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Eine holografische Projektion von Kim ist Teil des Holoprogramms [[Rebellion Alpha]]. Er verbarrikadiert sich an der Ops-Station, als Chakotay [[Meuterei|meutert]]. Als er das Feuer auf die Meuterer eröffnen will, wird er von Torres betäubt. Während Paris das Programm spielt, schießt er einen Meuterer nieder, ehe er von Chakotays Phaserstrahl getroffen wird. Anschließend wird er in der Arrestzelle inhaftiert. Als Harry Kim von diesem Programm erfährt, geht er zu Paris und Torres, um mehr darüber zu erfahren. Bei der nächsten Besprechung der Führungsoffiziere, offenbart sich Tuvok als Autor. Als er mit Paris das Programm fertigstellen will, wird die Energie in den Transporterräumen deaktiviert, was Kim Janeway meldet. Chakotay und Tuvok geraten durch diese von [[Seska]] verusachte Fehlfunktion in Lebensgefahr. Daraufhin versucht Torres mit Kim das Programm abzuschalten, was ihnen nicht gelingt. Jedoch kann Janeway das Seska-Hologramm töten und so das Programm beenden. Anschließend stößt er mit den anderen Führungsoffizieren im Kasino auf die Rettung der beiden an. ({{VOY|Rebellion Alpha}})
Bei einer Shuttlemission, die er mit [[Ahni Jetal]] und dem Doktor durchführt, werden sie von einem fremden Raumschiff angegriffen. Ein [[~/Person/VOY/5x11/3|Fremder]] entert das Shuttle und verletzt Kim und Jetal schwer. Es gelingt dem Doktor den Fremden auf sein Schiff zu beamen und einen Notruf an die ''Voyager'' abzusetzen. So werden sie gerettet und die verletzten Kim und Jetal auf die Krankenstation gebeamt. Dort kann der Doktor allerdings nur Kim retten und entwickelt eine Feedbackschleife, weshalb Captain Janeway sich entschließt dem Doktor den Zugriff auf diese Erinnerungen zu verwehren. ({{VOY|Verborgene Bilder}})
Als eine Langstreckensonde der Voyager von den Borg assimiliert wird, werden Vorbereitungen getroffen. Kim remoduliert die Langstreckensensoren so, dass sie nach Transwarpsignaturen suchen. Mit Chakotay verbessert er die Schotten, sodass Entertrupps besser abgewehrt werden können. Wenig später ortet er Transwarpsignaturen von 15 Schiffen. Nachdem diese die ''Voyager'' ignorieren, meldet er bei allen Systemen normalen Status. Kim und Tuvok melden Janeway und Chakotay, dass die Energiesignaturen der Borg-Schiffe verschwunden sind. Als man das Trümmerfeld der Schiffe entdeckt, ist Kim enthusiastisch, dass man einen Verbündeten gefunden haben könnte. Später gehört er zu einem Außenteam, dass ein Trümmerteil eines Borgkubus untersucht, in dem noch eine Athmosphäre herrscht. Sie finden etliche tote Borg und untersuchen die Biomasse. Kim versucht die taktische Datenbank der Borg zu überspielen. Dabei wird er von einem Mitglied von [[Spezies 8472]], welche die Borg angegriffen hat, attackiert. Dabei wird er infiziert und verletzt. Er kann jedoch zurückgebeamt werden. Der Doktor untersucht und behandelt ihn. Die fremden Zellen beginnen seinen Körper von innen aufzufressen. Der Doktor entwickelt modifizierte Nanosonden, die ihn heilen sollen. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})
