Innerhalb der nächsten Wochen verschlechtern sich die Beziehungen zwischen der [[Föderation]] und dem [[Klingonisches Reich|Klingonischen Reich]] und ein [[Föderal-Klingonischer Krieg (2267)|Krieg]] bricht zwischen den beiden Mächten aus. Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag den Planet [[Organia]], welcher von strategischer Bedeutung ist zu beschützen und Kontakt mit der Bevölkerung aufzunehmen. Schon auf den Weg nach Organia wird die ''Enterprise'' von den [[Klingone]]n angegriffen. Dabei wird Leslie von seinem Platz geschleudert. Das Schiff kann jedoch schnell vernichtet werden. Kirk und Spock beamen nach dem Kampf auf den Planeten [[Organia]], um dort die einheimische Bevölkerung vor einem Angriff der Klingonen zu warnen. Sulu hat zu der Zeit das Kommando über die ''Enterprise'', als plötzlich eine klingonische Flotte angreift. Kirk befiehlt der ''Enterprise'' daraufhin, sich sofort zurückzuziehen. Später greifen die [[Organier]] in den Kampf ein und sorgen mit ihren Kräften dafür, dass alle Gegenstände glühend heiß werden. Leslie ist deswegen gezwungen, seinen Posten zu verlassen. Kurz darauf wird, aufgrund des Einflusses der Organier, Frieden zwischen der Föderation und den Klingonen geschlossen. ({{TOS|Kampf um Organia}})

Im Orbit eines unbekannten Planeten wird die ''Enterprise'' einige Zeit darauf von [[Temporale Welle|temporalen Wellen]] getroffen. Dabei kommt es zu einem Kurzschluss der Steuerkonsole und Sulu wird verletzt. Doch Doktor McCoy gelingt es Sulu mit ein paar Tropfen [[Cordrazin]] zu behandeln, wonach es Sulu wieder gut geht. Allerdings wird die ''Enterprise'' von einer weiteren Erschütterung getroffen und dabei injiziert sich McCoy aus Versehen eine Überdosis von dem Cordrazin. McCoy wird dadurch Wahnsinnig und greift die Offiziere darunter auch Leslie auf der Brücke an. McCoy beamt auf den Planeten. Kirk beamt mit einem Außenteam ebenfalls auf dem Planeten und kann McCoy schließlich ausfindig machen. ({{TOS|Griff in die Geschichte}})

Einige Zeit später erreicht die ''Enterprise'' den Planeten [[Deneva]], auf dem wahrscheinlich Massenwahnsinn ausgebrochen ist. Kirk beamt mit einem Außenteam auf die Planetenoberfläche, um die Lage in der Kolonie zu prüfen. Dort wird das Außenteam von [[Neuralparasit (2267)|Neuralparasiten]] angegriffen. Dabei wird Spock von einem der Parasiten angegriffen und infiziert. Spock will wenig später auf die Oberfläche zurückkehren, um einen dieser Parasiten zu fangen. Scott und Leslie versuchen Spock aufzuhalten und werden von ihm angegriffen. Leslie wird darauf mit Hilfe des vulkanischen Nackengriffs außer Gefecht gesetzt. Doch Scott gelingt es Spock aufzuhalten und meldet dies sofort Kirk. Als Spock sein Verhalten erklärt, erlaubt ihm Kirk, auf die Oberfläche zu beamen, um einen Parasiten einzufangen. Nach Experimenten mit dem eingefangenen Parasiten findet die Crew heraus, dass UV-Licht diese Parasiten töten kann. Die ''Enterprise'' bringt einige Satelliten in den Orbit von Deneva, welche ultraviolettes Licht über den gesamten Planeten strahlen. Dadurch werden die Parasiten vernichtet und Spock und die Bewohner werden von ihren Qualen erlöst. ({{TOS|Spock außer Kontrolle}})

Kurz darauf verschwinden bei einer [[Außenmission]] Scott und Sulu auf der Oberfläche von [[Pyris VII]]. Kirk, Spock und McCoy begeben sich auf die Oberfläche, um nach den Vermissten zu suchen. Zu dieser Zeit übernimmt [[Lieutenant]] [[DeSalle]] das Kommando über die ''Enterprise'' und Leslie bedient die Steuerung. Inzwischen findet Kirk seine [[Offizier]]e unter der Kontrolle von [[Korob]] und [[Sylvia (Pyris VII)|Sylvia]] vor. Mit Hilfe ihres [[Transmutator]]s kontrolliert Sylvia auch die ''Enterprise'' und sie demonstriert dies Kirk. Wenig später gelingt es Kirk und Spock den Transmutator zu entwenden und zu vernichten. Dadurch wird die Kontrolle von Korob und Sylvia gebrochen und die beiden kommen dabei ums Leben. Dadurch wird auch die ''Enterprise'' frei gegeben und die Offiziere erhalten ihren freien Willen zurück. ({{TOS|Das Spukschloss im Weltall}})

Wenig später übernimmt Scott das Kommando über die ''Enterprise'', nachdem Kirk, Spock und McCoy, sowie [[Nancy Hedford]], eine Gesandte der [[Föderation]], mit einem Shuttle zum Planeten [[Epsilon Canaris III]] fliegen. Leslie bedient in dieser Zeit wieder die Technikstation. Nachdem das Shuttle vom Kurs verschwunden ist, macht sich Scott mit der ''Enterprise'' auf die Suche nach dem vermissten Shuttle. Scott findet schließlich das Außenteam auf einem unerforschten [[Planetoid]]en in der [[Gamma Canaris|Gamma-Canaris]]-Region. ({{TOS|Metamorphose}})

Er arbeitet auf der Brücke und blickt zu Spock, als dieser die [[Wrack]]teile der [[SS Beagle|SS ''Beagle'']] identifiziert, die seit sechs Jahren vermisst wird. Anschließend macht man sich auf die Suche nach Überlebenden, die das Schiff zum [[892-System]] führt. ({{TOS|Brot und Spiele}})