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Als die ''Voyager'' ein vidiianisches Schiff mit einer schwer kranken Frau entdeckt, lässt sie eine Rettungsmission einleiten. Während der Doktor die Frau behandelt, bespricht sie mit Chakotay, wie sie die Frau sicher ihrem Volk übergeben können. Außerdem kommt das Verhalten von Tom Paris in letzter Zeit zur Sprache. Chakotay bittet um ihren Rat, da Tom Paris ihr persönliches Besserungsprojekt gewesen sei. Sie lässt ihm in dieser Angelegenheit jedoch freie Hand. Nachdem Paris erneut zu spät zum Dienst erscheint und Chakotay ihn in sein Quartier schickt, attackiert er diesen. Janeway lässt Paris daraufhin von Tuvok in die Arrestzelle bringen. ({{VOY|Lebensanzeichen}})
Nachdem Neelix erfahren hat, dass Tom Paris das Schiff verlassen will und den Captain dazu interviewt, ruft sie Tuvok hinzu, um zu besprechen, was sie an Informationen herausgeben können. Nach Rücksprache sagt sie Neelix, dass Tom Paris das Schiff verlassen wird. Bei der ersten Lagebesprechung nach Toms Abschied, fragt sie Torres, ob ihr bewusst ist, dass die Kerntemperatur erhöht ist. Torres bejaht dies und informiert den Captain, dass sie daran arbeiten die magnetischen Konstriktoren neu auszurichten. Der Warpantrieb wird durch diesen Vorfall beschädigt und so lässt Janeway den Planeten [[Hemikek IV]] anfliegen, um Reparaturen durchführen zu können. Nachdem Neelix einem Verräter auf der ''Voyager'' auf die Spur kommt, bespricht Janeway diese Entedeckung mit ihm, Tuvok und Chakotay. Sie offenbart, dass Paris' Verhalten in den letzten Wochen nur gespielt war, um seine Entscheidung das Schiff zu verlassen plausibel erschienen zu lassen. Sie entschuldigt sich bei Chakotay dafür, dass sie ihn nicht eingeweiht hat, weil sie dachten der Täter wäre ein Maquis. Paris kann unterdessen fliehen und auf der Voyager entdeckt man, dass Michael Jonas der Verräter ist. Janeway schickt daraufhin ein Sicherheitsteam zum Maschinenraum. Jedoch kann dieses erst eingreifen, als Neelix Jonas bereits getötet hat.({{VOY|Der Verräter}})
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