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Nachdem man ein Trümmerfeld entdeckt, untersucht man die Ursache und findet heraus, dass eine cardassianische Sonde, [[ATR-4107]], aus dem Alpha-Quadranten einen Planeten zu vernichten droht. Chakotay und B'Elanna informieren daraufhin die anderen Führungsoffiziere, dass sie die Sonde im Alpha-Quadranten gestartet hatten. Er weist auch Tom Paris zurecht, als dieser verspätet erscheint. Nachdem ein erster Versuch die Sonde zu stoppen gescheitert ist, berechnet er, dass es 51 Minuten dauert bis die Sonde Rakosa erreicht. Als Janeway den Flugkörper angreifen will, weist er darauf hin, dass dies wohl wirkungslos sein wird. Janeway entgegenet, dass die Voyager mit Torpedos vom Typ 6 ausgestattet ist, die es zum Startzeitpunkt von Dreadnought nicht gab. Jedoch ist der Angriff ergebnislos. Infolgedessen leitet er auf Janeways Befehl die Evakuierung der ''Voyager''. Auch er selbst verlässt das Schiff. ({{VOY|Der Flugkörper}})
Kurze Zeit später entdeckt die ''Voyager'' einen Kometen mit einer eigenartigen Flugbahn. Chakotay vermag es nicht zu analysieren. Dieser stellt sich als Gefängnis des Qs [[Quinn]] heraus. Dieser flieht vor dem Kontinuum, daer Selbstmord begehen möchte. Q versucht ihn aufzuhalten. Daraufhin teleportiert er sich und die Voyager in den Urknall. Chakotay meldet daraufhin Janeway das Vorhandensein von [[Baryonpartikel]]n. Nachdem Q sie überall aufspürt, sprechen sie sich aus. Janeway macht den Kompromissvorschlag, dass sie eine Anhörung abhält, auf der beide ihre Argumente präsentieren können. Nachdem Janeway, als Vorsitzende dieser Anhörung, zugunsten Quinns entschieden hat, wird dieser von Q in einen Menschen transformiert. Chakotay bespricht mit Janeway einen möglich Einsatzort für Quinn. Jedoch tötet dieser sich zuvor selbst. ({{VOY|Todessehnsucht}})
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