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Wenige Wochen später untersuchen Harry Kim, [[der Doktor]] und Seven of Nine mit dem ''Flyer'' einige Kometen. Der Doktor sammelt einige Proben von dem Kometen und ist sehr begeistert von den Messergebnissen und geht den anderen beiden damit auf die Nerven. Plötzlich wird der ''Flyer'' von den [[Lokirrim]] angegriffen. Die Lokirrim versuchen die holographische Matrix des Doktors zu zerstören, da die Lokirrim keine [[Hologramm]]e dulden. Der Doktor kann sich nur retten, indem er sich mit Seven of Nine verbindet und ihren Köper benutzt. Die Lokirrim bringen den ''Flyer'' auf ihr Schiff. Später wird der ''Flyer'' von der ''Voyager'' wieder befreit. ({{VOY|Körper und Seele}})
Während die ''Voyager'' auf einem Planeten [[Wartung|gewartet]] wird, suchen Harry Kim, Seven of Nine und [[Neelix]] im ''Flyer'' nach neuen [[Dilithium]]vorräten. Plötzlich wird der ''Flyer'' in einem einen Kampf verwickelt. Ein [[Kriegsschiff]] feuert auf ein anderes [[Tarnung|getarntes]] [[Raumschiff|Schiff]]. Der [[Captain]] des angegriffenen Schiffes bittet Kim zu helfen und berichtet, dass sie nur [[Medizin]] transportieren. Da sich die [[Sternenflotte]] nicht in fremde Konflikte einmischen darf will sich Kim zurückziehen, versucht aber zunächst noch zu vermitteln. Der [[Commander]] der Angreifer macht klar, dass er nicht vom Schiff ablassen will. Er feuert auf den ''Flyer''. Kim kann ihre [[Waffe]]n außer Funktion setzen. Da fast alle an Bord des Schiffes tot sind , übernimmt Kim das [[Kommando]] über das Schiff und nennt es [[Nightingale|''Nightingale'']] Der ''Flyer'' wird in den [[Hangar]] der ''Nightingale'' gebracht und Kim fliegt mit der ''Nightingale'' zur ''Voyager''. ({{VOY|Nightingale}})
[[Bild:Delta Flyer auf Uxal.jpg|thumb|Der ''Delta Flyer II'' auf Uxal.]]
Einige Wochen später fliegen Commander Chakotay, Harry Kim und Neelix zu einer [[Diplomatie|diplomatischen]] Mission zu den [[Nar Shaddan]]. Der Kontakt verläuft erfolgreich. Auf den Rückweg zur ''Voyager'' leidet Harry Kim unter [[Magen (Organ)|Magenbeschwerden]], nachdem er einen [[Falah-Nektar]] getrunken hat. Als der ''Flyer'' die ''Voyager'' treffen will, ist diese nicht am vereinbarten Treffpunkt. Später findet der ''Flyer'' die verlassene ''Voyager'', welche nun vom [[Notfall-Kommando-Hologramm]] kommandiert wird vor. Die Crew ist in der Zwischenzeit auf den Planeten [[Quarra]] [[Entführung|entführt]] worden. ({{VOY|Arbeiterschaft, Teil I}})
Einige Zeit später gibt Tom Paris [[Icheb]] Flugunterricht im ''Delta Flyer''. Dabei begleitet ihn auch der vorübergehend aus dem [[Q-Kontinuum]] ausgestoßenen ausgestoßene [[Q (Sohn)|Q]]. Paris lässt auch einmal den jungen Q das Steuer übernehmen. Später [[Diebstahl|stiehlt]] Q den ''Flyer'' und nimmt auch Icheb mit, obwohl er dies nicht möchte. Q fliegt mit Icheb zum Planeten [[Golos Prime]], als plötzlich der ''Flyer'' von den [[Chokuzaner]] angegriffen wird. Es kommt zu einem Kampf bei dem Icheb verletzt wird und zu sterben droht. Der junge Q kehrt mit dem ''Flyer'' zur ''Voyager'' zurück und als er sieht, dass Icheb im sterben liegt, übernimmt er zum ersten Mal Verantwortung. Er kehrt zu den Chokuzaner, um diese zu bitten Icheb zu helfen und er [[Entschuldigung|entschuldigt]] sich für den Angriff. Es stellt sich heraus, dass der Chokuzaner in Wirklichkeit Qs Vater [[Q]] ist, der seinen Sohn testen wollte. Q hat diese Prüfung bestanden und sein Vater heilt darauf Icheb. ({{VOY|Q2}})
[[Bild:Delta Flyer Flugstunden.jpg|thumb|left|Tom Paris nimmt Flugstunden mit den ''Delta Flyer II''.]]
