Wenig später wird bei der Untersuchung des Planeten [[Pollux IV]] wird die ''Enterprise'' von einer riesigen [[Hand]] im All festgehalten. Die ''Enterprise'' kann nicht entkommen und sitzt im Orbit fest. Plötzlich meldet sich über den Bildschirm ein Fremder vor und stellt sich als der [[Griechenland|griechische]] [[Gott]] [[Apoll]] vor. Kirk muss darauf mit einem Außenteam auf die Oberfläche beamen, da er ansonsten droht die ''Enterprise'' zu zerquetschen. Spock übernimmt das Kommando über die ''Enterprise'', da Apoll ihn nicht auf den seinen Planeten haben will. Dort erklärt Apoll, dass er die Menschen als seine Gläubige und Untertanen auf seinen Planeten haben will. Kirk versucht Apoll zu erklären, dass die Menschen sich weiter entwickelt haben und nicht mehr von den alten Göttern abhängig sind, aber Apoll will dies nicht wahrhaben. Apoll zwingt darauf mit seinen Kräften dem Außenteam sich zu fügen. Des weiten zeigt Apoll ein persönliches Interesse an Lieutenant [[Carolyn Palamas]] und er verbringt einige Zeit mit ihr. Zur selben Zeit versuchen Kirk und die anderen einen Weg zu finden Apoll außer Gefecht zu setzen, doch stattdessen setzt Apoll das Außenteam mit seinen Kräften außer Gefecht. Als das Außenteam wieder zu Kräften kommt, erkennt dieser das auch Apoll dadurch geschwächt worden ist und dieser sich regenerieren muss. Kirk will nun Apoll weiter provozieren um diesen zu schwächen. Zusammen mit Scott, McCoy und Chekov provoziert Kirk Apoll und dieser will nun seine Kräfte einsetzen. Doch zum Ärger von Kirk besänftigt Palamas Apoll wieder. Um Apoll zu schwächen, muss Palamas ihn ablenken und eifersüchtig machen. In diesem abgelenkten Zustand feuert die ''Enterprise'' ihre Phaser auf dem Tempel, die Energiequelle von Apoll und vernichtet diesen. Apoll erkennt nun, dass die Menschen ihn nicht mehr benötigen und verschwindet zu den anderen Göttern. Das Außenteam kehrt darauf auf die ''Enterprise'' zurück. ({{TOS|Der Tempel des Apoll}})

Während die ''Enterprise'' von Apoll festgehalten wird verfolgt Ephraim die ''Enterprise'', kann das Schiff aber nicht erreichen. ({{ST|Ephraim and Dot}})

Kurz darauf gehört die ''Enterprise'' zu einer Delegation von drei Schiffen, die bei den Feierlichkeiten auf [[Altair VI]] geladen sind. Kirk bekommt von [[Admiral]] [[Komack]] den Auftrag mit der ''Enterprise'' nach Altair VI zu fliegen. Auf den Weg dorthin bekommt Spock sein [[Pon Farr]] und er bittet Kirk ihn nach Vulkan zu bringen. Kirk bewilligt diese Bitte und die Enterprise fliegt nach Vulkan. Doch die Feierlichkeiten auf Altair VI werden vorverlegt und Kirk kann nun keinen Umweg über Vulkan fliegen. Doch Kirk überlegt sich den Umweg in Kauf zu nehmen und als er einen neuen Kurs wählen will, erfährt Kirk von Chekov, dass Spock bereits Kurs auf Vulkan gesetzt hat. Kirk stellt Spock zur Rede und erfährt so von Spocks Zustand. Da sein Freund sterben wird, wenn er nicht rechtzeitig zu seinem [[Heimatwelt|Heimatplanet]] gebracht wird, bricht Kirk einen direkten Befehl und fliegt mit der ''Enterprise'' nach Vulkan. Im Orbit von Vulkan bittet Spock seine Freunde Kirk und McCoy ihn zu begleiten, um dort auf seine [[Verlobung|Verlobte]] [[T'Pring]] zu treffen. Doch T'Pring lehnt die Beziehung zu Spock ab und verlangt das [[Kal-if-fee]]. Bei diesem Ritual kommt es zu einem Kampf zwischen Spock und einem Kämpfer den T'Pring auswählt und T'Pring wählt Kirk aus. Um seinen Freund zu helfen nimmt Kirk die Herausforderung an, ohne zu ahnen, dass es ein Kampf auf Leben und Tod wird. McCoy spritzt Kirk nach dem Kampf eine [[Tri-Ox]]-Infusion, damit seine [[Lunge]]n die vulkanische [[Atmosphäre|Luft]] besser aufnehmen. Bei dem Kampf ist Spock gegen Kirk überlegen und er [[Würgen|würgt]] diesen scheinbar zu Tode. Durch den Kampf wird Spocks Pon Farr aufgelöst und er kehrt auf die ''Enterprise'' zurück. Dort stellt Spock überrascht fest das Kirk noch lebt. McCoy hat Kirk statt dem Tri-Ox ein Betäubungsmittel gespritzt. [[T'Pau]], eine wichtige vulkanische Persönlichkeit setzt sich später für Kirk ein, damit er keine Schwierigkeiten bekommt, dafür dass er Spock nach Vulkan gebracht hat. ({{TOS|Weltraumfieber}})

Wenige Wochen später erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von der [[USS Constellation (NCC-1017)|USS ''Constellation'']]. Kirk verfolgt den Notruf durch verschiedene Planetensysteme, aber die ''Enterprise'' findet nur noch [[Trümmer]] der Planeten vor. Schließlich findet die ''Enterprise'' die schwer beschädigte ''Constellation'' im [[System L-374]] vor. Die ''Enterprise'' versucht Kontakt mit der ''Constellation'' aufzunehmen, doch niemand antwortet. Darauf beamt Kirk mit einem Außenteam an Bord der ''Constellation''. Scott kümmert sich um die Reparatur der ''Constellation'', während Kirk und McCoy nach Überlebenden suchen. Doch das Außenteam findet keine Überlebenden mit Ausnahme des Kommandanten, Commodore [[Matt Decker]]. Decker berichtet das ein fremdes Schiff die ''Constellation'' angegriffen hat. Da das fremde Schiff der ''Constellation'' überlegen ist, hat Decker seine Crew auf einen Planeten gebeamt. Bevor auch Decker fliehen kann greift das fremde Schiff wieder an und vernichtet darauf den Planeten und Deckers gesamte Crew kommt ums Leben. Der Angreifer ist danach abgezogen und Decker steht nun unter einem schweren [[Schock]]. Da die ''Constellation'' flugunfähig ist, befiehlt Kirk Decker auf die ''Enterprise'' zu beamen. Decker fällt es zwar schwer sein Kommando abzugeben, doch er beamt zusammen mit McCoy auf die ''Enterprise''. Plötzlich nähert sich das [[Planeten-Killer|unbekannte Schiff]] und Kirk versucht einen Weg zu finden, dieses aufzuhalten bevor es weitere Systeme vernichtet. Das Außenteam will zurück beamen, doch das unbekannte Schiff greift die ''Enterprise'' an und das Außenteam kann nicht zurück beamen. Die ''Enterprise'' kann den Angriff abwehren und Spock will nun das Außenteam zurückholen. Doch Decker will das fremde Schiff, obwohl die ''Enterprise'' unterlegen ist, angreifen. Aufgrund seines höheren [[Rang]]es entzieht Decker Spock das Kommando über die ''Enterprise''. Spock rät nochmals Decker davon ab das Schiff anzugreifen, doch Decker weigert sich und droht ihm auch, dass dieser seinen Posten räumen muss. Inzwischen gelingt es Kirk und Scott den Antrieb und die Waffen auf der ''Constellation'' zu reparieren. Kirk muss dabei mit ansehen wie sein Schiff die unbekannte Waffe angreift und beinah vernichtet wird. Kirk kann noch mit ''Constellation'' eingreifen und die ''Enterprise'' retten. Doch auch beide Schiffe können mit ihren Phasern nichts gegen diese Waffe ausrichten. Als sich die Waffe zurück zieht, nimmt Kirk wütend Kontakt mit der ''Enterprise'' auf und bemerkt, dass Decker das Kommando übernommen hat. Kirk befiehlt Spock nun wieder das Kommando zu übernehmen und Decker verlässt die Brücke. Doch Decker verfällt immer mehr in den Wahn dieses fremde Schiff vernichten zu müssen und er stiehlt ein [[Einstein (1701/6)|Shuttle]]. Mit dem Shuttle fliegt Decker in die Öffnung des Schiffes und will dieses nun von Innen vernichten. Als das Shuttle die vordere Öffnung der Waffe erreicht hat, wird das Shuttle augenblicklich zerstört. Dabei entdeckt Spock eine leichte Abschwächung des Energiepegels der fremden Waffe. Das bringt Kirk auf die Idee, die ''Constellation'' in die Öffnung zu fliegen, da er glaubt, dass die [[Explosion]] des beschädigten Schiffes stark genug sein müsste, um die Waffe von innen heraus zu zerstören. Kirk fliegt mit dem Schiff in den Planeten-Killer und bringt es zur Explosion. Im letzten Moment wird Kirk wieder an Bord der ''Enterprise'' gebeamt und durch die Explosion der ''Constellation'' wird die fremde Waffe vernichtet. ({{TOS|Planeten-Killer}})

Während die ''Enterprise'' gegen den Planetenkiller kämpft, verfolgt der Tardigrade Ephraim die ''Enterprise''. Doch diese kann das Schiff nicht erreichen. ({{ST|Ephraim and Dot}})

Wenig später verbringt die Crew ihren Landurlaub auf [[Argelius II]]. Kirk, McCoy und Scott befinden sich zu dieser Zeit in einer Bar und Scott flirtet mit der Tänzerin [[Kara (Argelianerin)|Kara]]. Wenig später gehen beide miteinander aus, doch plötzlich hören Kirk und McCoy Schreie. Beide begeben sich hin und sie finden Kara erstochen vor und nur wenige Meter neben ihr steht Scott mit der Tatwaffe. Scott kann sich allerdings an nichts mehr erinnern und steht nun unter [[Mord]]verdacht. Der [[Präfekt]] [[Jaris]] ermittelt zusammen mit dem Verwaltungsbeamten [[Hengist]] diesen Vorfall. Mit der Zeit kommt es zu weiteren Mordfällen und immer ist Scott in der Nähe. Doch Scott behaart weiter darauf sich an die Vorfälle nicht erinnern zu können. Jaris will den Fall nach argelischen Recht bearbeiten und fordert ein altes Ritual zur Wahrheitsfindung. Jaris Frau [[Sybo]] führt dieses Ritual durch und spürt dabei böse Emotionen und Hass. Sie nennt diesen Hass beim Namen, [[Redjac]]. Plötzlich wird es Dunkel und Sybo schreit auf. Als das Licht wieder angeht finden die anderen Sybo tot bei Scott vor. Langsam beginnt auch Kirk an Scott zu zweifeln und er will die Ermittlung an Bord der ''Enterprise'' fortführen. Mit Hilfe des Computers stellt sich allerdings heraus, dass Scott unschuldig ist. Es stellt sich heraus, dass Hengist, welcher von dem Wesen [[Redjac]] kontrolliert wird, für die Morde verantwortlich ist. Redjac, ein Energiewesen welches einige Personen übernommen hat darunter auch [[Jack the Ripper]] benötigt die Angst um Überleben zu können. Als Hengist enttarnt worden ist, verlässt Redjac seinen Körper und übernimmt den Computer der ''Enterprise'', um die Crew in Angst zu versetzen. Kirk befiehlt McCoy darauf die gesamte Crew mit Medikamenten zu versorgen welche die Angst unterdrückt. Die Crew ist nun Abgelenkt und Redjac kann sich nicht mehr von deren Angst ernähren. Redjac übernimmt wieder die Kontrolle über den Körper von Hengist und Kirk verabreicht auch diesen das Medikament. Dadurch wird Redjac abgelenkt und Kirk und Spock bringen diesen in den [[Transporterraum]]. Redjac wird darauf in den Weltraum gebeamt. Nach diesen Ereignissen wird Scott anhand der Beweise frei gesprochen. ({{TOS|Der Wolf im Schafspelz}})

Kurz darauf fliegt die ''Enterprise'' zum [[Malurianisches System|malurianischen System]], doch dieses ist vollständig vernichtet worden. Augenblicke später wird die ''Enterprise'' von einer unbekannten [[Sonde|Raumsonde]] angegriffen und schwer beschädigt. Kirk nimmt Kontakt mit dieser Sonde auf und als Kirk seinen Namen nennt, bricht die Sonde plötzlich den Angriff ab und verlangt an Bord gebeamt zu werden. Kirk nimmt die Sonde in Empfang und diese stellt sich als [[Nomad]] vor. Nomad hält Kirk für seinen Schöpfer und erklärt er habe den Auftrag alles unvollkommene, darunter auch das malurianische System zu vernichten. Über den Computer findet Spock heraus, dass die Sonde ursprünglich von der Erde stammt und von [[Jackson Roykirk]] gebaut worden ist. Doch während ihrer Mission ist die Sonde verschollen. Da die Sonde jetzt eine große Bedrohung ist, lässt Kirk Nomad im glauben er sei sein Schöpfer Kirk. Zu selben Zeit begibt sich Nomad auf die Brücke, löscht dort das [[Gedächtnis]] von Uhura und tötet Scott als er diese schützen will. Kirk ist über Nomad verärgert, doch Nomad erklärt er kann Scott reparieren. Darauf behandelt Nomad Scott und erweckt diesen wieder zum Leben. Für Uhura kann Nomad allerdings nichts tun, allerdings erlangt sie mit der Zeit ihre Erinnerungen wieder. Inzwischen macht Spock auf Befehl von Kirk mit Nomad eine Gedankenverschmelzung und erfährt dadurch das Nomad während seiner Mission mit einer anderen [[Tan Ru|Sonde]] zusammengestoßen ist und so seine Programmierung geändert wurde, dass er alles unvollkommene vernichten soll. Nomad greift kurz darauf weitere Besatzungsmitglieder der ''Enterprise'' an und tötet diese, weil sie biologische unvollkommene Wesen sind. Kirk ist darüber verärgert, doch Nomad erklärt das alle biologischen Einheiten unvollkommen sind und vernichtet werden müssen. In seiner Wut erklärt Kirk, dass er auch eine biologische Einheit ist und nun sieht auch Nomad seinen Schöpfer Kirk als unvollkommen an und er hört nicht mehr auf Kirk. Kirk versucht Nomad aufzuhalten und erkundigt sich bei Nomad, ob er wirklich alles Unvollkommenes vernichten soll und Nomad bestätigt dies. Darauf erklärt Kirk, dass er nicht Jackson Roykirk ist und Nomad ihn verwechselt hat und somit einen Fehler begangen hat. Kirk befiehlt Nomad seinen Auftrag aus zu führen und alles fehlerhafte zu vernichten. Die Sonde kommt mit der eigenen Programmierung nicht klar und Kirk lässt diese in den Weltraum beamen, wo Nomad schließlich explodiert. ({{TOS|Ich heiße Nomad}})

Während die Enterprise sich im Orbit von [[Gamma Trianguli VI]] befindet, erkundet Kirk mit einem Außenteam die Oberfläche und Scott hat in dieser Zeit das Kommando über das Schiff. Plötzlich wird die ''Enterprise'' von einer unbekannten Energiequelle angegriffen. Scott hält dies im Moment noch nicht Gefärlich, aber Kirk rät Scott sich um das Problem zu kümmern. Doch mit der Zeit verliert die ''Enterprise'' immer mehr Energie. Da es Tote beim Außenteam auf der Oberfläche gibt, soll Scott das restliche Außenteam an Bord beamen, doch durch den Energieverlust, kann Scott das Außenteam nicht an Bord beamen. Da der Energieverlust immer stärker wird und die Enterprise auf dem Planeten zu stürzen droht, bekommt Scott von Kirk den Auftrag die ''Enterprise'' aus der Gefahrenzone in Sicherheit zu bringen. Aber die Kraft, welche die ''Enterprise'' festhält, ist zu stark und Scott ist auch nicht mehr in der Lage das Außenteam zurück an Bord zu holen. Um das Schiff aus dem Orbit zu bringen versucht Scott eine [[Autoseparation|Notfallabtrennung]] des Diskussegments durchzuführen. Die ''Enterprise'' hat jedoch nicht mehr genügend Energie um dieses Manöver durchzuführen. Schließlich findet Kirk einen Weg den Computer [[Vaal]], welcher für den Energieabzug verantwortlich ist, zu vernichten. Kirk befiehlt dem wieder eingestellten Scott, die letzten Energiereserven für die Phaser zu verwenden und auf Vaal zu feuern. Dadurch kann der Computer vernichtet werden und die ''Enterprise'' ist gerettet. ({{TOS|Die Stunde der Erkenntnis}})

Einige Zeit darauf gelangt der [[Landetrupp]] der ''Enterprise'' gelangt durch einen [[Transporter]]unfall in ein fremdartiges [[Spiegeluniversum]]. Dort existiert keine friedliche Föderation der Vereinten Planeten, sondern das [[Terranisches Imperium|terranische Imperium]], das mit grausamer Härte über einen Großteil des [[Alpha-Quadrant]]en herrscht. Die dortige [[ISS Enterprise (NCC-1701)|ISS ''Enterprise (NCC-1701)]] stellte das Prestigeobjekt des Empires dar, welches von einem macht hungrigen und barbarischen Gegenstück von Captain [[James T. Kirk (Spiegeluniversum)|Kirk]] befehligt wird. Dieser gelangt mit seinem Außenteam auf die Enterprise. Aufgrund seines aggresiven Verhaltens erkennt Spock, dass es sich nicht um den echten Kirk handelt. Wenig später gelingt es Kirk mit seinem Außenteam in ihr Universum zurück zu kehren und ihre Gegenstücke kehren in das Spiegeluniversum zurück. ({{TOS|Ein Parallel-Universum}})

==== 2268 ====

Anfang [[2268]] übernimmt Crewmitglied [[Norman]] die Kontrolle über die ''Enterprise'' und entführt diese. Es stellt sich heraus, dass Norman ein Androide ist und er bringt die ''Enterprise'' zu einem unbekannten [[Mudd (Planet)|Planeten]]. Norman fordert dort Kirk auf ihn mit einem Außenteam auf die Oberfläche des Planeten zu begleiten. Auf der Oberfläche lebt der Gauner Mudd und dieser heißt Kirk willkommen und erklärt, dass Kirk und seine Crew den Rest ihres Lebens auf diesem Planeten verbringen werden. Die Androiden wollen den Menschen dienen und diesen alle Wünsche erfüllen, doch in Wirklichkeit wollen die Androiden die Menschen mit ihren Diensten faul und abhängig machen. Somit wollen die Androiden die Menschen kontrollieren und die Herrschaft über die Galaxie übernehmen. Als Mudd den Planeten verlassen will, verweigern die Androiden seinen Befehl und nun sitzt auch Mudd mit der Besatzung der ''Enterprise'' fest. Zur selben Zeit stellen Kirk und Spock fest, dass alle Androiden von Norman gesteuert werden und das diese [[Logik|unlogisches]] Verhalten nicht verstehen. Kirk, seine Crew und Mudd beginnen darauf sich den Androiden gegenüber äußerst unlogisch und seltsam zu verhalten, und da die Androiden dies nicht verstehen, beginnen sich diese mit der Zeit zu deaktivieren. Schließlich gelingt es der Crew, auch Norman durch ihr unlogisches Verhalten zu deaktivieren. Die Crew kehrt nach diesen Ereignissen wieder auf die ''Enterprise'' zurück, jedoch lässt Kirk Mudd auf dem Planeten zurück, damit er dort seine Strafe für seine Verbrechen verbüßt. Mudd freut sich über seine angenehme Strafe doch Kirk hat 500 Androiden programmiert, welche aussehen wie Mudds verhasste Frau [[Stella Mudd]] und diese machen nun Mudd das Leben schwer. ({{TOS|Der dressierte Herrscher}})

Als nächstes besucht die ''Enterprise'' einen erdähnlichen Planeten. Als Kirk das letzte Mal auf diesem Planeten war, hatten die Bewohner eine Entwicklungsstufe ähnlich der Eisenzeit auf der Erde erreicht. Nun, 13 Jahre später, schießen die Bewohner mit Gewehren auf Commander Spock. Als Captain Kirk später auf Klingonen stößt, vermutet er, dass diese dafür verantwortlich sind. Kirk nimmt daraufhin Kontakt mit seinem Schiff auf und lässt 100 Gewehre auf den Planeten beamen, um so einen Ausgleich zu schaffen. ({{TOS|Der erste Krieg}})

Auf dem Planet [[Argus X]] entdeckt Kirk dieselbe Lebensform, welche vor 15 Jahren die halbe Besatzung der [[USS Farragut (23. Jahrhundert)|USS ''Farragut'']] getötet hat. Das Wesen tötet auch mehrere Besatzungsmitglieder der ''Enterprise''. Kirk setzt alles daran das Wesen zu vernichten. Schließlich können Kirk und [[Garrovick (Fähnrich)|Fähnrich Garrovick]] das Wesen mit einer [[Antimaterie]]ladung vernichten. ({{TOS|Tödliche Wolken}})

Die Crew der ''Enterprise'' soll herausfinden, was die [[USS Intrepid (NCC-1631)|USS ''Intrepid'']] vernichtet hat. Die ''Enterprise'' folgt dem Kurs der ''Intrepid''. Plötzlich taucht eine Dunkelzone auf und die ''Enterprise'' fliegt hinein. Tief im Inneren der Zone befindet sich eine riesige [[Weltraumamöbe]]. Diese Amöbe ist für die Vernichtung der ''Intrepid'' verantwortlich und breitet sich weiter in der Galaxie aus. Durch eine Antimaterie Explosion kann sie aber vernichtet werden. ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})