Der Transphasentorpedo ist eine Waffe, welche wahrscheinlich in den 2380er Jahren einer alternativen Zeitlinie von Captain Janeway und der Crew der USS Voyager entwickelt wurde. Der Torpedo wurde speziell für den Einsatz gegen die Borg entwickelt.
Als erstes Sternenflottenschiff wurde die USS Voyager durch die aus der Zukunft kommende Admiral Janeway neben einer ablativen Armierung mit Transphasentorpedos ausgestattet, um den Borg entgegenzutreten und durch einen Transwarpkanal in den Alpha-Quadranten fliehen zu können. Die Borg waren auf den Einsatz dieser Waffe aus der Zukunft nicht vorbereitet und verloren eines ihrer sechs in der Galaxie verteilten Transwarpzentren.
Bereits eine Salve dieser Torpedos genügte um das Transwarpzentrum durch eine Kaskadenreaktion zu zerstören, ein Borg-Kubus wurde zuvor mit nur zwei Torpedos völlig zerstört. Die Torpedos sind so wirksam weil sie, wie das Wort schon sagt(Trans-phasen) sich ausserhalb der normalen Phase befinden sodass sie Schilde und/oder Hüllen einfach durchdringen.
Die verbleibenden Torpedos befinden sich nach der Rückkehr der Voyager in den Alpha-Quadranten in den Händen der Sternenflotte (VOY: "Endspiel, Teil II")