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Nachdem Tom Paris eines Mordes bezichtigt wird, versucht Janeway zusammen mit Tuvok alles, um seine Unschuld zu beweisen. Nachdem langsam klar wird, dass es sich um eine geschickte Täuschung handelt, stellt sie eine raffinierte Falle, um die Wahrheit aufzudecken. Auffallend ist, dass sich der Captain als eine gute Strategin und Taktikerin entpuppt, der fast kein Trick (siehe Maquis-Trick) unbekannt ist. Sie zögert auch nicht, ein mit Sprengstoff beladenes Shuttle zu schicken, in weiser Voraussicht, dass man dieses kapern wird. Wieder wird ihr starker Wille, die Crew unversehrt nach Hause zu bringen, deutlich. ({{VOY|Die Augen des Toten}})
Während sie mit Chakotay die erfolgreiche Abwehr des letzten Angriffs der Vidiianer bespricht, betritt Kes ihren Bereitschaftsraum und bringt ihr Kaffee. Janeway ahnt jedoch nicht, dass es sich hier um eine andere Kes handelt, welche aus der Zukunft stammt und die ''Voyager'' sogar an die Vidiianer verrät, damit Kes mit ihrem jüngeren Ich auf ihre Heimatwelt zurückkehren kann. Kes verschüttet daher absichtlich Kaffee, damit sie an sensible Daten gelangen kann. Wenig später bespricht Janeway mit den Führungsoffizieren, wie man ein Feld von Subraumvakuolen durchfliegen kann, um den Vidiianern zu entkommen. Daher lässt sie ein Shuttle vorbereiten, dass vor der ''Voyager'' durch die Vakuolen fliegen soll. Tuvok berichtet ihr wenig später von Visionen, in denen er Borg an Bord sah. Janeway lässt daher einen permanenten Nahbereichsscan von Tuvok durchführen. Nachdem dieser zusammenbricht und vom Doktor ruhiggestellt werden muss, erkundigt sie sich bei Kes ob ihr etwas ungewöhnliches aufgefallen sit, was diese verneint. Nachdem Janeway auf die Brücke zurückkehrt, wird das Schiff von den Vidiianern angegriffen und Janeway befiehlt alle auf die Kampfstationen. Sie selbst begibt sich in den hydroponischen Garten und stellt Kes, die versucht mit ihrem jüngeren Ich zu fliehen. Janeway wird von Kes telekinetisch gegen die Wand geschleudert und ist gezwungen sie zu töten. Gemeinsam mit Tuvok analysiert sie seine Visionen und schmiedet mit ihm und Kes einen Plan, die Ereignisse zu verhindern. ({{VOY|Voller Wut}})
Die ''Voyager'' entdeckt ein neues Element in einem Asteroidengürtel. Janeway beauftragt daraufhin ein Außenteam mit der Analyse desselben. Hierbei verschwindet Harry Kim. Der Captain versucht alles in ihrer Macht stehende, um ihn zurück auf das Schiff zu holen und gefährdet auch hier die gesamte Besatzung. Schlussendlich gelingt es, ihn unversehrt auf die ''Voyager'' zu holen. Harry Kim hat gewissermaßen eine Sonderstellung innerhalb der Führungscrew, da er frisch von der Akademie kommt und noch unerfahren ist. Janeway nimmt ihm gegenüber gewissermaßen eine Mutterrolle ein, welche auch in den kommenden Jahren öfter ersichtlich ist. ({{VOY|Das Unvorstellbare}})
Nachdem B'Elanna Torres und Harry Kim mit dem Delta Flyer in einen Ionensturm geraten und auf einem Planeten notlanden müssen, leitet man auf der ''Voyager'' eine Suchaktion ein. Als diese zunächst ergebnislos bleibt, meldet sie das der Crew, was Paris jedoch nicht akzeptieren will. Wenig später wird sie von Chakotay darüber informiert, dass ein Frachtschiff vor zehn Tagen einen Notruf des Delta Flyers empfangen hat. In diesem befiehlt Torres Kim in die Rettungskapsel zu gehen. Janeway erkundigt sich daraufhin bei Chakotay, wie lange Kim in einer Rettungskapsel überleben kann. Darauf antwortet er, dass es weniger als zehn Tage sind. Anschließend ist sie erschüttert, äußert aber die Hoffnung, dass es auch Kim auf diesen Planeten geschafft haben könnte. Schließlich können die beiden gerettet werden. ({{VOY|Die Muse}})
Als sie durch intensive Recherchen das Geburtsdatum von Tuvok herausfindet, befiehlt sie ihn in ihren Bereitschaftsraum und gratuliert ihm. Sie werden jedoch von Kim unterbrochen, der sie auf die Brücke ruft, weil ein Schiff mit einem Ocampa-Lebenszeichen entdeckt wurde. Auf der Brücke meint Janeway zum irritierten Chakotay, dass sie diese Angelegenheit fast vergessen hätte. Anschließend gibt sie roten Alarm und evakuiert Deck 11. Anschließend lässt sie den Warpkern abschalten und übergibt Chakotay das Kommando auf der Brücke. Mit Tuvok betritt sie den Maschinenraum, nachdem eine Holoaufzeichnung von Kes abgespielt wurde, die ihr älteres Ich überzeugen kann, dass die Crew der ''Voyager'' nicht an ihrem Schicksal schuld ist. Anschließend verabschiedet sie mit Neelix und Tuvok Kes, die nach Ocampa zurückkehrt. ({{VOY|Voller Wut}})
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===Kriegsschiff ''Voyager''===
[[Datei:Kathryn Janeway Kriegsschiff Voyager.jpg|thumb|Die holografische Janeway als Captain des ''Kriegsschiffes Voyager.'']]
Im [[31. Jahrhundert]] gehört die Voyager zur Geschichte der [[Kyrianer]] und der [[Vaskaner]]. In dem Holoprogramm [[Kriegsschiff Voyager]] ist die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew]] skrupellos und gewalttätig. So bringt Janeway eine "Besprechung" der Führungsoffiziere, nur dadurch wieder unter Kontrolle, dass sie mit einem Phaser an die Decke schießt. Janeway ist hier an [[Mord]]en beteiligt. Janeway handelt ein Abkommen mit dem vaskanischen Botschafter [[Daleth]] aus. Dieser führt sie zu einem Wurmloch, im Gegenzug greift die Voyager die Kyrianer an und besiegt sie. Janeway erschießt persönlich [[Tedran]] und seine Beraterin. ({{VOY|Der Zeitzeuge}})
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=== Rückkehr von Kes ===
Als sich 2376 ein Raumschiff mit Kes an Bord nähert, die um Hilfe bittet, erlaubt sie ihr an Bord zu kommen. Jedoch geht Kes auf Kollisionskurs, rammt die ''Voyager'' und beamt sich an Bord. Wenig später wird Janeway auf der Brücke gemeldet, dass Kes in den Maschinenraum eingedrungen ist, den Warpkern berührt hat und anschließend verschwunden ist. ({{VOY|Voller Wut}})
== Chronologie ==
<gallery caption="Kathryn Janeway im Laufe der Jahre">
