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[[2153]] stellt [[Doktor|Dr.]] [[Phlox]] fest, dass die Basenpaarsequenzen der [[Xindi-Reptilianer]] und der [[Xindi-Primat]]en sich viel ähnlicher sind als die von [[Mensch]]en und [[Schimpanse]]n. ({{ENT|Die Xindi}})
[[2154]] manipuliert [[Arik Soong]] die Basenpaarsequenzen der DNA einiger [[Augment]]s-[[Embryo]]nen, die den [[Neurotransmitter]]pegel im [[Gehirn]] kontrollieren. [[Malik]] ist jedoch dagegen und protestiert. ({{ENT|Die Augments}})
[[2372]] führt [[Doktor|Dr.]] [[Julian Bashir|Bashir]] bei dem unter [[Quickening]] leidenden [[Teplaner]] [[Epran]] einen [[Hämatologiescan]] durch und kann dabei Veränderungen in der Basenpaarsequenz des Patienten feststellen. Allerdings findet er erst zu spät heraus, dass die [[EM-Feld]]er seiner Geräte dafür verantwortlich ist und der Mann [[Tod|stirbt]]. ({{DS9|Hoffnung}})
Im gleichen Jahr berichtet [[Der Doktor|der Doktor]] [[Alcia]], dass die Sternenflottenmedizin in der Lage ist, Basenpaarsequenzen neu zu ordnen. ({{VOY|Unschuld}})
[[2374]] entdeckt der Doktor bei der Untersuchung einer [[DNA]]-Probe eine Kontamination in der Basenpaarsequenz. Diese stellt sich als Folge eines [[Experiment]]s der [[Srivani]] heraus. ({{VOY|Verwerfliche Experimente}})
{{Meta|In Star Trek wird das englische „base pair sequence“ immer wieder fälschlich mit „Basispaarsequenz“ übersetzt. Der Fehler kommt sowohl in {{DS9|Hoffnung}}, als auch in vielen {{s|TNG}}-Episoden vor.}}