Einige Zeit darauf behandelt Phlox den [[Erkältung|Schnupfen]] von Reed. Der Lieutenant beschwert sich darüber, dass man zwar mit Warpantrieb durchs All reisen kann, aber noch niemand ein Heilmittel gegen eine Erkältung gefunden hat. Phlox verabreicht ihm ein [[Hypospray]], um die Symptome zu lindern, und verordnet Bettruhe. Diese kann Reed aber leider nicht einhalten, da er für die Außenmission auf dem Klingonenschiff eingeteilt ist. Bei der Mission sitzen Reed und das Außenteam auf dem Klingonenschiff fest, während die Klinonin [[Bu'Kah]] auf die ''Enterprise'' gelangt. Phlox beginnt diese zu untersuchen und zu behandeln. Archer versucht mit der gefangenen Klingonin zu sprechen, jedoch erfolglos. Sie beschuldigt ihn, ihr Schiff angegriffen und ihre Crew vergiftet zu haben. Nachdem Phlox etwas über klingonische Psychologie gelernt hat, versucht Archer erneut, mit der Frau zu sprechen. Mit Hilfe von Phlox schafft Archer es, sie von seiner Unschuld zu überzeugen. Der Arzt hat festgestellt, dass das toxische Gift, welches die klingonische Crew krank machte, in [[Xarantinisches Bier|xarantinischem Bier]] enthalten war. Die Klingonin gibt zu, dass ihre Crew vor kurzem solches Bier erbeutet hat. Bei ihr ist die Wirkung nur etwas verzögert, weil sie sich in einem gekühlten Raum aufhielt. Phlox ist zum Glück in der Lage, ein Gegenmittel für das Gift zu entwickeln. Damit kann die klingonische Crew gerettet werden und das Außenteam kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. ({{ENT|Schlafende Hunde}})
DrNachdem der geheime Horchposten auf P'Jem enttarnt wurde, greifen die [[Andorianer]] das Kloster an und vernichten es mitsamt des Horchpostens. Die Vulkanier machen die Menschen und vor allem T'Pol für diesen Zwischenfall verantwortlich, da sie schließlich den Horchposten aufgedeckt und an die Andorianer [[verrat]]en haben. Der Subcommander soll daraufhin von der ''Enterprise'' versetzt werden und nach Vulkan zurückkehren. Zu dieser Zeit trifft Phlox trifft T'Pol in der Messe und setzt sich zu ihr. Er hat von ihrer Versetzung durch das [[Vulkanisches Oberkommando|Oberkommando]] gehört. Er versucht nun, sie davon zu überzeugen, dass es nicht ihre Schuld ist, dass P'Jem zerstört wurde, er ist allerdings nicht sehr erfolgreich. Außerdem gibt er ihr den Tipp, dass einige Crewmitglieder eine Abschiedsparty für sie planen.Später behandelt er begeben sich Archer und T'Pol, die auf eine letzte Mission auf [[Coridan]] . Dort wird T'Pol angeschossen wurde, als sie den vulkanischen Kommandanten [[Sopek]] schützt. Später behandelt Phlox T'Pol auf der Krankenstation. Auch [[Sopek]] kommt dazu und will wissen, ob er sie nun wegen der Versetzung mitnehmen kann. Captain Archer überzeugt ihn vom Gegenteil. Als er weg ist, weckt Phlox T'Pol auf und teilt ihr mit, dass sie sich noch mindestens 24 Stunden ausruhen muss. ({{ENT|Im Schatten von P'Jem}})
Wenig später kümmert sich Phlox ist zunächst in Lt. Reeds Traum auf der Krankenstation zugegen. Nachdem Malcolm schließlich wirklich auf der Krankenstation aufwacht, ist er auch dort um Reed und verabschiedet sich aber anschließend mit ArcherTucker, damit nachdem die Patienten schlafen könnenbeiden fast auf [[Fähre 1]] ums Leben gekommen währen. ({{ENT|Allein}})
Nachdem TEinige Zeit darauf trifft die ''Enterprise''Pol ihn mit Kopfschmerzen aufsucht, die sie nach einer Gedankenverschmelzung mit auf das vulkanische Raumschiff [[TolarisVahklas|''Vahklas'']] plagen, untersucht er sie. Er meintCaptain [[Tavin]] hat mit seine Gruppe Vulkan verlassen, dass es sich bei T'Pols Beschwerden nicht um simple Kopfschmerzen handelt, sondern ihr Blutdruck erhöht ist und sie eine ungewöhnliche synaptische Aktivität aufweistihre [[Emotion]]en zu erforschen. Wenig später greift der Vulkanier [[Tolaris]] T'Pol erklärt ihm, dass dies die Folge fehlender Meditation sei und verlangt eine Behandlung mit 25 Milligramm bei einer [[InoprovalinGedankenverschmelzung]]an und vergewaltigt sie dabei. Als Phlox behandelt T'Pol und meldet diesen Vorfall sofort Archer. Archer verhört darauf Tolaris und testet ihn, ob er seine Emotionen unter Kontrolle hat. Archer beginnt Tolaris zu provozieren und darauf greift dieser Archer an. Archer erkennt, dass Vulkanier welche ihre Erforschung der Philosophie der Vulkanier ohne Logik abbrechen willEmotionen nicht kontrollieren können, ermutigt sehr gefährlich sein können und er sie, diese fortzusetzenverweist Tolaris sofort von Bord. ({{ENT|Die Verschmelzung}})
Bei der Erforschung eines [[Einzelgänger]]s trifft man auf eine Gruppe von Jägern der [[Eska]] und begleitet diese auf der Jagd. Dabei wird einer der Jäger verletzt und muss von Phlox auf der Krankenstation behandelt werden. Dieser stellt dabei fest, dass die [[Phantom (Geist von Dakala)|Phantome]], die die Eska jagen, eine intelligente Lebensform sind. Auf Archers Befehl entwickelt er ein Mittel, durch das die Phantome für die Scanner der Eska unsichtbar werden. ({{ENT|Gesetze der Jagd}})