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Sisko setzt sich bei Jaro dafür ein, dass Kira bleibt, doch Jaro erklärt, dass Kiras Versetzung als Beförderung gedacht ist und das Li außerdem als Schutz vor dem Kreis auf die Station versetz wurde. Bevor Kira die Station verlässt, verabschieden sich ihre Freunde von ihr. Unerwartet kommt Vedek Bareil hinzu und bietet Kira an bei ihm im Kloster zu leben. Kira verbringt ihre Zeit im Kloster mit Gartenarbeit und Bareil unterstüzt Kira dabei. Bareil zeigt Kira eine Drehkörpererfhrung und sie erlebt dabei einige Visionen. In dieser Vision sieht sie auch das sie eine Beziehung mit Bareil hat. Als Bareil sie danach fragt, ob er in ihrer Vision vorgekommen ist, leugnet Kira dies. Inzwischen kümmert sich Sisko darum, damit Kira wieder auf die Station zurückkehren kann, doch da ein Putsch der Regierung bevorsteht, hat Sisko keine möglichkeit Kira zurück zu holen. Wenig später wird Kira von Mitgliedern des Kreises entführt. Dort entpuppt sich Minister Jaro als Führer des Kreises, welcher die Macht über Bajor übernehmen will. Da Kira fast ein Jahr mit der Föderation zusammen gearbeitet hat, will er das sie sich ihm anschließt, damit sie dabei hilft die Föderation von Bajor zu vertreiben. Als sich Kira weigert Jaro zu unterstützen, lässt er sie foltern. Sisko startet inzwischen eine Befreiungsaktion und kann die schwer verletzte Kira retten. Odo gelingt es inzwischen zu beweisen, dass der Kreis seine Waffen von den Cardassianern erhält. Kurz darauf hat der Kreis die Regierungsgewalt über Bajor übernommen und die Föderation wird aufgefordert sich von Deep Space 9 zurückzuziehen. Doch dadurch können die Cardassianer wieder die Kontrolle über Bajor erlangen. Sisko will dies verhindern und bleibt deswegen mit einigen Offizieren auf Deep Space 9 zurück um die Übernahme des Kreises zu verhindern. ({{DS9|Der Kreis}})
Sisko und seine Führungsoffiziere bleiben auf der Station, um diese gegen den Kreis zu verteidigen. Kira und Dax versuchen währenddessen den Beweis nach Bajor zu bringen, welcher belegt, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Mit einem [[Subimpuls-Raider]] begeben sich beide heimlich nach Bajor, doch das Schiff von Kira wird von [[Bajoranischer Abfangjäger|bajoranischen Abfangjägern]] angegriffen. es gelingt den beiden eines der Schiffe abzuschießen, doch schließlich stürzen beide ab. Beide fliehen darauf ins Kloster von Bareil und dieser stattet die beiden mit Mönchskleidung aus, damit beide zur bajoranischen Regierung vordringen können. Mit Hilfe von Bareil dringen Kira und Dax zur bajoranischen Regierung vor und präsentieren dort den Beweis. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter all dem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Sieges wird Li von [[Colonel]] [[Day Kannu]] erschossen. Somit übernimmt Kira wieder ihren alten Posten auf der Station. ({{DS9|Die Belagerung}}) Kurz darauf wird Deep Space 9 aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Kira bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegen seines [[Latinum]]s auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem [[Söldner]] namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks Manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. odo wird von den Söldnern in einen Behälter gesperrt. Verad befiehlt Bashir den Symbionten von Jadzia zu entfernen und in Verad einzusetzen und er muss sich Verad fügen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im Sterben. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird, erkennt seinen Fehler und dass er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Kira gibt ihn darauf zu verstehen, dass sie Quark dafür fertig machen wird. Quark greift darauf den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der [[Krankenstation]] tut Quark so, als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreien. Verad versucht mit Kira als Geisel zu fliehen. Doch Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbionten zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}}) Wenig später wird der cardassianische Schneider [[Elim Garak]] von dem cardassianischen Jungen [[Rugal]] angegriffen. Als Bashir dies der [[Operations Center|OPS]] meldet, erklärt Kira dass neben Rugal weitere cardassianische Kinder auf Bajor als Waisen leben. ({{DS9|Die BelagerungKonspiration}})
=== 2371 ===
Viel später, nach dem Eintritt Bajors in die Föderation, wird sie zum Captain ernannt und übernimmt DS9 vollkommen, da Sisko sich nach seiner Wiederkehr mit seiner Familie zurückzieht. Dies wird allerdings nur aus den Büchern ersichtlich.
[[Datei:Benjamin_Sisko_2374.jpg|thumb|Benjamin Sisko 2374]]
Kira ist wie fast alle Bajoraner Anhängerin des [[bajoranische Religion|bajoranischen Glaubens]]. Aus diesem Grund werden von ihr die im [[Bajoranisches Wurmloch|Wurmloch]] lebenden Wesen gemäß ihres Glaubens als [[Propheten]] verehrt und sie sieht Captain [[Benjamin Sisko|Sisko]] nicht nur als ihren Vorgesetzten, sondern auch als religiöse Figur, den [[Abgesandter|Abgesandten]] der Propheten. Dies führt in manchen Situationen zu Meinungsverschiedenheiten zwischen [[Benjamin Sisko|Sisko]] und Kira.
Jedoch ist Kira enttäuscht, als sie erfährt, dass Sisko sich gegen die Aufforderung der Propheten stellt, Kasidy nicht zu heiraten, und es dann doch tut. Aufgrunddessen reagiert Kira eher verhalten auf der Zeremonie. ({{DS9|Bis daß der Tod uns scheide}})
=== Liebesbeziehungen ===
Kira Nerys hat während ihrer Dienstzeit auf DS9 ein Verhältnis mit [[Vedek]] [[Bareil Antos|Bareil]], einem [[Kai]]-Anwärter, und später mit [[Shakaar Edon|Shakaar]], dem [[Premierminister]] von Bajor. Ab [[2374]] ist sie jedoch mit [[Constable]] [[Odo]] zusammen. ({{DS9|Auf seine Art}})
Während ihrer Liaison mit Shakaar ist sie schwanger mit dem [[Kind]] von [[Miles O'Brien|Miles]] und [[Keiko O'Brien]]. Das ungeborene Kind wird aufgrund eines [[Shuttle]]unfalls und der Verletzungen von Keiko in Kira übertragen. Aufgrund der bajoranischen Physiologie ist eine Rückübertragung nicht möglich. Während der Schwangerschaft lebt Kira bei den O'Briens. ({{DS9|Quarks Schicksal}})
==== Odo ====
Sie betrachtete Odo schon seit langem als guten Freund, Odo hat auch schon lange Gefühle für sie, allerdings gesteht er ihr diese erst 2374. ({{DS9|Auf seine Art}})
==Alternative Identitäten==
==Zitate==
{{Dialogzitat|
;Kira:Tahna, die alten Methoden funktionieren nicht mehr. Die Zeiten haben sich geändert. Ich weiß, dass du das eines Tages verstehen wirst.