Geheimdienste sind Agenturen, die für verdeckte Ermittlungen und Aktionen von den gewissen Parteien beauftragt werden. Sie bewegen sich je nach dem politischen System der Partei auf moralischen guten oder schlechten Boden
Im Alpha-Quadranten gibt es verschiedene bekannte Geheimdienste:
- Föderation
- Erde
- Sternenflotte: Geheimdienst der Sternenflotte
- Sektion 31 (Existenz offiziell geleugnet)
- Vulkan: V'Shar
- Romulanisches Imperium: Tal Shiar
- Klingonisches Reich: Klingonischer Geheimdienst
- Cardassianische Union
- Obsidianischer Orden (2370 zerfallen)
- Cardassianisches Geheimdienstbüro (seit 2371)