Die Kernmatrix ist Teil des Warpantriebs eines Raumschiffes.
Als die Crew um Captain Sisko das Ketracel-White-Hauptlager des Dominion im Alpha-Quadranten zerstört, wird dabei auch ihr Jem'Hadar-Angriffsjäger durch die Explosion beschädigt. Dabei schmilzt die Kernmatrix, sodass der Warpantrieb nicht mehr zur Verfügung steht. (DS9: Zeit des Widerstands)