Auf dem Weg zurück zur Erde wird die ''Enterprise'' von einem riesigen Schiff der [[Sternenflotte]] überrascht. Dieses Schiff ist der ''Enterprise'' in jeder Hinsicht überlegen und es wurde nur zu einem Zweck gebaut: [[Krieg]]. Das Kommando hat Admiral Marcus der die sofortige Freigabe von Khan fordert, da er sonst die ''Enterprise'' vernichten wird. Kirk befiehlt auf Warp zu gehen um zu flüchten. Doch dem fremden Schiff gelingt es die Enterprise im Warp zu überholen und mit seinen Waffen zu stoppen. Da die völlige Zerstörung der Enterprise droht, offenbart Kirk Marcus, dass seine Tochter an Bord ist, mit der Hoffnung, dass dieser wegen ihr das Feuer nicht eröffnet. Als sich Kirk dann bereit erklärt, Khan zu übergeben um seine Mannschaft zu retten, beamt Marcus seine Tochter zu sich an Bord und befiehlt auf die [[Brücke]] der ''Enterprise'' zu feuern. Kirk, der erkennt, dass sie keine Chance haben, wendet sich an seine Crew und entschuldigt sich dafür, dass er sie nicht beschützen kann. Doch Scotty ist es gelungen beim Jupiter sich an Bord von Marcus Schiff zu schmuggeln und dessen Waffen zu sabotieren. Jetzt sieht Kirk doch noch eine Chance zu überleben. Er verbündet sich mit Khan, der sich selbst als Opfer von Marcus sieht. Beide versuchen im [[Raumanzug]] von der ''Enterprise'' durch den leeren Raum unbemerkt auf das andere Schiff zu gelangen. Spock der Khan zutieft misstraut, nimmt Kontakt nach [[Neu Vulkan]] auf, um sein [[Spock|zukünftiges Ich]] zu befragen. Dieser eröffnet ihm, dass Khan über die Maßen gefährlich ist und dass er selbst seiner Zeit nur durch ein großes Opfer gestoppt werden konnte.

Als Khan und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, betäubt Scotty Khan auf Kirks Befehl. Dieser erwacht kurz darauf aber, attackiert Kirk und tötet Admiral Marcus. Dann fordert er von Spock die Herausgabe seiner 72 Männer und Frauen, da er sonst Kirk töten will. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein, indem er die 72 Torpedos zu Khan beamen lässt und diese später sprengt. Kurz zuvor werden Kirk, Scotty und Carol Marcus von Khan auf die ''Enterprise'' gebeamt, da <q>kein Schiff ohne seinen Captain untergehen solle</q>. Khan nimmt das Schiff unter schwerem Beschuss und beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die [[Evakuierung]] an, doch [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] und andere [[Offizier]]e weigern sich, das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wiederherzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er begibt sich in den stark verstrahlten Maschinenkern des Schiffes um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Antrieb kann wieder gestartet werden und die ''Enterprise'' kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Khan rächen.

Als dessen Schiff durch die Explosion der 72 Torpedos so stark beschädigt wird, dass es abstürzt, versucht Khan das Schiff mit den letzten Energiereserven in das Hauptquartier der Sternenflotte zu lenken. Khan selbst überlebt den Absturz und versucht unterzutauchen. Doch Spock ist ihm dicht auf den Fersen, fest entschlossen Khan zur Strecke zu bringen. Auf der ''Enterprise'' beobachtet McCoy wie ein toter [[Tribble]] durch eine [[Bluttransfusion]] von Khans Blut wieder zu leben beginnt. Da erkennt er die Chance auch Kirk wieder zum Leben zu erwecken. Deswegen folgt Uhura Spock nach, um ihn davon zu überzeugen, dass man um Kirk zu retten, Khan lebend braucht. Schlussendlich gelingt es beiden Khan zu fassen und mit dessen Blut Kirk wiederzubeleben.