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Nachdem die Hologramme den Deflektorimpuls der <em>Voyager</em> ausschalten können, werden mehrere Schiffssysteme schwer beschädigt. Janeway nimmt die Berichte von Seven of Nine und Tuvok entgegen und erfährt, dass der Doktor sich auf das Schiff der Hologramme gebeamt hat. Sie erkennt auch, dass der Doktor ihre Schildfrequenzen übermittelte und sich auf ihr Schiff beamte. Diese Erkenntnis bespricht sie anschließend mit Chakotay. Die Hirogen werden bald darauf von einem Raumschiff aufgenommen, jedoch bleibt Donik auf der ''Voyager'' zurück, um dieser bei der Jagd nach den Hologrammen zu helfen. Die ''Voyager'' folgt dem Jagdschiff der Hirogen und versteckt sich in dessen Abgassog. Nachdem dieses die Hologramme aufgespürt hat, lässt Janeway die Waffen bereit machen. Sobald die Hirogenschiffe unter Warp gehen, lässt Janeway das Feuer eröffnen und beide Schiffe kampfunfähig machen. Da die Hologramme die Hirogen auf einen Planeten beamen, um sie zu jagen, schickt sie den ''Delta Flyer'' los, um die überlebenden Hirogen hochzubeamen, während Torres und der Doktor die Hologramme deaktivieren. Anschließend handelt sie mit dem neuen Alpha der Hirogen einen Waffenstillstand aus und überzeugt ihn, auf die Hologramme zu verzichten. Anschließend beamt sie sich auf das Schiff der Hologramme, wo Torres alle deaktiviert hat. Donik und Kejal wollen mit dem Raumschiff weiterfliegen, was Janeway ihnen gestattet. Anschließend sucht sie den Doktor auf der Krankenstation auf. Dieser ist bereit, eine Bestrafung zu akzeptieren. Jedoch sieht Captain Janeway davon ab, da sie ihm erlaubt hat sich weiter zu entwickeln und daher und aufgrund der Weitergabe der Holotechnologie an die Hirogen mitschuldig sit. ({{VOY| Fleisch und Blut, Teil II}})
Wenig später isst sie mit Chakotay zu Abend. Jedoch funktioniert ihr Replikator nicht richtig, weshalb sie ihn noch repariert, als Chakotay eintritt. Ihr Abendessen wird jedoch bald darauf unterbrochen, weil das Schiff auf eine Zeitanomalie trifft, die es in verschiedene Zeitrahmen aufteilt. Chakotay ordnet im Maschinenraum an, dass der Deflektor zu einem Blitzableiter umfunktioniert wird, der allerdings dadurch ausbrennt. Janeway verlangt anschließend eine Erklärung dafür. Chakotay kann ihr die Alternative zu dieser Handlungsweise aufgrund der obersten temporalen Direktive nicht nennen. Daher setzen die beiden ihr Abendessen fort. Dabei philosophieren sie über die Zukunft. ({{VOY|Zersplittert}})
Nachdem B'Elanna Torres schwanger wird, gratuliert ihr Captain Janeway im Maschinenraum und bietet ihr an, sie vom Dienst freizustellen. Jedoch möchte Torres vorerst weiterarbeiten. Durch die Schwangerschaft bekommt Torres Angst, dass ihr Kind durch seine Physiologie ausgegrenzt werden könnte und will daher die klingonische DNA aus dem Fötus entfernen lassen. Da Paris damit nicht einverstanden ist, bringt Torres die Angelegenheit vor Captain Janeway, die die Bitte mit Verweis auf das Urteil des Doktors ablehnt. ({{VOY|Abstammung}})
{{Alt|In einer alternativen Zeitlinie, welche durch die Eingriffe des [[Krenim-Zeitschiff]]s hervorgerufen wird, durchfliegt sie mit der ''Voyager'' das Gebiet der [[Krenim]], obwohl diese etwas dagegen haben. Die Kriegsschiffe der Krenim werden der ''Voyager'' sehr gefährlich, da sie über [[Chronotontorpedo]]s verfügen, die die [[Schutzschild|Schilde]] der ''Voyager'' durchdringen können. Nachdem die Zeitlinie wiederhergestellt wird, wird die ''Voyager'' von den Krenim nur gewarnt, da die Zugehörigkeit des Gebiets umstritten und ein Passieren nicht sicher sei. Ein Angriff blieb aus, da die Krenim in der normalen Zeitlinie kein großes Imperium mehr darstellen. ({{VOY|Ein Jahr Hölle, Teil I|Ein Jahr Hölle, Teil II}})}}
{{Alt|Weiterhin reist Captain Janeway durch verschiedene Zeitrahmen, als die ''Voyager'' von einer Anomalie getroffen wird. Dabei reist sie sowohl in die Vergangenheit, als auch in eine Zukunft, die sich aber nur innerhalb der ''Voyager'' abspielt. Als sie Chakotay begegnet, glaubt sie ihm zunächst nicht die Geschichte und hält ihn für einen Saboteur. Jedoch verabreicht er ihr ein Hypospray, sodass auch sie die Zeitrahmen überwinden kann. Chakotay informiert sie und geht mit ihr ins astrometrische Labor. Der Frachtraum ist jedoch in der Zeit, als sie eine Allianz mit den Borg eingingen. Von Seven of Nine erfahren sie, wie sie das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit bringen können. Dafür müssen sie jedoch die bioneuralen Gelpacks im Schiff modifizieren. Vom Doktor erhalten sie Gürtel, mit deren Hilfe sie die Barriere überwinden können. So gelangen sie in verschiedene Zeitrahmen. Nachdem sie auf dem Holodeck von Chaotica gefangen genommen werden, überzeugt Janeway diesen eine Substanz in die Holodeckkontrollen zu injizieren und überzeugt ihn, sie freizulassen. Nachdem sie Torres und einige Maquis im Transporterraum treffen, die in ihrem Zeitrahmen gerade an Bord gebeamt wurden, beschuldigt diese Janeway, an ihrem Stranden schuld zu sein. Chakotay beruhigt sie, jedoch verlangt Janeway wenig später eine Erklärung, die Chakotay ihr liefert. Nachdem Janeway erfährt, dass Tuvok an einer Strahlungsvergiftung stirbt, will sie den Plan ändern und die ''Voyager'' in temporale Gleichzeitigkeit mit ihrem eigenen Zeitrahmen bringen. Jedoch kann Chakotay sie überzeugen, dass sie nicht das Recht hat, die Zukunft zu verändern. Sie können den Maschinenraum von den Kazon zurückerobern und das Schiff wieder in Gleichzeitigkeit bringen. ({{VOY|Zersplittert}})}}
{{Alt|In einer dieser alternativen Zeitlinien, welche in der Zukunft spielt, stirbt sie durch diese Anomalie. ({{VOY|Zersplittert}})}}
