Der Doktor erkundigt sich beim Computer , was geschehen sei. Dieser meldet, dass alle holografischen Projektionen beendet wurden. Der Doktor lässt daraufhin den Computer die Offiziere lokalisieren, worauf dieser antwortet, dass das Programm von Janeway in Speicherblock [[47]] Alpha abgespeichert ist. Der Doktor sieht sich daraufhin die Liste der Dateien in diesem Speicherblock an und stellt fest, dass es sich um die Crewliste der ''Voyager ''handelt. Der Computer teilt ihm mit, dass die Crew nur eine Ansammlung holografischer Programme ist.

Als Barclay zurückkehrt, hat er beunruhigende Nachrichten. Sie können ihn nicht herausbeamen und durch die Fehlfunktion, drohe ihm der Tod. Die einzige Möglichkeit, um aus dieser angeblichen Simulation auszubrechen, wäre, die holographische ''Voyager'' zu zerstören. Er kann das Programm auch sofort beenden, indem er das Schiff zerstört. Barclay versucht ihn mit dem Argument zu überzeugen, dass dieses Schiff nicht real ist und er sonst sterben wird. Der Doktor kann dies nicht akzeptieren. Barclay versucht ihn daraufhin zu überzeugen. Der Doktor meint, dass er nicht weiß, wie er es tun soll, er nicht überzeugt ist und außerdem nicht weiß, ob Barclay ein fremdes Wesen ist, dass ihn dazu bringen will das Schiff zu zerstören. Der Doktor will diese Optionen nicht akzeptieren und fragt, wieso er das Schiff nicht slebst selbst zerstört. Barclay meint, dass das Programm so codiert ist, dass es nur auf die Befehle von Zimmerman reagiere. Barclay gibt ihm auch einen Tricorder, womit er feststellt, dass in 15 Metern eine Wand des Holodecks angezeigt wird und Barclay eine holografische Simulation sei, die ihren Ursprung jenseits der Wand habe. Da der Doktor dies nicht akzeptieren will, versetzt ihn Barclay zurück an den Tag, als er zum ersten Mal aktiviert wurde. Dort reicht ihm Kim erneut den falschen Tricorder, ehe er auf die Weisung des Doktors den richtigen holt. Paris herrscht ihn an, dass er die Verletzten behandeln soll. KIm Kim versucht unterdessen das Programm des Doktors zu modifizieren. Der Doktor erkennt inzwischen, dass es seine erste Erinnerung ist und fragt, ob er Paris als Widerling programmiert hat. Barclay entgegnet, dass Barclay selbst Paris nach dem Vorbild seines Cousins Frank geschaffen hat. Nachdem der Doktor die Hologramme [[Tom Paris]] und [[Harry Kim]] gelöscht hat, ist er Barclay gegenüber schon aufgeschlossener, und Barclay sagt ihm, er müsse nun den Warpkern zerstören, um die Simulation zu beenden. Der Doktor will aber zuerst sicher wissen, dass er eine reale Person ist. Dazu will er den holografischen Speicherkern zerstören, da dann alle Hologramme deaktiviert werden und er als realie Personen verbleiben müsste. Da der Holospeicherkern sich im Maschinenraum befindet, gehen sie dorthin.

Außerhalb der Krankenstation ist der Doktor verwundert, dass er noch vorhanden ist, da die holografischen Fernprojektoren deaktiviert wurden. Barclay versichert ihm, dass er ein realer Mensch sei und die beiden gehen weiter. Im Maschinenraum aktiviert Janeway inzwischen die magnetischen Begrenzer. Anschließend trifft sie auf den Doktor. Er soll drei Verletzte verletzte Crewmitglieder behandeln. Janeway befiehlt ihm die Verletzten zu versorgen. Der Doktor will sie stattdessen deaktivieren, was jedoch nicht funktioniert. Barclay erklärt dies damit, dass die holografischen Protokolle beginnen einzufrieren. Daraufhin befiehlt Janeway Parsons und Jenkins den Doktor und Barclay festzunehmen und in den Arrest zu bringen. Auf Janeways Nachfrage, erklärt der Doktor, dass die Phalanx von einem fremden Wesen namens Fürsorger kontrolliert wird. Janeway befiehlt ihn in die Arrestzelle zu bringen. Der Doktor ignoriert dies jedoch und kündigt an, dass in Kürze die gesamte Crew auf die Phalanx gebeamt werden wird. Nachdem dies geschehen ist, drängt Barclay den Doktor dazu das Schiff zu zerstören um das Programm zu beenden. Der Doktor will jedoch zunächst sichergehen, was er ist. Er zerstört daher das zentrale holografische Projektionssystem der ''Voyager'', um absolut sicher zu gehen, dass er auch wirklich eine reale Person ist. Nachdem er mit einem Phaser auf das Projektionssystem geschossen hat, verschwindet er nicht und erfährt vom Computer, dass das holografische Abbildungssystem zerstört wurde. Er ist jedoch verwirrt, warum die Schifssimulation noch existiert. Barclay meint, dass er sich klar machen muss, dass er das Projektionssystem eines Hologramms zerstört hat und das Schiff selbst zerstören muss, um das Programm zu beenden. Der Doktor ist überzeugt und Barclay drängt ihn das Schiff zu zerstören, bevor es zu spät ist. Als er danach noch ein einen Schmerzanfall erleidet, lässt er sich von Barclay überreden, den Warpkern zu zerstören. Barclay erklärt ihm, dass ein Dauerfeuer des Phasers notwendig ist , um die äußeren Duraniumschilde zu durchschlagen. Der Doktor stellt daher seinen Phaser auf Maximum und zielt auf die magnetischen Begrenzer. Als der Doktor den [[Warpkern]] mit seinem Phaser zerstören will, erscheint plötzlich [[Chakotay]] und erklärt dem Doktor, dass er in einer [[Feedback|Feedback-Schleife]] auf dem [[Holodeck]] der ''Voyager'' gefangen sei, welche langsam seine Speicherbänke zerstören.