Kirk weigert sich, Harrison mit den neuen Photonentorpedos zu töten , und nimmt ihn gefangen, um ihn vor Gericht zu stellen. Die Enterprise sitzt jedoch im klingonischen Raum fest, da ihr Warpantrieb beschädigt ist. Harrison verrät, dass er in Wirklichkeit Khan ist und seine Leute in den Torpedos stecken. Er berichtet, dass Admiral Marcus einen Krieg mit den Klingonen anfangen möchte.

Auf dem [[Planet]]en [[Nibiru]] droht ein [[Vulkan (Geologie)|Vulkan]] jegliches Leben zu vernichten. Um dieses zu verhindern , will die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|Crew]] der [[USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|''Enterprise'']] den Vulkan zum Erlöschen bringen. Während sich das [[Raumschiff|Schiff]] mitten in einem [[Ozean]] verbirgt, taucht [[Spock (Neue Zeitlinie)|Spock]] verborgen durch eine [[Asche]]wolke in den Vulkan ein , um die [[Lava]] mittels eines technischen Gerätes zum Erstarren zu bringen. Unterdessen müssen [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James Kirk]] und [[Leonard McCoy (Neue Zeitlinie)|Leonard McCoy]] vor den Einwohnern fliehen, da sie von ihnen als Fremde enttarnt wurden. Sie springen über eine Klippe und tauchen direkt in die [[Luftschleuse]] der ''Enterprise''. Auf der [[Kommandobrücke]] müssen sie aber erfahren, dass sie Spock aufgrund von Störungen, die der Vulkan verursacht, nicht mehr an Bord holen können. Der einzige Weg wäre mit dem Schiff aufzutauchen und direkt in den Vulkan zu steuern , um Spock an Board Bord [[beamen]] zu können. Dies würde aber direkt gegen die [[oberste Direktive]] verstoßen, da es einen direkten Einfluss auf die Bevölkerung hätte, wenn sie ein hochentwickeltes Raumschiff sehen würden. Spock beharrt auf der Einhaltung der obersten Direktive und bekräftigt seine Meinung mit den Worten: <q>Die Bedürfnisse der Vielen sind wichtiger als die Bedürfnisse der Wenigen.</q> Kirk entschließt sich dennoch , mit dem Schiff aus dem [[Wasser]] aufzutauchen und seinem [[Erster Offizier|ersten Offizier]] das Leben zu retten. Der [[Plan]] gelingt: die von Spock entworfene [[Bombe]] explodiert, der Vulkan erlischt und Spock kann rechtzeitig herausgebeamt werden. Das Ganze hat jedoch eine dramatische Folge: die Die technisch völlig unterentwickelten Ureinwohner bekommen die Enterprise zu sehen und verehren sie fortan als [[Gott]]heit.

Im [[Sternenflottenhauptquartier|Hauptquartier der Sternenflotte]] bekommen Spock und Kirk von [[Admiral]] [[Christopher Pike (Neue Zeitlinie)|Pike]] eine saftige [[Moralpredigt]], weil sie die oberste Direktive schon allein damit verletzt haben, dass sie die Bewohner des Planeten Niburu vor dem Untergang gerettet haben, obwohl sie den Planeten nur beobachten hätten sollen. Besonders James Kirk muss sich den Vorwurf gefallen lassen, die Konsequenzen seiner Handlungen zu ignorieren. Zur [[Strafe]] wird Spock auf ein anderes Schiff [[Versetzung|versetzt]] und Kirk soll zurück an die [[Sternenflottenakademie|Akademie]]. Restlos [[Depression|deprimiert]] zieht sich Kirk in eine [[Bar]] zurück , um seinen Frust durch [[Alkohol]] und [[Sex|Frauen]] zu erleichtern. Da stößt Pike zu ihm , um ihm zu versichern, dass er immer noch fest an ihm glaube und sich für ihn vor dem [[Sternenflottenkommando|Oberkommando der Sternenflotte]] eingesetzt habe, sodass Kirk als erster Offizier unter Pike auf der ''Enterprise'' bleiben darf. In dem Moment bekommt Pike die Nachricht, dass eine Sitzung der obersten Offiziere der Flotte einberaumt wurde. [[Datei:Pike ist von Kirks Bruch der Obersten Direktive enttäuscht.jpg|thumb|Pike und Kirk]]

Unter der Leitung von Admiral [[Alexander Marcus|Marcus]] soll über das Vorgehen nach dem [[Terroranschlag]] in London beraten werden. Marcus muss zugeben, dass der [[Attentat|Attentäter]], ein Mann names namens [[John Harrison]], einer der besten [[Agent]]en der Sternenflotte war. Kirk meldet sich als erster Offizier unter Christopher Pike zu Wort, da er nicht versteht, warum ein einfaches Archiv zerstört wurde. Als ihm laut der Gedanke kommt, dass das [[Protokoll]] vorsieht, dass sich nach so einem Anschlag alle Offiziere an einem bestimmten Ort treffen sollen, erscheint hinter ihnen ein kleines Schiff und eröffnet das Feuer. Hinter dem Steuer sitz sitzt Harrison. Kirk gelingt es, das Schiff zum [[Absturz]] zu bringen, doch Harrison schafft es, sich rechtzeitig wegbeamen zu lassen. Unter den Opfern dieses Anschlages ist auch Admiral Pike. Kurz vor seinem Tod gelingt es Spock noch , mittels [[Gedankenverschmelzung]] seine letzten Gedanken zu erfahren. Kirk ist schockiert über den [[Tod]] seines [[Mentor]]s und will [[Rache]] nehmen. Durch [[Montgomery Scott (Neue Zeitlinie)|Scotty]] erfährt er, dass sich Harrison mittels der von ihm aufgestellten [[Transwarpgleichung]] nach [[Kronos (Neue Zeitlinie)|Kronos]] beamen konnte, der [[Klingone|klingonischen]] [[Heimatwelt]]. Kirk bittet Admiral Marcus um die Erlaubnis, Harrison verfolgen und ausschalten zu dürfen. Dazu möchte er unbedingt Spock wieder als seinen ersten Offizier haben. Der Admiral gesteht Kirk, dass Harrison kein Archiv , sondern eine geheime Basis einer Organisation der Sternenflotte namens [[Sektion 31]] zerstört habe. Marcus, der glaubt, dass ein Krieg mit den Klingonen überfällig ist, gibt Kirk die Erlaubnis und obendrein noch 72 spezielle [[Torpedo]]s, mit denen Kirk Harrison vom [[Orbit|Planetenorbit]] aus beschießen soll.

[[Datei:Khan wird verhaftet 2259.jpg|thumb|Harrison wird abgeführt.]]

In der [[Arrestzelle]] der ''Enterprise'' erklärt Harrison dem wütenden Kirk seine [[Motiv]]e: er Er habe sich ergeben, weil es an Bord 72 Gründe dafür gebe. Er sei in Wirklichkeit ein [[Augment|genetisch verbesserter Mensch]], der vor 300 [[Jahr]]en [[Kryogenische Stasis|eingefroren]] wurde und den Admiral Marcus als Waffe gebrauchen will. Außerdem sei sein Name nicht John Harrison , sondern [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan]]. Und wenn er wissen wolle, warum er die [[Föderation]] angegriffen habe, solle er die Torpedos genauer untersuchen. Zusätzlich gibt er ihm [[Koordinaten]] in der Nähe des [[Jupiter]]s. Diese lauten 23.17.46.11 . Obwohl er ihm misstraut, will Kirk Antworten haben und schickt Dr. Carol Wallace, die in Wiklichkeit Wirklichkeit die Tochter von Admiral Marcus ist, mit einem dieser Torpedos von Bord , um ihn zu untersuchen. Dabei kommt heraus, dass sich in diesem eine alte [[Stasiskapsel]] befindet. Khan erklärt Kirk, dass diese insgesamt 72 Personen seine [[Mannschaft]] sind, die er beschützen wolle. Der Böse sei nicht er, sondern in Wirklichkeit Admiral Marcus. Kirk bittet Scotty über [[Funk]] als Freund sich anzusehen, was sich bei den Koordinaten, die er von Khan erhalten hat, befindet. Als Scotty dort ankommt, traut er seinen [[Auge]]n nicht.

Auf dem Weg zurück zur Erde wird die ''Enterprise'' von einem riesigen Schiff der [[Sternenflotte]] überrascht. Dieses Schiff ist der ''Enterprise'' in jeder Hinsicht überlegen und es wurde nur zu einem Zweck gebaut: [[Krieg]]. Das Kommando hat Admiral Marcus, der die sofortige Freigabe von Khan fordert, da er sonst die ''Enterprise'' vernichten wird. Kirk befiehlt , auf Warp zu gehen , um zu flüchten. Doch dem fremden Schiff gelingt es, die Enterprise im Warp zu überholen und mit seinen Waffen zu stoppen. Da die völlige Zerstörung der Enterprise droht, offenbart Kirk Marcus, dass seine Tochter an Bord ist, in der Hoffnung, dass dieser deswegen das Feuer nicht eröffnet. Als sich Kirk dann bereit erklärt, Khan zu übergeben , um seine Mannschaft zu retten, beamt Marcus seine Tochter zu sich an Bord und befiehlt auf die [[Brücke]] der ''Enterprise'' zu feuern. Kirk, der erkennt, dass sie keine Chance haben, wendet sich an seine Crew und entschuldigt sich dafür, dass er sie nicht beschützen kann. Doch Scotty ist es gelungen , sich beim Jupiter an Bord von Marcus' Schiff zu schmuggeln und dessen Waffen zu sabotieren. Jetzt sieht Kirk doch noch eine Chance zu überleben. Er verbündet sich mit Khan, der sich selbst als Opfer von Marcus sieht. Beide versuchen im [[Raumanzug]] von der ''Enterprise'' aus durch den leeren Raum unbemerkt auf das andere Schiff zu gelangen. Spock, der Khan zutiefst misstraut, nimmt Kontakt nach [[Neu Vulkan]] auf, um sein [[Spock|zukünftiges Ich]] zu befragen. Dieser eröffnet ihm, dass Khan über die Maßen gefährlich ist und dass er selbst in seiner Zeit nur durch ein großes Opfer gestoppt werden konnte.

[[Datei:Die Enterprise stürzt der Erde entgegen 2259.jpg|thumb|left|Die ''Enterprise'' stürzt der Erde entgegen.]]Als Khan und Kirk Admiral Marcus auf dessen Brücke erreichen, betäubt Scotty Khan auf Kirks Befehl. Dieser erwacht aber kurz darauf, attackiert Kirk und tötet Admiral Marcus. Dann fordert er von Spock die Herausgabe seiner 72 Männer und Frauen, da er sonst Kirk töten will. Spock geht zum Schein auf diese Forderung ein, indem er die 72 Torpedos zu Khan beamen lässt und diese später sprengt. Kurz zuvor werden Kirk, Scotty und Carol Marcus von Khan auf die ''Enterprise'' gebeamt, da <q>kein Schiff ohne seinen Captain untergehen solle</q>. Khan nimmt das Schiff unter schweren Beschuss und es beginnt auf die Erde abzustürzen. Spock ordnet die [[Evakuierung]] an, doch [[Hikaru Sulu (Neue Zeitlinie)|Sulu]] und andere [[Offizier]]e weigern sich, das Schiff zu verlassen. Scotty gelingt es nicht die Hauptenergie wiederherzustellen, damit ist das Schiff praktisch tot. Doch Kirk sieht noch einen Weg: er Er begibt sich in den stark verstrahlten Maschinenkern des Schiffes , um ihn wieder zum Laufen zu bringen. Er hat Erfolg: der Der Antrieb kann wieder gestartet werden und die ''Enterprise'' kann sich aus dem Orbit befreien. Doch der Preis ist hoch: Kirk wurde zu stark verstrahlt und stirbt kurz darauf. Spock ist traurig und fassungslos - er will sich dafür an Khan rächen.

Als dessen Schiff durch die Explosion der 72 Torpedos so stark beschädigt wird, dass es abstürzt, versucht Khan das Schiff mit den letzten Energiereserven in das Hauptquartier der Sternenflotte zu lenken. Khan selbst überlebt den Absturz und versucht unterzutauchen. Doch Spock ist ihm dicht auf den Fersen, fest entschlossen , Khan zur Strecke zu bringen. Auf der ''Enterprise'' beobachtet McCoy, wie ein toter [[Tribble]] durch eine [[Bluttransfusion]] von Khans Blut wieder zu leben beginnt. Da erkennt er die Chance , auch Kirk wieder zum Leben zu erwecken. Deswegen folgt Uhura Spock nach, um ihn davon zu überzeugen, dass man, um Kirk zu retten, Khan lebend braucht. Schlussendlich gelingt es beiden Khan zu fassen und mit dessen Blut Kirk wiederzubeleben.

Khan wird wieder eingefroren und zusammen mit seiner Mannschaft, die Spock vor der Übergabe aus den Torpedos entfernt hatte, weggesperrt. Auf der [[Trauerfeier]] fast ein ganzes Jahr dannach danach [[Zitat|zitiert]] Kirk seinen Mentor Pike und meint, dass er den [[Schwur des Captains]] nun verstanden hätte. Dr. Carol Marcus wird offiziell ein Teil der Besatzung und die frisch überholte ''Enterprise'' bricht zu ihrer großen und lang erwarteten [[Fünf-Jahres-Mission]] auf.

;McCoy:Jim, du hast den Mann gerade ohne ein vernüftiges vernünftiges Blatt an einen Pokertisch gesetzt und ihm gesagt, dass er bluffen soll!

{{HGI|Wie schon beim letzten Film bedienten sich J.J. Abrams und seine Autoren bekannter Zitate und Elementen aus anderen Filmen und Serien des Star -Trek -Universums, beispielsweise der ''[[Sektion 31]]''. Das Ende des Films war zu einem großen Teil an das Ende von {{film|2}} angelehnt, nur dass diesmal Kirk und Spock die Rollen getauscht haben.}}

Der Planet Nibiru , auf welchem Kirk, Spock & Co. einen Vulkanausbruch verhindern sollen, stammt aus verschiedenen mythologischen Texten der Erde. Um was es sich bei Nibiru handelt, ist noch unschlüssig. In babylonischen Texten handelt es sich hierbei um eine Gottheit. Weiter kann man vermuten, dass es ein beweglicher Himmelskörper ist.

Nachdem Kirk den Warpantrieb repariert hat, aktiviert Sulu die Korrekturdüsen , um die Enterprise vom Planeten fortzubewegen. Beide Antriebssysteme sind jedoch voneinander unabhängig, da sonst jedes Raumschiff bei Ausfall des Warpantriebs hilflos im All treiben würde.

Da Khan die Treibstoffzellen der Torpedos entfernt hat , um dort seine Leute zu verstecken, hätten die Torpedos gar nicht eingesetzt werden können. <!--

'''Moviemaze'''[http://www.moviemaze.de/filme/5172/star-trek-into-darkness.html#ixzz2gkzvV5x4] vergibt 71%: "J.J. Abrams' zweiter Star Trek-Film dürfte allen, die seinen ersten Streich mochten, sicherlich gefallen."

:[[Marco Sanchez]] als Torpedo -Sicherheit

:[[Lee Reherman]] als [[~/Person/Film/12/2|Uniformierter uniformierter Söldner]]

:[[Gary-7]] als Nibiranischer nibiranischer Ältester

:unbekannter Darsteller als Außerirdischer außerirdischer Sternenflottenoffizieller:unbekannter Darsteller als Menschliche menschliche Sternenflottenoffizielle

:[[Sanam Afrashteh]] als ''Weitere weitere Stimme'':[[Sven Fechner]] als ''Weitere weitere Stimme''

:[[Nina Herting]] als ''Weitere weitere Stimme''

:[[Maria Hönig]] als ''Weitere weitere Stimme'':[[Martin Kautz]] als ''Weitere weitere Stimme''

:[[Annabelle Krieg]] als ''Weitere weitere Stimme'':Ken Laabs als ''Weitere weitere Stimme'':[[Jenieva-Jane Mayreiss]] als ''Weitere weitere Stimme'':Steven Merting als ''Weitere weitere Stimme'':Ute Noack als ''Weitere weitere Stimme''

:Björn Schalla als ''Weitere weitere Stimme'' :Antje Thiele als ''Weitere weitere Stimme'':[[Roland Wolf]] als ''Weitere weitere Stimme''