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Als der Kortikalknoten von Seven of Nine versagt, will Captain Janeway in einem Borgtrümmerfeld einen neuen besorgen. Chakotay, Tuvok und Paris äußern dabei ihre Bedenken und setzen durch, dass der Pilot und der taktische Offizier den Captain begleiten. ({{VOY|Unvollkommenheit}})
Als Tom Paris und Harry Kim wenig später vorschlagen mit dem ''Delta Flyer II'' an der [[Antarianische Transstellarrallye|antarianischen Transstellarrallye]] teilzunehmen, ist er zunächst skeptisch. Nachdem der Captain die Teilnahme zugesagt hat, ist er auch bei deren Gesprächen mit [[Botschafter]] [[O'Zaal]] anwesend. Später beobachtet er das Rennen mit Janeway und weiteren Crewmitgliedern in der Astrometrie. Auf der Brücke verfolgt er dann Neelix' Rennreportage. ({{VOY|Das Rennen}})
Nachdem [[Tabor]] bewusstlos auf dem Holodeck entdeckt wird, fragt der Doktor, ob er in den letzten Wochen an Außenmissionen teilgenommen und dabei gefährlichen Substanzen ausgesetzt war. Chakotay sieht daher Tabors Dienstplan ein. Kim findet unterdessen heraus, dass Jemand die Sensorlogbücher des Holodecks manipuliert hat, was Chakotay dem Captain mitteilt. Anschließend macht er eine Diagnose der internen Sensoren des Schiffs. Wenig später finden sie Jor bewusstlos im Kasino. Chakotay erkennt, dass alle Opfer ehemalige Maquis sind und informiert Janeway darüber. Daraufhin gehen die Maquis nur noch in Zweiergruppen durch das Schiff. Wenig später entdecken er und [[~/Person/VOY/7x04/1|eine Kollegin]] jedoch Chell allein im Flur. Dieser berichtet, dass Torres allein in Frachtraum 2 gegangen ist. Daraufhin schickt Torres seine Begleitung mit Chell mit und geht selbst dorthin. Er findet Torres bewusstlos vor und trifft Tuvok an, der meint, es sei eine heilige Zeit. Daraufhin greift dieser Chakotay an und betäubt auch diesen, ehe er die Sicherheit zu Hilfe rufen kann. Er macht eine Gedankenverschmelzung mit Chakotay, durch welche dieser ins Koma fällt. Nach 29 Stunden erwacht er wieder und erfährt von Janeway, dass sie nicht wissen, warum sie sich erholt haben. Sie zeigt ihm auch den Brief, welchen Tuvok erhielt und in dem eine Nachricht versteckt war, die Tuvoks neurale Bahnen beeinflussen sollte. Er erkennt den Mann auf der Aufzeichnung: Es ist [[Teero Anaydis]],ein bajoranischer [[Vedek]] im Maquis, der hinausgeworfen wurde, weil er Gedankenkontrolle zur Agentengewinnung einsetzen wollte. Chakotay erwähnt auch, dass Teero drohte, sich zu rächen. Als er mit Seven of Nine in der Astrometrie arbeitet wird er von Tuvok gerufen, der ihm die bajoranische Beschwörung nennt. Daraufhin verlässt Chakotay zielstrebig die Astrometrie und aktiviert bei den anderen Maquis durch Aufsagen der Beschwörungsformel eine Konditionierung. Dadurch meutern die Maquis und versuchen das Schiff zu übernehmen. Chakotay bringt Janeway selbst in die Arrestzelle. Dort schließt sich ihm Tuvok an. Anschließend lässt er Kurs auf einen Planeten der M-Klasse setzen, um die Sternenflottencrew aussetzen zu können. Um Tuvoks Loyalität zu testen, lässt er Captain Janeway hereinbringen und gibt dem Vulkanier einen Phaser und sagt ihm, dass dieser auf "Töten" gestellt ist. Tuvok feuert den defekten Phaser ab und Janeway bleibt unverletzt. Chakotay ist nun von Tuvoks Loyalität überzeugt, jedoch betäubt ihn der Vulkanier, sobald sie allein auf der Brücke sind und initiiert eine Gedankenverschmelzung. Dadurch wird Teeros Kontrolle über Chakotay gebrochen und die Rebellion endet. Anschließend besucht er mit einem großen Teil der Crew das Holodeck und sieht dort einen Film. ({{VOY|Verdrängung}})
