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Als Torres durch eine [[Telepathie|telepathische]] Verbindung mit der [[Enaraner]]in [[Jora Mirell]] zusammenbricht, wird sie auf die Krankenstation gebracht und dort vom Doktor behandelt. ({{VOY|Das Erinnern}})
Nachdem Kes bei einem Landurlaub auf bei den [[NicaniNechani]] in einem Heiligtum von einer Energieentladung getroffen wird, fällt sie ins [[Koma]]. Der Doktor kann jedoch nichts für Kes tun. Janeway muss ein Ritual auf der Oberfläche von Nicani Nechani durchführen. Dadurch gelingt es ihr Kes zu retten. ({{VOY|Das Ritual}})
Wenige Wochen später erscheint eine temporäre Verzerrung und ein Föderationsschiff aus dem [[29. Jahrhundert]] kommt aus ihr hervor. Captain [[Braxton]] hat mit seinem [[Zeitschiff]] [[Aeon|''Aeon'']] den Auftrag die ''Voyager'' zu vernichten, da diese scheinbar für die Vernichtung des [[Sol-System]]s im 29. Jahrhundert verantwortlich ist. Doch Janeway will dies nicht einfach so hinnehmen und kämpft gegen die ''Aeon''. Dabei werden beide Schiffe in die temporale Verzerrung gezogen und die ''Voyager'' landet im Jahr [[1996]] auf der Erde. Die ''Aeon'' dagegen stürzt auf die Erde im Jahr [[1967]] und das Schiff wird von [[Henry Starling]] geborgen, der sich mit der geborgenen Technologie ein Wirtschaftsimperium aufbaut. Janeway erkennt, dass Braxton mit dem gestohlenen Zeitschiff die Katastrophe im 29. Jahrhundert auslösen wird. Als Starling von der ''Voyager'' im Orbit erfährt, stiehlt er mit der Technologie des 29. Jahrhunderts Daten aus dem Computer der ''Voyager'', darunter auch das Programm des Doktors. Der Doktor befindet sich nun in der Gewalt von Starling. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil I}})
Der Doktor bekommt von Starling einen [[Mobiler Emitter|mobilen Emitter]] aus dem 29. Jahrhundert. Mit diesem Gerät kann der Doktor sich außerhalb der Krankenstation und des Holodecks bewegen. Starling fordert vom Doktor Informationen über Janeway, doch der Doktor schweigt. Darauf greift Starling in die Programmierung des Doktors ein und beginnt ihn zu foltern, um an die Informationen zu gelangen. Später gelingt es dem Doktor Starling zu entkommen und trifft sich mit Paris, Tuvok und [[Rain Robinson]]. Als kurz darauf Torres und Chakotay von Anarchisten gefangen genommen werden, begeben sich Tuvok und der Doktor nach [[Arizona]], um sie zu befreien. Der Doktor dringt in das Gebäude ein und wird beschossen, da ihn aber Kugeln nichts anhaben können, gelingt es ihm die Anarchisten zu überwältigen und Chakotay und Torres zu befreien. Janeway gelingt es inzwischen Starling und das Zeitschiff zu vernichten und kann so die Katastrophe im 29. Jahrhundert verhindern. Plötzlich erscheint ein verwunderter etwas jüngerer Captain Braxton mit seinem Zeitschiff und bringt die ''Voyager'' zurück ins Jahr 2373 in den Delta-Quadranten. ({{VOY|Vor dem Ende der Zukunft, Teil II}})
Einige Wochen später erhält die ''Voyager'' von einen schwer beschädigten [[Ilari-Raumschiff]] einen Notruf und beamt drei Überlebende an Bord der Krankenstation. Doch der Doktor kann für einen der Überlebenden nichts tun und er stirbt. Doch bevor er stirbt, transferiert er seinen Geist in den Körper von Kes. Daraufhin analysiert der Doktor den Mechanismus, mit dem Tieran in Kes' Körper transferiert wurde. Später gelingt es Kes sich von dem Geist des Diktators [[Tieran]] zu befreien. ({{VOY|Der Kriegsherr}})
Als die Crew der ''Voyager'' eine [[Datei:Dem Supernova]] beobachtet, befindet sich der Doktor gefällt die Feierauf der Brücke und nimmt dort an diesem Ereignis teil.jpg|thumb|Dem Der Doktor gefällt die Feier auf dem Holodeckist begeistert diese Supernova von der Brücke aus beobachten zu dürfen.]]({{VOY|Die "Q"-Krise}})
Nachdem die ''Voyager'' einen Notruf der [[Garaner]] erhält, begibt sich der Doktor auf seine erste Außenmission, um die erkrankten Garaner zu behandeln. Der Doktor vermutet eine einfache Virusinfektion und versucht sie bei den Garanern zu behandeln. Doch er bemerkt, dass der Virus wächst und sich zu einem [[Makrovirus]] entwickelt. Der Doktor ist fasziniert davon und will eine Probe des Virus mit an Bord der ''Voyager'' bringen, doch Chakotay verbietet ihm dies, da die Gefahr einer Infektion zu groß ist. Als der Doktor an Bord der ''Voyager'' beamt, gelangt auch das Virus mit an Bord und beginnt sich dort zu verbreiten. Der Doktor beginnt währenddessen ein Antigen gegen das Virus zu entwickeln, doch das Virus beginnt sich immer weiter auszubreiten und infiziert die Crew. Der Doktor untersucht die Viren und versucht sie abzutöten, doch die Viren werden immer größer. Der Doktor versucht einen dieser Makroviren mit dem Antigen zu töten und muss gegen das riesige Virus kämpfen. Ihm gelingt es zwar das Virus zu töten, doch die Viren beginnen den Doktor und seinen mobilen Emitter anzugreifen, so dass es dem Doktor ist es nicht möglich die Crew zu impfen. Kurz darauf ist die gesamte Crew außer Gefecht gesetzt. Später kehren Janeway und Neelix zurück auf die ''Voyager'' und der Doktor erklärt Janeway, was geschehen ist. Janeway versucht das Antigen über de Umweltkontrollen zu verteilen, um so das Antigen über die ''Voyager'' zu verteilen. Um die Makroviren abzulenken, lockt Janeway die riesigen Viren auf das Holodeck und vernichtet sie mit einer Antigenbombe, danach gelingt es dem Doktor die erkrankte Crew zu behandeln. ({{VOY|Makrokosmos}})
Der Doktor behandelt wenig später den leicht verletzten Neelix, nachdem Neelix geholfen hat einige Kriminelle auf einer Raumstation am Rand der [[Datei:Der Doktor stellt T'Pera vorNekrit-Ausdehnung]] zu verhaften.jpg({{VOY|thumb|left|Der Doktor stellt Vorik die holografische T'Pera vor.]]Das Wagnis}})
Einige Zeit später nimmt der Doktor an dem von Neelix veranstalteten [[Lūʻau]] auf dem Holodeck teil und dem Doktor gefällt diese Feier sehr. Der Doktor flirtet dort mit den holografischen Frauen und küsst sie auch. ({{VOY|Das andere Ego}})
Kurz darauf stürzen Janeway und Chakotay mit ihrem Shuttle auf einen Planeten. Janeway wird dabei schwer verletzt und fällt darauf ins Koma. Während sie im Koma liegt, versucht eine [[Janeway (Fremde Präsenz)|Fremde Präsenz]] Janeway in eine Art [[Jenseits]] zu locken, um sich dort von ihrer [[Seele]] zu ernähren. Währenddessen treffen der Doktor und Tuvok auf dem Planeten ein und der Doktor versucht Janeway wiederzubeleben. Doch eine Zeit lang sieht es so aus, als würde der Doktor Janeway verlieren, doch sie kämpft gegen die fremde Präsenz an und vertreibt diese Präsenz. Darauf erlangt Janeway wieder ihr Bewusstsein. ({{VOY|Der Wille}})
[[Datei:Der Doktor untersucht einen Borgstellt T'Pera vor.jpg|thumb|left|Der Doktor untersucht eine Borg-Drohnestellt Vorik die holografische T'Pera vor.]]
Wenige Wochen später durchlebt der Vulkanier [[Vorik]] das [[Pon Farr]]. Der Doktor spricht Vorik darauf an. Vorik ist es furchtbar peinlich, da es hier um die [[Sexualität]] der Vulkanier geht, doch der Doktor erklärt, dass Vorik sterben wird, wenn sich das chemische Ungleichgewicht in seinem Körper nicht stabilisiert. Da es für Vorik keine reale Partnerin gibt, mit der er sich paaren kann, erschafft der Doktor die holografische Vulkanierin [[T'Pera]]. Als der Doktor Vorik T'Pera vorstellt, ist Vorik zu Beginn über den Vorschlag des Doktors entsetzt, doch schließlich paart sich Vorik mit ihr. Danach verbessern sich Voriks chemische Werte vorerst und der Doktor ist fasziniert über seine entwickelte Therapie und er will mit der Erforschung von Sexualpraktiken an fremden Spezies aus kultureller Sicht beginnen. ({{VOY|Pon Farr}})
[[Datei:Der Doktor untersucht einen Borg.jpg|thumb|Der Doktor untersucht eine Borg-Drohne.]]
Als die ''Voyager'' einen verlassenen [[Borg-Kubus]] findet, wird ein scheinbar toter [[Borg]] an Bord der ''Voyager'' gebeamt. Der Doktor beginnt den Leichnam zu untersuchen, doch dabei aktiviert er aus Versehen ein Energierelais des Borg und der Borg erwacht plötzlich wieder zum Leben. Der Doktor kann den Borg zwar wieder deaktivieren, doch nun wurde die ursprüngliche Programmierung des Borgs wieder hergestellt. Mit der Zeit nimmt der Doktor den Borg vollständig auseinander, um seine Anatomie besser zu verstehen. ({{VOY|Die Kooperative|Skorpion, Teil I}})