Einige Zeit später wird der vermisste [[Carter Winston]] an Bord der ''Enterprise'' gebeamt. McCoy bedankt sich bei Winston, dafür das er seiner Tochter vor zehn Jahren mit seinen Hilfslieferung das Leben gerettet hat. Von Kirk bekommt McCoy den Auftrag Winston zu untersuchen, doch McCoy entdeckt einige Anormale Werte bei Winston. Später stellt sich jedoch heraus, dass Winston in Wirklichkeit ein [[Vendorianer]] ist, welcher im Auftrag der [[Romulaner]] die ''Enterprise'' [[Sabotage|sabotieren]] soll. Der Vendorianer setzt McCoy außer Gefecht und nimmt dessen Gestalt an. Allerdings erkennen Kirk und Spock schnell, dass es sich bei McCoy nicht um den echten handelt und sie finden den echten McCoy in einem abgesperrten Raum. Kirk und Spock suchen weiter nach dem [[Carter Winston (Vendorianer)|Vendorianer]], als plötzlich die Romulaner auftauchen. Als die Romulaner die ''Enterprise'' angreifen, hilft der Vendorianer der ''Enterprise'' den Romulanern zu entkommen. Der Vendorianer hat nicht nur die Gestalt von Winston angenommen, er hat auch Teile der Persönlichkeit und die auch Güte für die Winston berühmt ist übernommen. ({{TAS|Der Überlebende}})

Als nächstes bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag, den Gauner Harry Mudd auf [[Motherlode]] zu verhaften. Kirk gelingt dies und Harry Mudd kommt in den Arrest an Bord der ''Enterprise''. Mit Hilfe von [[Liebeskristall]]en gelingt es Harry Mudd zu fliehen, währen sich die Besatzungsmitglieder der ''Enterprise'' untereinander verlieben. McCoy bemerkt, wie Spock Emotionen für Christine Chapel zeigt. Zur selben Zeit kann Harry Mudd mit einem Shuttle fliehen und nimmt Schwester Chapel als [[Geisel]]. Kirk und Spock verfolgen sie und beamen auf den Planeten, wo die beiden sich befinden. Auf den Planeten werden sie von Steinmonstern angegriffen, doch in letzter Sekunde können Kirk und die anderen mit einem [[Nottransport]] entkommen. In der Zeit steht McCoy unter dem Einfluss des Liebeskristalls und erzählt den Frauen seine Heldengeschichten. Nach wenigen Stunden lässt die Wirkung der Kristalle nach und die Crew verhält sich wieder normal. ({{TAS|Der Liebeskristall}})

Bei Vermessungsarbeiten empfängt die ''Enterprise'' einen Notruf welcher über einen alten [[Intersat-Code]] übersendet wird. McCoy hält das Signal nicht für echt, trotzdem geht Kirk diesen Notruf nach. Als die ''Enterprise'' den Planeten erreichenerreicht, von dem der Notruf stammt, da wird das Schiff von seltsamen Strahlen angegriffen. Die Strahlen bewirken, dass die ganze Mannschaft an Bord [[schrumpfen|kleiner ]] wird. McCoy muss viele Crewmitglieder behandeln, welche sich durch Stürze verletzt haben. McCoy behandelt auch Sulu, welcher sich bei einem Sturz das Bein gebrochen hat. Um den Prozess zu beenden, lässt sich Kirk auf den Planeten beamen, damit er herausfindet woher die Strahlen stammen. Durch den Transporter erhält Kirk seine normale Größe wieder. Kirk entdeckt eine kleine Stadt auf dem Planeten in dem winzig kleine Menschen leben. Sie haben mit diesen Schrumpfstrahlen versucht, mit der ''Enterprise'' zu [[Kommunikation|kommunizieren]], damit das Schiff ihre Stadt rettet. Die Bewohner nennen sich [[Terraziner]] und sie beamen einen Teil der Crew darunter auch McCoy in ihre Stadt. McCoy besichtigt mit den anderen die Stadt. Durch den Transporter erhält die Besatzung ihre normale Größe wieder. Außerdem wird die Stadt der Terraziner an Bord gebeamt und wird auf einen anderen Planeten in Sicherheit gebracht. ({{TAS|Die Rettungsmission}})

McCoy gehört mit zum Außenteam, welches mit einem [[Aquashuttle]] den Planeten [[Argo (Planet)|Argo]] erforscht. Aber das Shuttle wird von einem riesigen im [[Wasser]] lebenden Bestie angegriffen. Das Außenteam kann sich vor dem Monster retten, mit Ausnahme von Kirk und Spock. Die Bestie verschwindet mit dem Shuttle, in dem sich die beiden befinden. McCoy und Scott suchen fünf Tage die Oberfläche ab und finden die beiden schließlich. Aber bei Kirk und Spock wurde der [[Stoffwechsel]] verändert, die beiden besitzen [[Kieme]]n und brauchen Wasser zum atmen. McCoy versucht alles, um dies rückgängig zu machen, aber er scheitert. Kirk und Spock suchen auf den Planeten nach dem Bewohnern, welche ihnen das angetan haben. Kirk und Spock finden bei den [[Aquaner]]n eine Formel, welche sie wieder zu Luftatmern macht. McCoy injiziert das Gegenmittel und Kirk und Spock werden wieder zu Luftatmern. ({{TAS|Die Entführung}})