Schon der Auftakt ist inszeniert wie ein Staffelfinale, in einem waghalsigen Versuch das [[Dominion]] zu kontaktieren, begibt sich die [[USS Defiant (NX-74205)|Defiant]] in den [[Gamma-Quadrant]]en. Commander Sisko hofft darauf ein Abkommen mit den [[Gründer]]n zu erwirken, um die dauerhafte friedliche Ko-Existenz der beiden Großmächte zu sichern, doch das Dominion legt ihnen einige Steine in den Weg. Später schafft es [[Quark]] als erster Ferengi überhaupt für kurze Zeit ein eigenes klingonisches Haus zu führen. Um die potenzielle Bedrohung des Dominions auszuschalten, verbünden sich der cardassianische [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Orden]] und der romulanische [[Tal Shiar]] und erbauen heimlich im [[Orias-System]] eine gewaltige Angriffsflotte. Doch die Operation misslingt, nicht nur, dass das Dominion gewinnt, dieses Ereignis hat auch zur Folge, dass der Obsidianische Orden fällt und es kurz darauf zu zivilen Revolten auf [[Cardassia]] kommt. Am Ende der Staffel wird [[Benjamin Lafayette Sisko|Benjamin Sisko]] zum [[Captain]] befördert. Dabei kommt es zu einem Zwischenfall mit einem [[Wechselbalg]], das der versucht hat einen Krieg auszulösen. Der Gründer kann aufgehalten werden, jedoch lässt er sie wissen, dass es zu spät ist, die Wechselbälger wären bereits überall.