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Als Quark bemerkt, dass Bashir wieder mit Dax flirtet, ist dieser schlimm eifersüchtig auf ihn. Kurz darauf betet Quark zum [[Fiskus]] und bittet das Bashir die Station verlässt, damit er Chancen bei Dax hat. ({{DS9|Die Tarnvorrichtung}})
Nach einer erfolgreichen Schlacht feiert Bashir mit Lieutenant [[Hector Ilario]] und seinen Freunden eine erfolgreich Kampf gegen das Dominionim Quarks. Ilario fragt Bashir und O'Brien ob er sie in die Holosuite zur Schlacht von Alamo begleiten kann. Doch die beiden lehnen ab, da nur die beiden dieses Programm allein spielen. Am nächsten Tag wird Ilario ermordet und Bashir untersucht den Leichnamund es stellt sich heraus, dass dieser mit einem [[TR-116]] erschossen wurde. Als weitere Crewmitglieder auf Deep Space 9 Bashir ist sehr bedrückt über den Tod von Ilario und macht sich zusammen mit O'Brien Vorwürfe das er Ilario nicht mit in die Holosuite mitgenommen hat. Später wird [[Greta Vanderweg]] ermordet werden, leiten Dax und Odo Bashir und O'Brien versuchen den Sinn an diesen Morden zu finden. Bashir bringt O'Brien auf die UntersuchungenIdee, während Bashir weiterhin dass der Täter mit einem Transporter arbeitet und so die unangenehme Aufgabe Opfer tötet. Als nächstes wird der Autopsie der Leichname hat[[Bolianer]] [[Zim Brott]] ermordet und Bashir kann wieder nur den Tod an ihm feststellen. Inzwischen entdeckt Dax den Zusammenhang zwischen den Opfern, überall sind Bilder mit einem Lächeln in ihren Quartieren. Später Dax findet Dax schließlich heraus, dass Lieutenant [[Chu'lak]] für die Morde verantwortlich istund dieser wird von Odo verhaftet. ({{DS9|Freies Schußfeld}})
Odo trifft einige Zeit später den Wechselbalg [[Laas]]. Odo und will diesen darauf Laas seinen Freunden vorstellen. Aber Laas mag die [[Solid|Humanoiden]] nicht besonders und er gibt dies auch zum Ausdruck. Er [[bericht]]et, überall wo sich Humanoide ausbreiten, zerstören sie die Natur und [[Tod|töten]] [[Tier]]e. Gerade als Laas davon berichtet, bringt [[Quark]] Bashir ein [[Vilm-Steak]]. Als Laas Bashir darauf böse ansieht, zieht Bashir seine Bestellung zurück und sagt zu Quark, dass er das [[Steak]] erstmal warm halten soll. Später nimmt Laas die Form von [[Nebel (Atmosphäre)|Nebel]] an und breitet sich auf dem Promenadendeck aus. Bashir und O'Brien ist dies sehr unangenehm. Auf Bitten von Odo nimmt Laas darauf wieder die Humanoide Gestalt an. Doch plötzlich greift ein Klingone Laas an und Odo geht dazwischen. Doch Laas verletzt darauf einen weiteren Klingonen an, tödlich und obwohl Bashir diesen darauf behandelt kann Bashir nichts mehr für ihn tun und der Klingone stirbt. Darauf wird Laas verhaftet, doch mit Kiras Hilfe kann Laas fliehen und dieser zieht weiter. ({{DS9|Hirngespinst}})
[[Datei:Bashirs Verhör.jpg|thumb|left|Julian Bashir wird von den Romulanern verhört.]]
Aufgrund seiner Erfahrungen mit den Biogenen Waffen des Dominions wird Bashir zu einer Konferenz auf [[Romulus]] eingeladen. Vor seinem Abflug wird Bashir von Luther Sloan besucht, welcher ihm für eine Mission für Sektion 31 beauftragt. Admiral Ross fliegt ebenfalls zu der Konferenz und Bashir informiert ihn über Sloan und sein Vorhaben auf Romulus. Ross empfiehlt ihm erstmal mit Sloan zusammen zuarbeiten. Die [[USS Bellerophon (NCC-74705)|USS ''Bellerophon'']] bringt Bashir, Admiral Ross und die Föderationsdelegation nach Romulus. An Bord der ''Bellerophon'' informiert Sloan Bashir über seine wahre Mission. Bashir soll für Sektion 31 feststellen, ob der Vorsitzende des [[Romulaner|romulanischen]] [[Geheimdienst]]es [[Tal Shiar]] [[Koval]] an dem unheilbaren [[Tuvan-Syndrom]] erkrankt ist. Auf der Konferenz trifft Bashir schließlich auf Koval. Bashir kann aber nichts an ihm feststellen. Als Bashir Sloan schließlich durch Admiral Ross verhaften lassen will, erkrankt der Admiral plötzlich. Bashir ist schließlich auf sich allein gestellt und da er niemanden trauen kann wendet er sich an die romulanische Senatorin [[Kimara Cretak|Cretak]]. Als Bashir auf Romulus wieder auf Koval trifft, bringt er Bashir plötzlich in einen Verhörraum. Koval glaubt Bashir sei ein Föderationsagent, welcher ihn töten will. Bashir wird sogar vor dem romulanischen Senat gebracht und dort gesteht Bashir, dass Sektion 31 geplant hat Koval zu töten. Bashir erklärt auch das Sektion 31 eine illegale Organisation ist. Da Cretak Bashir bei dieser Verschwörung geholfen hat wird diese verhaftet. Plötzlich bringt Koval den schwer verletzten Sloan hinein. Koval erzählt, dass Sloan ursprünglich für den [[Geheimdienst der Sternenflotte]] gearbeitet habe und die Sektion 31 erfunden hat, damit er Koval ungestraft töten kann. Bashir wird darauf freigesprochen und darf zur ''Bellerophon'' zurück, während Sloan durch einen Kampf mit einer romulanischen Wache getötet wird. Zurück auf der ''Bellerophon'' stellt Bashir Admiral Ross zur Rede, da er nicht daran glaubt, dass Sloan tatsächlich tot ist. Ross räumt ein, dass Sloan kurz vor dem Phasertreffer weggebeamt werden sollte, wisse aber nichts über dessen Verbleib. Außerdem bestätigt er, dass Koval eigentlich für Sektion 31 arbeitet, man deswegen auf ihn angewiesen ist. Nachdem Bashir nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist taucht Sloan plötzlich wieder auf und dankt Bashir für seine Hilfe. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})
[[Datei:Bashir OBrien streit Sektion 31.jpg|thumb|Bashir forscht nach dem Heilmittel für Odo.]]
{{Dialogzitat||Bashir und Quark unterhalten sich im <q>Quarks</q>.|Bashir|Ich werde Jazia helfen in das Sto'Vo'Kor zu gelangen.|Quark|Wieso sind sie denn so sicher, dass sie dort die Ewigkeit verbringen will. Ich weiß, dass ich das Ganze sicher nicht will. Jetzt malen sie sich mal ein Bild aus, wie es dort ist: Horden von herum tobenden Klingonen die Kämpfen und Singen, Schwitzen und Rülpsen.|Bashir|Klingt wie dieser Ort zur Wochenendzeit.|Quark|Möchten Sie die Ewigkeit hier verbringen wollen?}} ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})
{{Dialogzitat||Die Führungsoffiziere unterhalten sich über Nog, der in der Holosuite lebt|Dax|Zuerst fand ich es ein wenig… Eigentümlich… aber nachdem ich darüber nachgedacht habe, empfand ich es doch als ein gutes Zeichen.|Quark|Wie kann das Verstecken in Julians kindischem Programm ein gutes Zeichen sein?|Bashir|Hey!|Jake Sisko|Schlimmer wäre es er würde sich im Alamo-Programm verstecken.|Leeta|…oder in diesem lächerlichen Geheimagenten-Programm.|Bashir|Hey!|Rom|Oder in diesem blöden Wikinger-Programm.|Bashir|<strong>Hey!</strong>}} ({{DS9|Leben in der Holosuite}})
{{Dialogzitat|Bashir|Wodka Martini. Gerührt, nicht geschüttelt.}} ({{DS9|Badda-Bing, Badda-Bang}})
{{Dialogzitat|Sloan|Wir brauchten jemanden, der das Spiel mitspielen wollte, aber nur so weit gehen würde. Als es soweit war, vertraten Sie Ihre Ansicht… und taten genau das richtige. Sie haben dem Feind die Hand gereicht, Sie haben der Senatorin die Wahrheit gesagt, Sie haben versucht, einen Mord zu verhindern. Menschen wie Sie braucht die Föderation. Die mit Gewissen, die mit Prinzipien, Menschen, die nachts schlafen können. Sie sind auch der Grund, warum Sektion 31 existiert. Jemand muss Menschen wie sie unbedingt vor einem Universum beschützen, das Ihren Sinn für Richtig und Falsch nicht teilt.|Bashir|Sollte ich Mitleid mit Ihnen haben? Sollte ich Tränen vergießen wegen der Bürde, die sie gezwungen sind zu tragen, um den Rest von uns zu beschützen?||Sloan lacht leise|Sloan|…Es ist eine Ehre, Sie zu kennen, Doktor… Gute Nacht.}} ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})
{{Dialogzitat||Worf über Bashir und Dax|Worf|Er ist ein übergroßes Kind und sie ist einfach nur total verwirrt.|O'Brien|Hm, es könnte funktionieren.}} ({{DS9|In den Wirren des Krieges}})