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Nachdem Tuvok bei einer Außenmission schwer verletzt wird, eilt Janeway umgehend auf die Krankenstation und lässt sich vom Doktor über den Zustand des Vulkaniers informieren. Dieser berichtet, dass er Tuvok stabilisiert hat, aber ein schweres, neurologisches Trauma vorliegt. Um dieses behandeln zu können, benötigt er weitere Informationen über die Waffe, mit der auf Tuvok geschossen wurde. Daher nimmt Janeway Kontakt mit den Kesat auf und führt Gespräche mit Botschafter [[Naroq]]. Dieser unterstützt sie bei der Suche nach den Angreifern, den [[Ba'Neth]]. Sie selbst zeigt Naroq den Ort des Angriffs. Gemeinsam mit Seven of Nine findet dieser einen Weg die Schiffe der Ba'Neth zu enttarnen. Allerdings benötigen sie zur Realisierung dieses Vorhabens die Tarnfrequenz der Ba'Neth. Janeway spricht daher mit dem Doktor, ob Tuvok ihnen diese Frage beantworten könne. Zwar hat sich dessen Gesundheitszustand gebessert, allerdings spricht er nicht. Nachdem die Modifikationen an der Sensorphalanx von Seven of Nine und Naroq abgeschlossen wurden, wird ein Test durchgeführt, der ein Schiff der Ba'Neth enttarnt. Janeway lässt dieses Schiff rufen, jedoch greifen die Ba'Neth an. Im darauffolgenden Gefecht, lässt sie das Führungsschiff verfolgen. Nachdem dieses entkommt, befragt sie mit Naroq Tuvok nach der Frequenz, was jedoch ergebnislos bleibt. Tuvok arbeitet unterdessen im Kasino und Janeway versucht ihm zu helfen, indem sie ihn befragt. Er versteht sie jedoch nicht. Stattdessen malt er die Frequenz mit Schokolade auf einen Kuchen. Mit dieser Frequenz kann man eine Raumstation der Ba'Neth enttarnen und ruft sie. Jedoch eröffnen sie sofort das Feuer. Janeway und Naroq können jedoch durch Verhandlungen erreichen, dass die Ba'Neth Informationen über die Waffe herausgeben. Im Gegenzug erhalten sie taktische Daten über alle Spezies, denen die ''Voyager'' in letzter Zeit begegnet ist. Mithilfe dieser Daten kann Tuvok geheilt werden. ({{VOY|Rätsel}})
Als ein schiffsweiter Energieabzug auftritt, wird sie von Kim auf die Brücke gerufen. Er informiert sie darüber, dass sie auf eine Gravitonellipse gestoßen sind, die gravimetrische Verzerrungen der Stufe 9 verursacht. Mithilfe des Borgwissens von Seven of Nine, können sie der Anomalie entkommen. Da sich Chakotay erinnert, dass eine der frühen Marsmissionen, [[Ares IV]], in einer solchen Anomalie verschwand, untersuchen sie die Ellipse näher. Als Seven of Nine den Captain nach dem Sinn der Mission fragt, betont sie, dass die Untersuchung der Ares IV, sie zu einem Teil ihrer Geschichte macht. Bei der Außenmission wird der Flyer jedoch schwer beschädigt und Janeway leitet auf der ''Voyager'' die Vorbereitungen für eine Rettungsmission. Man erkennt, dass der Ionenverteiler der Ares IV für den Flyer modifiziert werden kann. Daher ermutigt sie Seven of Nine dorthin zu beamen. Nachdem die Rettungsmission erfolgreich durchgeführt wurde, lässt sie Kurs setzen, um das Außenteam zurückzubeamen. Als die Mission beendet ist, veranstaltet man eine [[Trauerfeier ]] im Kasino und Janeway hält die Ansprache für [[John Kelly]]. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}}) In ihrer Freizeit nimmt sie gemeinsam mit Chakotay ein Abendessen ein und tauscht sich über die neuesten Gerüchte auf dem Schiff aus. Wenig später entdeckt man einen Nebel der [[Klasse K]] und untersucht diesen. Man trifft auf den Außerirdischen [[Tash]], der mithilfe eines [[Subraumkatapult]]s in die Heimat zurückkehren will. Dabei beobachtet man, dessen Sprung und Janeway fragt Tuvok, wann man mit einer Nachricht rechnen kann. Tuvok meint daraufhin, dass sie in zwei Stunden mit einer Antwort rechnen können. Wenig später wird sie von Seven of Nine ins astrometrische Labor gerufen. Sie teilt ihr mit, dass sie vermutet, dass Chakotay eine Verschwörung plant, um mithilfe des Katapults Schiffe der Cardassianer und der Föderation anzugreifen. Wenig später untersucht Janeway eine Energiewelle aus Frachtraum 2 und trifft dort auf Chakotay. Zusammen untersuchen sie Sevens Alkoven und stellen fest, dass sie in die Irre geführt wurden. In diesem Moment startet Seven ein Shuttle und Janeway und Chakotay begeben sich zusammen auf die Brücke. Dort erfahren sie, dass Seven mit dem Flyer auf das Katapult zufliegt und die Waffen aktiviert hat. Um eine Zerstörung des Katapults zu verhindern, lässt sich Janeway auf den Flyer beamen und überzeugt Seven in einem Gespräch, dass sie sich geirrt hat. Nach diesem Vorfall spricht sie sich mit Chakotay bei einer Tasse Kaffee aus. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})
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