt. Als das Energiefeld die ''Enterprise'' angreifen, stellt sich heraus, dass Romaine von den Fremden bessesen ist. Um Romaine von den Zetarianern zu befreien, wird diese in die [[Unterdruckkammer]] gebracht. Dort wird der [[Druck]] erhöht und McCoy überwacht die Lebensanzeichen von Romaine. Durch den hohen Druck werden die Zetarianer vernichtet. ({{TOS|Strahlen greifen an}})
[[Datei:McCoy untersucht Sevrin.jpg|thumb|left|McCoy untersucht Sevrin gegen seinen Willen.]]
Als sich die ''Enterprise'' im Orbit von [[Ardana]] befindet unterhalten sich Kirk, Spock und McCoy über die Situation der [[Troglyt]]en auf der Planetenoberfläche. ({{TOS|Die Wolkenstadt}})
Einige Wochen später verfolgt die ''Enterprise'' die [[Aurora|''Aurora'']], die von Doktor [[Sevrin]] und seinen Anhängern gestohlen worden ist. Doch diese überlasten bei der Flucht ihren Antrieb und kurz bevor das Schiff explodiert, werden Sevrin und seine Anhänger an Bord gebeamt. Sevrin und seine Anhänger benehmen sich an Bord sehr undiszipliniert und verfolgen nur ein Ziel: Sie wollen zum Planeten [[Eden]] gelangen. McCoy untersucht die Sevrins Anghänger, aber Sevrin weigert sich von McCoy untersucht zu werden. Schließlich wird er zu einer Untersuchung gezwungen und McCoy stellt fest, dass Sevrin mit einem Erreger infiziert ist und er damit andere anstecken könnte. Somit darf Sevrin keine fremden Welten besiedeln, da er aufgrund des Erregers eine zu Große Gefahr für die einheimische Bevölkerung ist. Doch Sevrin lässt sich davon nicht abhalten nach Eden zu gelangen und es gelingt Sevrin und seinen Anhängern, die ''Enterprise'' zu übernehmen und nach Eden zu fliegen. Als die ''Enterprise'' den Planeten erreicht hat, fliegen Severin und seine Anhänger mit einem [[Shuttle]] auf die Oberfläche. Severin plant die Crew der ''Enterprise'' mit [[Schallwelle]]n zu töten, Kirk kann dies jedoch verhindern und beamt daraufhin mit einen Außenteam auf den Planeten. Der Planet erweist sich jedoch nicht als das erhoffte Paradies, welches sich Severin und seine Anhänger gewünscht haben. Die Pflanzen und Früchte auf der Oberfläche sind giftig. McCoy kümmert sich um die Anhänger, welche sich auf dem Planeten schwere Verletzungen geholt haben. Severin stirbt aber lieber auf der Oberfläche des Planeten, indem er eine vergiftete [[Frucht]] isst, als auf die ''Enterprise'' zurück zukehren. ({{TOS|Die Reise nach Eden}})
[[Datei:Brückencrew beobachtet Kampf.jpg|thumb|McCoy beobachtet den Kampf auf Excaliba.]]
Einige Zeit später bricht das [[Rigelianisches Fieber|Rigelianische Fieber]] an Bord der ''Enterprise'' aus und die Crew droht daran zu sterben. Kirk, Spock und McCoy beamen auf den Planeten [[Holberg 917G]] umd dort, [[Ryetalyn]] ein Gegenmittel dieser Krankheit zu besorgen. Während die drei sich auf den Planeten treffen sie auf [[Flint]] und [[Rayna Kapec]]. McCoy kümmert sich um die Aufbereitung des Ryetalyns. Zur selben Zeit finden Kirk und Spock heraus, dass Flint über 6000 Jahre alt ist. Kirk verliebt sich in Rayna Kapec, doch es stellt sich heraus, dass diese ein [[Androide]] ist. Flint will durch Kirk in Rayna Kapec Gefühle erwecken. Da sie die Gefühle nicht versteht, stirbt sie wenig später. McCoy gelingt es währenddessen die Crew mit dem Ryetalyn heilen, allerdings kommt Kirk über den Tod von Rayna Kapec nicht hinweg. McCoy macht sich große Sorgen um seinen Freund, doch Spock lässt Kirk die Erinnerungen an Rayna Kapec vergessen. ({{TOS|Planet der Unsterblichen}})
Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag einen [[Sektor|Raumsektor]] zu untersuchen, in dem alle exakt 27,346 Jahre Raumschiffe verschwinden. Als der Moment gekommen ist empfängt die ''Enterprise'' ein Signal. Plötzlich beginnen sich alle Männer an Bord seltsam zu benehmen. Sie wirken verliebt und verträumt. Kirk setzt einen Kurs auf das [[Taurean-System]], wo das Signal herkommt. Kirk beamt mit einen Außenteam, zu dem auch McCoy gehört, auf den [[Taurus II (Taurean-System)|Planet]]. Auf dem Planeten leben allerdings nur Fraue. McCoy und die anderen werden den Frauen unterwürfig. Die Frauen saugen den Männern ihre Lebensenergie ab und McCoy und die anderen beginnen rapide zu altern. Uhura kann mit einem Außenteam, welches aus Frauen besteht, McCoy und die anderen retten. Die Technik welche für das Verhalten und die Alterung der Männer verantwortlich ist, wird vernichtet und es wird ein friedlicher Kontakt aufgenommen. Der Alterungsprozess der Männer kann wieder umgekehrt werden. ({{TAS|Das Lorelei Signal}})
Wenig später wird Cyrano Jones von den Klingonen verfolgt, allerdings wird dieser von der ''Enterprise'' gerettet. Allerdings hat Jones auch einige Tribbles dabei, doch Jones versichert Kirk, dass sich diese Tribbles nicht vermehren. McCoy untersucht die gentisch veränderten Tribbles, kann allerdings vorerst nichts vorfinden. Mit der Zeit beginnen die Tribbles jedoch zu wachsen und sie werden immer größer. McCoy findet heraus, dass aufgrund dieser gentischen Veränderung die Klingonen immer größer werden. McCoy behandelt die riesigen mit [[Neoacillin]], dadurch zerfallen die riesigen Tribbles in hunderte von kleinen Tribbles. ({{TAS|Mehr Trouble mit Tribbles}})
Einige Zeit später wird der vermisste [[Carter Winston]] an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. McCoy bedankt sich bei Winston, dafür das er seiner Tochter vor zehn Jahren mit seinen Hilfslieferung das Leben gerettet hat. Von Kirk bekommt McCoy den Auftrag Winston zu untersuchen, doch McCoy entdeckt einige Annormale Werte bei Winston. Später stellt sich jedoch heraus, dass Winston in Wirklichkeit ein [[Vendorianer]] ist, welcher im Auftrag der [[Romulaner]] die ''Enterprise'' [[Sabotage|sabotieren]] soll. Der Vendorianer setzt McCoy außer Gefecht und nimmt dessen Gestalt an. Allerdings erkennen Kirk und Spock schnell, dass es sich bei McCoy nicht um den echten handelt und sie finden den echten McCoy in einem abgesperrten Raum. Kirk und Spock suchen weiter nach dem Vendorianer, als plötzlich die Romulaner auftauchen. Als die Romulaner die ''Enterprise'' angreifen, hilft der Vendorianer der ''Enterprise'' den Romulanern zu entkommen. Der Vendorianer hat nicht nur die Gestalt von Winston angenommen, er hat auch Teile der Persönlichkeit und die auch Güte für die Winston berühmt ist übernommen. ({{TAS|Der Überlebende}})
Auf dem Planeten [[Phylos]] gehört McCoy zum Außenteam. Dort wird Sulu von einer [[Retlaw-Pflanze]] vergiftet und McCoy kann nicht viel für ihn tun. Allerdings wird Sulu von einem [[Phylosier]] behandelt und McCoy ist erstaunt wie schnell das Gegengift wirkt. Später wird Spock von den Phylosiern entführt und soll geklont werden. McCoy gehört mit zu dem Rettungsteam und er entwickelt ein Pflanzenvernichtungsmittel, um gegen die Phylosier kämpfen zu können. Schließlich gelingt es dem Außenteam Spock zu befreien und eine friedliche Einigung mit den Phylosiern zu finden. ({{TAS|Das Superhirn}})
Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' ins [[Galaktischer Kern|Zentrum der Galaxie]], um dort Forschungen durch zu führen. Die ''Enterprise'' wird in einem geheimnisvollen Energiewirbel gefangen und verschwindet in ein anderes [[Raum-Zeit-Kontinuum]], in dem die bekannten Naturgesetze nicht gelten. Dort erscheint der Crew ein Wesen, welches sich als [[Lucien]] vorstellt. Er sieht aus wie der [[Teufel]] und freut sich auf das Treffen mit den Menschen. Er zeigt Kirk, Spock und McCoy [[Megas-Tu]], die Heimat der [[Megasier]], eine Rasse von magischen Wesen die auch vor Jahrhunderten auf der Erde gelebt haben. Als die Megasier die ''Enterprise'' entdecken, wird die Crew der ''Enterprise'' und Lucien vor ein [[Gericht]] gebracht. Lucien wird angeklagt den Menschen verraten zu haben wo Megas-Tu liegt, während die Menschen für ihre Verbrechen in der Vergangenheit angeklagt werden. Die Menschen haben in der Vergangenheit die Megasier als [[Ketzer]] und Hexen verfolgt. Kirk verteidigt, dass die Menschen sich weiterentwickelt haben und kann dies auch Beweisen. Kirk, seine Crew und Lucien werden freigelassen und ein friedlicher Kontakt kommt mit den Megasier kommt zu Stande. ({{TAS|Das Geheimnis von Megas-Tu}})
Nach den letzten Ereignissen will die Crew der ''Enterprise'' wieder auf den Landurlaubsplaneten Urlaub machen. Als das Außenteam auf den Planeten beamt, erinnern sich Sulu und McCoy an die alten Zeiten, vor allem als sie dem Kaninchen und Alice aus dem Wunderland. Vor kurzer Zeit ist der Wächter des Planeten gestorben und der Computer des Planeten übernimmt die Steuerung über die Phantasiewesen. McCoy sieht sich gerade ein Haus aus den Südstaaten an, als dieser plötzlich von der [[Herzkönigin]] und ihren Karten angegriffen wird. Im letzten Moment kann McCoy zurück auf die ''Enterprise'' gebeamt werden. Allerdings wird Uhura von dem Computer entführt. Kirk, Spock, McCoy und Sulu begeben sich zurück auf den Planeten, um dort nach Uhura zu suchen. Bei der Suche findet das Außenteam das Grab vom Wächter des Planeten. Darauf wird das Außenteam von zwei [[Pterosaurier]] angegriffen, doch das kann sich noch rechtzeitig in einer Höhle verstecken. Mit einem Trick gelingt es Kirk und Spock zum Hauptcomputer zu gelangen. Dort erfahren sie vom Computer, dass er es Leid ist anderen Vergnügen zu bereiten. Kirk kann den Computer zu einer friedlichen Koexistenz überzeugen in der sie gegenseitig von einander lernen. Der Computer lässt Uhura wieder frei und die Crew kann ihren verdienten Urlaub auf den Planeten machen. McCoy und Sulu machen darauf ein [[Picknick]] zusammen mit Alice, dem weißen Kaninnchen und einem [[Drache]]n. ({{TAS|Phantasie oder Wirklichkeit}})
Als nächstes bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag, den Gauner Harry Mudd auf [[Arkadia III]] zu verhaften. Kirk gelingt dies und Harry Mudd kommt in den Arrest an Bord der ''Enterprise''. Mit Hilfe von [[Liebeskristall]]en gelingt es Harry Mudd zu fliehen, währen sich die Besatzungsmitglieder der ''Enterprise'' untereinander verlieben. McCoy bemerkt, wie Spock Emotionen für Christine Chapel zeigt. Zur selben Zeit kann Harry Mudd mit einem Shuttle fliehen und nimmt Schwester Chapel als [[Geisel]].
Kirk und Spock verfolgen sie und beamen auf den Planeten, wo die beiden sich befinden. Auf den Planeten werden sie von Steinmonstern angegriffen, doch in letzter Sekunde können Kirk und die anderen mit einem [[Nottransport]] entkommen. In der Zeit steht McCoy unter dem Einfluss des Liebeskristalls und erzählt den Frauen seine Heldengeschichten. Nach wenigen lässt die Wirkung der Kristalle nach und die Crew verhält sich wieder normal. ({{TAS|Der Liebeskristall}})
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