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Kurze Zeit später entdeckt die ''Voyager'' einen Kometen mit einer eigenartigen Flugbahn. Chakotay vermag es nicht zu analysieren. Dieser stellt sich als Gefängnis des Qs [[Quinn]] heraus. Dieser flieht vor dem Kontinuum, daer Selbstmord begehen möchte. Q versucht ihn aufzuhalten. Daraufhin teleportiert er sich und die Voyager in den Urknall. Chakotay meldet daraufhin Janeway das Vorhandensein von [[Baryonpartikel]]n. Nachdem Q sie überall aufspürt, sprechen sie sich aus. Janeway macht den Kompromissvorschlag, dass sie eine Anhörung abhält, auf der beide ihre Argumente präsentieren können. Nachdem Janeway, als Vorsitzende dieser Anhörung, zugunsten Quinns entschieden hat, wird dieser von Q in einen Menschen transformiert. Chakotay bespricht mit Janeway einen möglich Einsatzort für Quinn. Jedoch tötet dieser sich zuvor selbst. ({{VOY|Todessehnsucht}})
Da Tom Paris wiederholt zu spät zum Dienst erscheint, ermahnt ihn Chakotay in Zukunft pünktlich zu erscheinen. Bald nach dieser Ermahnung, trifft die ''Voyager'' auf ein vidiianisches Schiff mit einer erkrankten Person. Während diese auf der Krankenstation behandelt wird, berichtet Chakotay dem Captain, dass ihr Ziel eine entfernte vidiianische Kolonie war. Außerdem spricht er mit dem Captain über das Verhalten von Tom Paris in der letzten Zeit. Er bittet um ihren Rat, da Paris gewissermaßen, ihr persönliches Besserungsprojekt gewesen sei. Jedoch lässt ihm der Captain freie Hand in dieser Angelegenheit. Er bespricht die Situation mit Paris, und bietet ihm an über seine Probleme zu sprechen. Paris meint, dass Chakotay sein Problem ist und geht daraufhin. Nachdem Paris wieder einmal zu spät zum Dienst erscheint, suspendiert ihn Chakotay vom Dienst. Daraufhin attackiert Paris Chakotay und wird von Tuvok in den Arrest gesteckt. ({{VOY|Lebensanzeichen}})
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