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Als Chakotay eine Botschaft von Seska erhält, dass Culluh ihren gemeinsamen Sohn töten will, plant dieser seinen Sohn aus der Gewalt der Kazon zu befreien. Captain Janeway sagt die Unterstützung der gesamten Crew der ''Voyager'' zu. Um sich auf dem Kampf mit den Kazon vorbereiten, schlägt der Doktor vor mit [[Parabol-Holografie]] weitere Schiffe zu projektzierenprojizieren. Auf dem Weg in den Nistrim-Raum findet die ''Voyager '' ein schwer beschädigtes [[Kazon-Shuttle ]] vor. Der Überlebende [[Tierna]] wird an Bord gebeamt und vom Doktor behandelt. Tierna berichtet, dass Seska getötet wurde und das Kind zu einem Leben in [[Sklaverei ]] erzogen wird. Auf dem Weg dorthin wird die ''Voyager '' von mehren Kazon-Splittergruppen angegriffen und leicht beschädigt. Später wird die ''Voyager'' von mehren [[Kazon-Trägerschiff]]en der Kazon-Nistrim umzingelt. Doch die ''Voyager '' hält mit Hilfe von holografisch erzeugten Schiffen den Kampf gegen die Kazon stand. Doch dabei kommt es kommt zu einer kleinen Panne, ausversehen aus versehen wird auch der Doktor in den Weltraum projektziertprojiziert, aber er dieser kommt schnell zurück an Bordgebracht. Nachdem sich Tierna mit einer Explosion getötet hat, fällt die Energieversorgung und auch die hologafischen holographischen Schiffe aus. Die Kazon gelingt es darauf die ''Voyager'' kampfunfähig zu schießen und die Kazon entern die ''Voyager''. Tom Paris gelingt es mit einem Shuttle zu fliehen, um Hilfe zu holen. Culluh und Seska übernehmen nun die ''Voyager''. Der Doktor deaktivirt deaktiviert sich vorübergehend, damit dieser nicht entdeckt wird. Culluh setzt die Crew auf den [[Hanon-Planet]]en aus und verlässt mit der ''Voyager'' den Planeten. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})

[[Datei:Seska wirft dem Doktor Sabotage vor.jpg|thumb|Seska wirft dem Doktor Sabotage vor.]]Während die Besatzung der ''Voyager'' auf dem Hanon-Planet ums Überleben kämpft, überprüft Seska die Loyalität des Doktors und informiert ihn darüber, dass die Kazon die ''Voyager'' übernommen haben. Als Seska die Krankenstation verlassen hat, überlegt der Doktor wie er die ''Voyager'' zurück erobern kann. Durch den Computer erfährt der Doktor, dass sich Lon Suder noch auf der ''Voyager'' befindet. Zusammen mit Suder plant der Doktor die Rückeroberung der ''Voyager'', aber Suder fällt es nun sehr schwer wieder Gewalt anzuwenden. Suder gelingt es einige Sabotagen an Bord der ''Voyager'' durch zu führen. Währenddessen erhält der Doktor eine Botschaft von Tom Paris, dass der Doktor die [[Phaserenergiekupplung]] deaktivieren muss, damit Paris die ''Voyager'' mit Hilfe einiger Talaxianer zurück erobern kann. Plötzlich kommt Seska auf die Krankenstation und bezichtigt den Doktor der Sabotage, um Suder zu schützen gibt dieser das auch zu. Darauf zerstörrt zerstört Seska die Holosysteme auf der Krankenstation und der Doktor wird deaktiviert. Als Suder darauf auf die Krankenstation kommt erhält er eine Nachricht, dass er die Phaserenergiekupplung deaktivieren muss. Suder gelingt es zwar die Phaserenergiekupplungzu deaktivieren, allerdings wird dieser dabei von einem Kazon erschossen. Da die Waffen nun nicht mehr funktionieren, gelingt es Paris mit den Talaxianern die ''Voyager '' zu entern und die Kazon verlassen die ''Voyager''. Nachdem die Crew vom Hanon-Planeten zurück geholt wurde, wird auch der Doktor wieder aktiviert und dieser lobt Suders Heldenmut. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil II}})

Als Tuvok zusammen bricht, versucht der Doktor Tuvok zu helfen. Da durch eine verborgene Erinnerung, auch [[T'lokan-Schisma]] genannt, diese Erkrankung im Gehirn auslöst, kann der Doktor nichts für Tuvok tun. Um diese Erkankung Erkrankung zu behandeln und diese Erinnerung zu finden beschließt Tuvok eine Geistesverschmelzung mit einer vertrauten Person durchzuführen. Janeway erklärt sich dazu bereit und der Doktor überwacht diese Geistesverschmelzung. Während dieser Verschmelzung entdeckt der Doktor, dass sich Tuvok mit einem Virus infiziert hat, welcher diese Erinnerung auslöst. Mit starker [[Thoron]]strahlung kann der Doktor den Virus abtöten und Tuvok wird geheilt. ({{VOY|Tuvoks Flashback}})

[[Datei:Diagnoseprogramm Alpha-11 untersucht den Doktor.jpg|thumb|left|Das Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station untersucht den Doktor.]] Nach der Flucht aus dem [[Akritirianisches Hochsicherheitsgefängnis|akritirianischen Hochsicherheitsgefängnis]] behandelt der Doktor die beiden Verletzten Tom Paris und Harry Kim. ({{VOY|Das Hochsicherheitsgefängnis}}) Während der Doktor der Doktor auf den Holodeck eine [[Oper]] singt, beginnt er plötzlich den Text zu vergessen. Der Doktor kann sich nicht erklären. Zur gleichen Zeit werden Paris und Torres auf einen Shuttle von einer fremden Spezies, welche sich der [[Schwarm (Spezies)|Schwarm]] nennt angegriffen und verletzt. Paris wird dabei schwer verletzt und bei der Behandlung von Paris bemerkt der Doktor immer mehr Erinnerungslücken. Als der Doktor Paris operieren will, hat dieser vergessen wie er diese Operation durchführt, doch dank der Hilfe von Kes gelingt es dem Doktor erfolgreich Paris zu operieren. Torres untersucht das Programm des Doktors und stellt fest, dass es im Programm des Doktors zu einer [[Kaskadenüberladung]] kommt, welche sein Programm überlastet und beginnt seine [[Speicherkreise]] zu löschen. Das Programm des Doktors zu retten, währe ein kompletter Neustart des Programms, aber damit würde der Doktor die Erfahrungen, welche er die letzten zwei Jahre gesammelt hat verlieren. Torres versucht darauf auf Kes Bitten einen anderen Weg den Doktor zu retten. Torres aktiviert auf dem Holodeck das [[Diagnoseprogramm Alpha-11 der Jupiter-Station]], welches speziell für die Wartung des MHNs erschaffen wurde, damit dieses Programm bei der Reparatur des Doktors hilft. Doch auch dieses Programm kann dem Doktor nicht Helfen und empfiehlt auch den kompletten Neustart des Programms des Doktors. Das Diagnose Programm untersucht weiter den Doktor, um eine Möglichkeit zu finden den Doktor zu retten, dabei findet er viele Unsinnige Unterprogramme, wie etwa Freundschaften zur Crew, Hobbys und Musik. Währenddessen hat sich das Programm des Doktor so zersetzt, dass er niemanden mehr wiedererkennt und er benimmt sich wie ein Kleinkind. Schließlich finden Kes und das Diagnoseprogramm eine gemeinsame Lösung um den Doktor zu retten. Da das Diagnoseprogramm dieselbe [[Holomatrix]] wie der Doktor hat, will Kes die Matrix des Diagnoseprogramms in die Matrix des Doktors transplantieren. Durch die [[Transplantation]] der Matrix des Diagnoseprogramms in die des Doktors geht zwar das Diagnoseprogramm verloren, aber der Doktor kann gerettet werden. Der Doktor wird wieder aktiviert, muss langsam wieder beginnen seine Erinnerungen zu sammeln. ({{VOY|Der Schwarm}}) Nachdem die [[Ferengi]] [[Arridor]] und [[Kol]], an Bord gekommen sind der ''Voyager'' schlagen sie Fähnrich [[Murphy (Sicherheitsoffizier)|Murphy]], welcher sie in Arrest bringen soll nieder und fliehen mit ihrem [[Ferengi-Shuttle|Shuttle]] durch das [[Barzan-Wurmloch]]. Der Doktor und Kes behandeln darauf Murphys Verletzungen. ({{VOY|Das Wurmloch}}) Als Torres durch eine [[Telepathie|telepathische]] mit der [[Enaraner]]in [[Jora Mirell]] zusammen bricht, wird diese auf die Krankenstation gebracht und dort vom Doktor behandelt. ({{VOY|Das Erinnern}})

{{Dialogzitat||der Doktor wird in den Weltraum projektziertprojiziert|Doktor|Hilfe! Mann über Bord!}} ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})