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Die ''Voyager'' empfängt ein Föderationssignal und Janeway beschließt, dem nachzugehen. An der Quelle angekommen, stellt die Crew fest, das diese sich in einem Nebel befindet. Unsicher ob es ein authentisches Signal ist, planen sie die Bergung. Bevor diese jedoch beginnen kann, wird das Schiff von den Kazon Nistrim angegriffen. Diesen gelingt es, nach Enterung der ''Voyager'', ein Transportermodul zu entwenden. Janeway versucht mit allen Mitteln, das angreifende Schiff zu stoppen und dabei stellt sich heraus, dass sich Seska auf eben jenem befindet. Die Versuche scheitern und die Kazon können entkommen. Nachdem die Reparaturen beendet sind, will sich der Captain die Technologie zurückholen, jedoch kommt ihr Commander Chakotay zuvor. Dieser entwendet ein Gerät zur Zerstörung des Moduls und begibt sich auf eigene Faust zu Seska.
Janeway ist außer sich vor Wut, da Chakotay die gesamte Kommandostruktur, sowie alle Prinzipien, an die er glaubt, unterwandert hat. Sie befiehlt Tuvok, die Sicherheitsmaßnahmen an Bord des Schiffes zu erhöhen, damit dies nicht wieder vorkommen kann. In einem Gespräch mit Torres, welche Partei für ihn ergreift, findet sie die Beweggründe für sein handeln heraus, kann dies aber weiterhin nicht gutheißen. Jedoch ist sie der Ingenieurin [[Ingenieur]]in dankbar, dass sie ihr diese Einblicke verschafft hat und beschließt nun, entgegen dem Wunsch des Commanders, eine Rettungsaktion durchzuführen. Die riskante Aktion gelingt und Chakotay kann gerettet werden. Im darauffolgenden Gespräch zwischem dem Captain und dem Commander stellt sie unmissverständlich klar, dass sie ein solches Verhalten nicht erneut tolerieren wird. ({{VOY|Das Signal}})
Ein Außenteam der ''Voyager'' befindet sich auf dem Heimatplaneten der Alsaurianer, um Tellerium zu besorgen. Diese Substanz ist entscheidend für die Funktion des Warpantriebes. Da der Planet von einem Regime kontrolliert wird, welches Handel mit Außenstehenden streng verbietet, operiert das Team undercover.
Sie erwacht im Haus eines Mannes namens [[Caylem]]. Dieser hält Janeway für seine, lange verloren geglaubte Tochter. Trotz intensiver Versuche des Captains, ihn vom Gegenteil zu überzeugen, beharrt dieser auf seiner Ansicht. Mit seiner Hilfe gelingt es ihr, in das streng bewachte Gefängnis der Stadt einzudringen und das Außenteam zu befreien. Dabei wird Caylem getötet. Janeway ist sichtlich getroffen von seinem Tod, da sie ihn mittlerweile ins Herz geschlossen hat. In den letzten Lebensmomenten gibt sie sich als seine Tochter aus und verspricht ihm, seine Frau aus dem Gefängnis zu befreien. Kurz darauf wird das Team zurück auf die ''Voyager'' gebeamt. ({{VOY|Die Resistance}})
Nachdem man auf eine künstliche Lebensform trifftgetroffen ist, welche stark beschädigt ist, wird diese an Bord gebracht. Gegen Tuvoks Bedenken, lässt Janeway die Lebensform, welche sich als [[Automatische Einheit 3947]] vorstellt, reparieren. Nach der Reparatur bittet die Automatische Einheit Torres, ihnen zu helfen, sich reproduzieren zu können. Dies bespricht sie mit dem Captain, der dies wegen der obersten Direktive ablehnt. Wenig später trifft man auf das Raumschiff der Automatischen Einheit. Diese , diese entführt jedoch Torres auf ihr Schiff. Daraufhin fordert Janeway zunächst verbal die Freilassung ihrer Chefingenieurin und lässt, als das wirkungslos bleibt, die Waffen laden. Nach einem kurzen Gefecht, ist die ''Voyager'' verteidigungsunfähig und wird nur durch B'Elannas Einwilligung , einen reproduktionsfähigen [[Prototyp]] en einer Automatischen Einheit zu bauen, gerettet. Unterdessen plant Janeway mit den Führungsoffizieren [[Führungsoffizier]]en die Befreiung ihrer Ingenieurin. Bevor sie ihren Plan umsetzen können, trifft ein weiteres Raumschiff ein und greift das [[Pralor]]-Raumschiff an. Janeway wird aufgefordert, sich [[Rückzug|zurückzuziehen]]. Sie hält ihre Position und schickt Paris mit einem Shutte los, um B'Elanna durch eine Lücke in den Schilden[[Schild]]en, welche durch den beschuss Beschuss entsteht, rauszubeamen. Dieses Manöver kann erfolgreich durchgeführt werden. Anschließend unterhält sie sich mit Torres und meint, dass es schwierig wargewesen sei, zu zerstören, was sie erschaffen hat. Darauf antwortet Torres, dass es jedoch notwendig wargewesen sei. ({{VOY|Prototyp}})
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