Kurz darauf transportiert die ''Enterprise'' 115 [[Botschafter|Delegierte]] zum Planeten [[Babel (Planet)|Babel]]. Während des Fluges kümmert sich Kirk um die Delegierten, er führt zum Beispiel Botschafter [[Sarek]] und seine Frau [[Amanda Grayson]] durch das Schiff. Dabei bemerkt Kirk, dass zwischen Sarek und Spock Feindseligkeit herrscht und dass Sarek nichts mit seinen Sohn zu tun haben will. Wenig später gerät Sarek bei einem Empfang in einen heftigen Streit mit dem [[Tellarit]] [[Gav]] und Kirk schlichtet den Streit. Zur selben Zeit wird die ''Enterprise'' von einem unbekannten Schiff verfolgt. Kurz darauf wird Gav tot aufgefunden. McCoy stellt bei einer Untersuchung fest, dass Gav durch einen [[Genickbruch]] gestorben ist und Spock erkennt, dass Gav durch [[Tal-Shaya]] getötet worden ist. Da das Tal-Shaya eine vulkanische Hinrichtungsart ist, gerät Sarek unter Verdacht. Als Kirk darauf Sarek verhört, bricht dieser zusammen. Sarek hat einen [[Herzanfall]] und erklärt, er hatte auch eine solche Attacke, während Gav ermordet worden ist. Sarek wird darauf auf die Krankenstation gebracht. Zur selben Zeit findet Uhura heraus, dass jemand von der ''Enterprise'' eine Botschaft an das unbekannte Schiff schickt. Kirk versucht den Spion zu finden, während es Sarek immer schlechter geht, und nur eine riskante Operation kann ihn retten. Da Sarek eine seltene [[Blutgruppe]] hat und während der Operation unter hohen Blutverlust leiden wird, erklärt sich Spock bereit sein [[Blut]] zu spenden. Spock bereitet sich nun auf die Operation vor, doch zur selben Zeit wird Kirk von dem [[Andorianer]] [[Thelev]] angegriffen und schwer verletzt. Da der Captain nun außer Gefecht gesetzt ist, hat Spock das Kommando über die ''Enterprise''. Da die ''Enterprise'' noch immer von einem unbekannten Schiff verfolgt wird, weigert er sich das Kommando abzugeben und an der Operation teilzunehmen. Als Kirk das Bewusstsein wieder erlangt, erfährt er, dass Spock aufgrund seines Pflichtbewusstseins seinen Vater opfert und er übernimmt schwer verwundet wieder das Kommando. Kirk lässt Spock glauben, alles sei in Ordnung und Spock nimmt nun an der Operation teil. Plötzlich greift das unbekannte Schiff an und Uhura findet die Quelle des Signals an Bord der ''Enterprise''. Es stammt von Thelev aus der Arrestzelle und dieser wird zu Kirk auf die Brücke gebracht. Auf der Brücke stellt sich heraus, dass Thelev in Wirklichkeit ein [[Orioner]] ist, welcher die Mission der ''Enterprise'' sabotieren soll, damit die [[Babel-Konferenz]] später scheitert und die Orioner so den Planeten [[Coridan]] übernehmen können. Kirk gelingt es schließlich das Schiff der Orioner kampfunfähig zu schießen und darauf aktivieren diese die Selbstzerstörung. Thelev begeht darauf Selbstmord. Danach begibt sich Kirk wieder auf die Krankenstation und er sieht, dass Sareks Operation gut verlaufen ist. Nun kann sich Kirk zur Freude von McCoy auf der Krankenstation erholen. ({{TOS|Reise nach Babel}})

Als nächstes besucht die ''Enterprise'' den erdähnlichen Planeten [[Neural]]. Als Kirk das letzte Mal auf diesem Planeten gewesen ist war dieser Planet ein Paradies für ihn. Doch inzwischen haben sich die Umstände geändert, da die Dorfbewohner auf diesem Planeten über Steinschussgewehre verfügen, obwohl sie diese von ihrer Entwicklung her nicht haben dürften. Die Dorfbewohner machen sich mit diesen Waffen auf die Jagd nach [[Tyree (Person)|Tyree]], und als Kirk diese aufhalten will, schießen die Dorfbewohner auf ihn und sein Außenteam. Dabei wird Spock schwer verwundet und das Außenteam kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. Dort taucht plötzlich ein klingonisches Schiff auf und Kirk vermutet einen Zusammenhang zwischen den Klingonen und der starken Bewaffnung der Dorfbewohner. Kirk beamt darauf mit McCoy auf auf die Oberfläche, um herauszufinden, was die Klingonen auf der Oberfläche wollen. Dort begibt sich Kirk zusammen mit Tyree in das Dorf und beobachtet dort, wie die Klingonen weiter die Dorfbewohner mit Waffen ausrüsten. Doch trotz der Gefahr, welche nun von den Dorfbewohnern ausgeht, verabscheut Tyree die Gewalt und will eine friedliche Lösung finden. Kirk beginnt aber nun am nächsten Tag Tyree und seine Leute mit Waffen auszurüsten, um ein Gleichgewicht der Kräfte zu bewahren. Später werden Kirk und [[Nona]] von einem [[Mugato]] angegriffen und Kirk tötet diesen mit seinem Phaser. Als Nona erkennt, was für eine mächtige Waffe sie hat, stiehlt sie Kirk den Phaser und will ihn den Dorfbewohnern bringen. Doch die Dorfbewohner glauben Nona nicht, dass sie eine mächtige Waffe hat und wollen diese vergewaltigen. Nona will sich mit dem Phaser wehren, doch sie kann damit nicht umgehen. Beim Kampf gegen die Dorfbewohner wird Nona getötet und Tyree muss dies hilflos mit ansehen. Dies ist auch für den friedlichen Tyree zu viel und er will sich an den Dorfbewohnern rächen. Tyree fordert von Kirk eine weitere Lieferung und Kirk übergibt sie schweren Herzens an Tyree. ({{TOS|Der erste Krieg}})

Wenig später beamt ein Außenteam, welches von Kirk geführt wird, auf den Planetoiden [[Gamma II]]. Als Scott den Transportvorgang beginnt verschwinden jedoch Kirk, Chekov und Uhura vor seinen Augen. Scott meldet darauf Spock, dass das Außenteam aus unerklärliche Weise verschwunden ist. Auf Befehl von Spock untersucht Scott den Transporter, doch er findet keinen Fehler vor. Spock findet inzwischen auch kein Lebenszeichen des Außenteams auf Gamma II. Bei seinen Messungen entdeckt Spock eine unbekannte Energiespur und er folgt dieser. Als Spock mit der ''Enterprise'' den Orbit von Gamma II verlassen will, ist Scott genau so wie McCoy dagegen, denn die beiden vermuten, dass sich das Außenteam sich noch auf Gamma II befindet. Im Orbit von [[Triskelion]] entdeckt Spock das verschwundene Außenteam. Dort übernehmen die [[Versorger]] die Kontrolle über die ''Enterprise''. Wenig später gelingt es Kirk die Versorger herauszufordern und verlangt, wenn er gewinnt, dass die Sklaven befreit werden. Die Versorger gehen darauf ein und unerwartet gewinnt Kirk den Kampf. Darauf können Kirk, Chekov und Uhura zur ''Enterprise'' zurückkehren. ({{TOS|Meister der Sklaven}})

Im selben Jahr gelingt es einem [[Kelvaner|kelvanischen]] Expeditionsteam aus der entfernten [[Andromeda-Galaxie]], die ''Enterprise'' zu kapern. Später wird das Schiff mit kelvanischer Technologie ausgestattet, wodurch sie das erste Schiff der Sternenflotte wird, das erfolgreich die [[Galaktische Barriere]] durchbricht. Im Verlaufe des Fluges gelingt es jedoch Captain Kirk, den Anführer [[Rojan]] davon zu überzeugen, eine friedliche Umsiedlung in die [[Milchstraße]] zu planen, anstatt wie eigentlich vorgesehen, sie militärisch zu erobern. ({{TOS|Stein und Staub}})

Als der Historiker [[John Gill]] keine Berichte mehr an die Sternenflotte übermittelt, wird die ''Enterprise'' ausgesandt, um auf dem Planeten [[Ekos]] nach dem Rechten zu sehen. Wenig später stellt das Sternenflottenschiff jedoch fest, dass John Gill sein Wissen genutzt hat, um ein neues [[Nazi|Drittes Reich]] zu schaffen, in dem Glauben, eine gute und produktive Gesellschaft dadurch entstehen zu lassen. Jedoch lief dieser Versuch schief und es bildeten sich zwei Parteien, die sich seitdem gegenseitig bekämpfen. Erst durch Gills Tod und dem Eingreifen von Spock und Kirk kann dieses grauenvolle Kapitel abgeschlossen werden. ({{TOS|Schablonen der Gewalt}})

Kurz darauf soll auf der ''Enterprise'' der neue Supercomputer [[M5]] von Dr. [[Richard Daystrom]] getestet werden. Der Computer übernimmt die Kontrolle über das Schiff und damit wird eine Mannschaft überflüssig. Bis auf eine Rumpfmannschaft gehen alle von Bord und der Test beginnt. Der Test beinhaltet auch einen simulierten Kampf mit mehren Schiffen der Sternenflotte. In der Zwischenzeit entwickelt der Computer ein Eigenleben. Der Computer kann nicht mehr zwischen Realität und Simulation unterscheiden. Es kommt zum Kampf zwischen der ''Enterprise'' und den anderen Schiffen. Es gibt viele Tote und Verletzte auf den anderen Schiffen.