Nachdem Janeway, Tuvok und Torres assimiliert wurden, stellt die Königin fest, dass sie die drei nicht hören kann und sucht nach der Ursache. Sie kann zunehmend Kontakt mit Tuvok aufnehmen, bis dieser ihre Befehle befolgt. Es gelingt Torres und Janeway aufzuhalten, jedoch haben diese das Virus bereits freigesetzt und die Königin verliert Stimmen. Sie fragt eine Drohne, weshalb sie sich vom HighHive-Bewusstsein getrennt hat. Diese greift die Königin an, wird jedoch durch ein Kraftfeld aufgehalten und abgeführt. Sie spricht daraufhin mit Janeway und verlangt deren Kooperation. Um diese zu erzwingen, zerstört sie einige Borgschiffe mit abtrünnigen Drohnen. Jedoch lässt sich Janeway davon nicht beeindrucken. Die Königin begibt sich selbst nach Unimatrix Zero, um sich ein Bild von dieser Welt zu machen. Nach ihrer Rückkehr berichtet sie Janeway, dass sie nicht versteht, wie man eine wilde Umgebung der Perfektion der Borg vorziehen kann. Sie hält es für eine irrelevante Simulation. Anschließend droht sie Janeway damit, ihr Nanovirus, das modifiziert wurde, freizusetzen, um die mutierten Drohnen zu vernichten. Sie setzt dieses Virus in Unimatrix Zero frei und zerstört diese dadurch. Janeway übermittelt der ''Voyager'' daraufhin eine Nachricht, in der sie Chakotay und Seven of Nine eine verschlüsselte Botschaft übermittelt, die Interlinkfrequenz von Unimatrix Zero zu unterbrechen. Nachdem es gelingt, das Nanovirus freizusetzen und abtrünnige Drohnen eine Borg-Sphäre übernehmen, greift die ''Voyager'' mit einer abtrünnigen Borg-Sphäre den Kubus an und befreit das Außenteam. Als die Königin sieht, dass ihr Kubus die Schlacht verliert, löst sie dessen [[Selbstzerstörung]] aus. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil II}})