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[[Datei:Kes und der Der Doktor untersuchen Nanosondenmuss sich entscheiden.jpg|thumb|left|Kes und der Der Doktor untersuchen die Nanosonden der Borgmuss sich entscheiden wen er retten soll.]]

Kurz darauf begeben sich der Doktor, Fähnrich Kim und Fähnrich [[Ahni Jetal]] auf eine Außenmission. Der Doktor macht von dieser Mission viele Holofotos, als plötzlich das Shuttle von einer fremden Spezies angegriffen wird. Ein Fremder beamt sich an Bord des Shuttles und schießt auf die drei, doch der Doktor ist gegen diese Waffe immun. Darauf beamt der Doktor den Fremden von Bord, doch Kim und Jetal sind schwer verletzt. Der Doktor fliegt mit dem Shuttle zur ''Voyager'' zurück, um die beiden dort zu behandeln. Beide liegen jedoch im Sterben und der Doktor kann die beiden nur mit einem komplizierten Verfahren retten. Der Doktor kann sich nicht entscheiden wen er zu erst retten soll. Der Doktor entscheidet sich schließlich zuerst für Kim und rettet diesen mit der Operation sein Leben. Doch während der Doktor Kims Leben rettet stirbt Jetal. Doch nach dem Tod von Jetal macht sich der Doktor Vorwürfe wegen seiner Entscheidung, da beide die gleiche Überlebenschance gehabt haben und er Jetal sterben ließ. Sein Programm gerät in eine [[Feedback|Feedback-Schleife]] und der Doktor fängt langsam an durchzudrehen. Um den Doktor zu retten, werden seine Erinnerungen an diese Ereignisse gelöscht. ({{VOY|Verborgene Bilder}}) [[Datei:Kes und der Doktor untersuchen Nanosonden.jpg|thumb|Kes und der Doktor untersuchen die Nanosonden der Borg.]] Ende 2373 erreicht die ''Voyager'' den [[Borg-Raum]]. Doch es gibt in diesem Teretorrium Territorium ein Gebiet in dem sich keine Borg befinden und die Crew tauft diese Region [[Nordwest-Passage]]. Um sich gegen die [[Assimilation]] zu wehren untersucht der Doktor den Borg, welcher vor mehren Monaten geborgen wurden ist. Der Doktor findet heraus, dass [[Nanosonde]]n für die Assimilation verantwortlich sind. Der Doktor versucht heraus zufindenzu finden, wie man diese Nanosonden stoppen kann, als Kes plötzlich eine seltsame Vision hat. Zur gleichen Zeit nähren sich 15 Borg-Kuben der ''Voyager'' doch plötzlich bricht das Signal zu diesen Schiffen ab. Die ''Voyager'' findet nur noch Trümmer der Kuben vor und ein fremdes Schiff dockt an eins der Trümmer an. Ein Außenteam beamt in den Kubus, als plötzlich Fähnrich Kim von einen der Fremden, welche die Borg als [[Spezies 8472]] bezeichnen, angegriffen wird. Kim wird schwer verletzt und die Fremde DNS von Spezies 8472 scheint Kim von innen her aufzufressen und der Doktor kann nichts dagegen tun. Währenddessen hat Kes weitere Visionen, welche von Spezies 8472 stammt und sie warnt Janeway vor dieser Gefahr. Als die ''Voyager'' die Nordwest-Passage erreicht, entdeckt die Crew, dass diese Region von Spezies 8472 besiedelt wird. Da die Voyager auch diese Region durchfliegen kann und die Borg Spezies 8472 assimilieren kann schlägt Janeway eine Allianz zwischen den Borg und der ''Voyager'' vor. Um sich vor der Assimilation der Borg zu schützen speichert Janeway sämtliches Wertvolles Wissen über Spezies 8472 im programm Programm des Doktors. Falls die Borg die ''Voyager'' bedrohen, will Janeway das Programm des Doktors mit all dem Wissen über Spezies 8472 löschen. Die Borg gehen auf die Allianz ein, als Spezies 8472 die ''Voyager'' und die Borg angreifen. ({{VOY|Skorpion, Teil I}})

[[Datei:Der Doktor entfernt Sevens Implantate.jpg|thumb|left|Der Doktor entfernt die Borgimplantate von Seven of Nine.]]Die ''Voyager'' und die Borg können den Angriff von Spezies 8472 entkommen und Janeway entwickelt zusmmen zusammen mit den Borg eine Waffe gegen Spezies 8472. Um mit den Borg besser zusammenarbeiten zu können wählen die Borg einen Repräsentanten [[Seven of Nine]]. Inzwischen gelingt es dem Doktor mit Hilfe von modifizierten Nanosonden Harry Kim von der fremden DNS zu heilen. Mit diesen modifizierten Nanosonden ist auch Spezies 8472 verwundbar. Als ein weiteres [[Bioschiff]] von Spezies 8472 angreift opfern sich die Borg, um die ''Voyager'' und die Waffe gegen Spezies 8472 zu schützen. Dabei beamen sich einige Borg darunter auch Seven of Nine an Bord der Voyager und schwer wird bei dem Angriff von Spezies 8472 schwer verletzt. Der Doktor beginnt darauf mit der Behandlung von Janeway. Als die Borg die Kontrolle über die ''Voyager'' übernehmen wollen, lässt Chakotay diese durch Öffnung einer Luke in den Weltraum blasen, nur Seven of Nine gelingt es an Bord zu bleiben. Später gelingt es der ''Voyager'' mit Hilfe der mit Nanosonden modifizierten Torpedos Spezies 8472 zu besiegen und diese ziehen sich zurück. Seven of Nine wird vom [[Borg-Kollektiv]] getrennt und ihre menschliche Anatomie beginnt sich langsam zu regenerieren. ({{VOY|Skorpion, Teil II}})

Da Seven of Nine ihre Borgimplantate langsam abstößt beginnt der Doktor diese zu entfernen. Währenddessen bemerkt auch Kes weitere Veränderungen in sich. Aufgrund ihres thelephatischen Kontakts scheint sich diese weiter zu entwickeln. Da Kes Kräfte immer stärker werden und sie diese nicht mehr Kontrollieren kann, verlässt Kes die ''Voyager''. Kes beginnt sich zu einem höhren höheren Wesen weiter zu entwickeln und mit ihren Kräften schleudert sie die ''Voyager'' fast 10.000 Lichtjahre näher an den Alpha-Quadranten heran. Inzwischen gelingt es dem Doktor die meisten Implantate von Seven of Nine zu entfernen und sie sieht wieder fast wie ein Mensch aus. ({{VOY|Die Gabe}}) [[Datei:Der_Doktor_und_der_Isomorph_verstehen_sich_gut.JPG|thumb|Der Doktor und der Isomorph.]]

Anfang 2373 zeigt der Doktor ein großes Intresse Interesse an der Musik und er beginnt Opern zu studieren. Er fängt an sich Opern von vielen Opernstars anzusehen und schließlich fängt der Doktor auch Opern zu singen an. Der Doktor singt Arien auf dem Holodeck mit berühmten Opernstars, darunter auch [[Giuseppina Pentangeli]]. ({{VOY|Der Schwarm}})

Während der Geburt von Fähnrich Wildmans Baby, flüchtet die ''Voyager'' vor den Vidiianern durch eine Plasmawolke und fliegt durch ein Subraumdivergenzfeld. Dabei wird das Schiff mit seiner ganzen Materie verdoppelt. Allerdings wird die Antimaterie nicht verdoppelt und der Antrieb fällt aus. Zu der Zeit kommt es bei der Geburt zu Komplikationen und der Doktor kann das Baby mit einen Fötustransport retten. Um den entstehenden Energieausfall zu stoppen empfiehlt Torres den Antrieb mit Protonenausstößen zu aktivieren und dies tut Torres auch. Es dauert eine Weile bis der Antrieb aktiviert wird. Inzwischen gelingt es den Doktor erfolgreich das Baby von Fähnrich Wildman zu behandeln und übergibt dieses ihrer Mutter. Zu der Zeit behandelt der Doktor eine zweite Kes, die wie aus dem Nichts aufgetaucht ist. Die zweite Kes berichtet von einer anderen ''Voyager'' und Janeway stopt stoppt sofort die Protonenausstöße und die Crew stellt fest, dass durch die Subraumdivergenz die ''Voyager'' verdoppelt worden ist. Captain Janeway nimmt mit der anderen Janeway Kontakt auf und versucht mit ihr zusammen die beiden ''Voyagers'' wieder zu vereinen. Doch der erste Versuch zur Wiedervereinigung der beiden ''Voyagers'' scheitert. Plötzlich greifen die die Vidiianer die ''Voyager'' an. Allerdings bleibt die andere ''Voyager'' von den Vidiianern verschont. Die Vidiianer beginnen die ''Voyager'' zu erobern und töten viele Crewmitglieder. Der Doktor versucht zu der Zeit das Baby vor den Vidiianern in Sicherheit zu bringen. Währenddessen sieht Janeway nur eine Möglichkeit die Vidiianer zu vernichten, sie aktiviert die Selbstzerstörung. Janeway schickt Harry Kim mit dem Baby auf die andere ''Voyager''. Kim erreicht die Krankenstation und der Doktor übergibt Kim das Baby und dieser begibt sich darauf auf die andere ''Voyager''. Kurz darauf wird die ''Voyager'' durch die Selbstzerstörung vernichtet und reißt die Vidiianer mit in den Tod. ({{VOY|Die Verdopplung}})

2373 erlebt Kes eine zukünftige alternative Zeitlinie der ''Voyager''. Ende 2373 durchfliegt die ''Voyager'' das Territorium der [[Krenim]]. Bei dem ersten Angriff der Krenim auf die ''Voyager'' werden Captain Janeway und Lieutenant Torres getötet und Chakotay übernimmt das Kommando über die ''Voyager''. Bei diesen Angriffen wird die ''Voyager'' schwer beschädigt und auch das Programm des Doktors fällt für mehre Monate aus. In den Folgenden Monaten wird die ''Voyager'' weiter von den Krenim angegriffen und die Crew bezeichnet diese Zeit als das [[Jahr der Hölle]]. Zu der Zeit wird Kes und ein groß teil der Crew von einem [[Chronotontorpedo]] mit [[Chroniton|Chronotonpartikel]] verstrahlt.