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Nachdem der Tausch vollzogen ist, wird die Gruppe um Janeway angegriffen. Neelix gelingt es, mit einer Probe der Substanz zu entkommen, jedoch wird der Captain verletzt und Torres und Tuvok werden gefangen genommen.
Sie erwacht im Haus eines Mannes namens [[Caylem]]. Dieser hält Janeway für seine, lange verloren geglaubte Tochter. Trotz intensiver Versuche des Captains, ihn vom Gegenteil zu überzeugen, beharrt dieser auf seiner Ansicht. Mit seiner Hilfe gelingt es ihr, in das streng bewachte Gefängnis der Stadt einzudringen und das Außenteam zu befreien. Dabei wird Caylem getötet. Janeway ist sichtlich getroffen von seinem Tod, da sie ihn mittlerweile ins Herz geschlossen hat. In den letzten Lebensmomenten gibt sie sich als seine Tochter aus und verspricht ihm, seine Frau aus dem Gefängnis zu befreien. Kurz darauf wird das Team zurück auf die ''Voyager'' gebeamt. ({{VOY|Die Resistance}})
Nachdem man auf eine künstliche Lebensform trifft, welche stark beschädigt ist, wird diese an Bord gebracht. Gegen Tuvoks Bedenken, lässt Janeway die Lebensform, welche sich als [[Automatische Einheit 3947]] vorstellt, reparieren. Nach der Reparatur bittet die Automatische Einheit Torres, ihnen zu helfen, sich reproduzieren zu können. Dies bespricht sie mit dem Captain, der dies wegen der obersten Direktive ablehnt. Wenig später trifft man auf das Raumschiff der Automatischen Einheit. Diese entführt jedoch Torres auf ihr Schiff. Daraufhin fordert Janeway zunächst verbal die Freilassung ihrer Chefingenieurin und lässt, als das wirkungslos bleibt, die Waffen laden. Nach einem kurzen Gefecht, ist die ''Voyager'' verteidigungsunfähig und wird nur durch B'Elannas Einwilligung einen reproduktionsfähigen [[Prototyp]] einer Automatischen Einheit zu bauen, gerettet. Unterdessen plant Janeway mit den Führungsoffizieren die Befreiung ihrer Ingenieurin. Bevor sie ihren Plan umsetzen können, trifft ein weiteres Raumschiff ein und greift das Pralor-Raumschiff an. Janeway wird aufgefordert, sich zurückzuziehen. Sie hält ihre Position und schickt Paris mit einem Shutte los, um B'Elanna durch eine Lücke in den Schilden, welche durch den beschuss entsteht, rauszubeamen. Dieses Manöver kann erfolgreich durchgeführt werden. Anschließend unterhält sie sich mit Torres und meint, dass es schwierig war, zu zerstören, was sie erschaffen hat. Darauf antwortet Torres, dass es jedoch notwendig war. ({{VOY|Prototyp}})
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