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Auf der Station zurück, geht er Kira beim Aufräumen zu zur Hand. Sie berichtet von [[Kai]] [[Opaka]] und dass nur ihr es möglich ist, [[Frieden]] nach Bajor zu bringen. Daraufhin macht sich Sisko auf den Weg zu ihr. Sie erkennt ihn als [[Abgesandter|Abgesandten]] und zeigt ihm einen [[Drehkörper]] der [[Wurmlochwesen|Propheten]]. Er erlebt seine erste Begegnung mit [[Jennifer Sisko]] wieder. Dann gibt sie ihm den Drehkörper mit. Als nun [[Jadzia Dax]] auf der Station ankommt, übergibt er ihr den Drehkörper zur Analyse.

Unterdessen setzt sich Sisko mit dem Cardassianer [[Gul]] Dukat auseinander. Jadzia berichtet ihm später, dass alle Besonderheiten rum rund um diese Drehkörper im [[Denorios-Gürtel]] stattfanden. Er macht sich mit ihr und einem Shuttle auf den Weg dorthin. Sie entdecken dort ein Wurmloch und fliegen hindurch. Am anderen Ende angekommen stellen Sie sie fest, dass sie im [[Gamma-Quadrant]]en gelandet sind. Auf dem Rückflug entdecken sie eine feste Struktur innerhalb des Wurmloches und landen dort. Jadzia wird von den Propheten zur Station gebracht. Sisko kommt mit den Propheten in Kontakt und versucht ihnen die Wesensart des Menschen und das lineare Zeitverständnis zu erklären. Es gelingt ihm, aber es ist schwer. Als er zurück kommt, hat er ein cardassianisches Schiff im Schlepptau, das vorher durch das Wurmloch geflogen war , und die Vereinbarung, dass das Wurmloch als Passage genutzt werden darf. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I|Der Abgesandte, Teil II}})

Als [[Tahna Los]], ein Bajoraner, der zu einer radikalen Gruppe von Bajoranern gehört , um politisches [[Asyl]] bittet, ist Sisko zuerst skeptisch. Er lässt sich von Kira überzeugen und gewährt ihm Asyl. Als es sich jedoch als Falle herausstellt, plant er zusammen mit seinem Führungsstab einen Gegenschlag und verhindert die Zerstörung des Wurmloches. ({{DS9|Die Kohn-Ma}})

Als die Station aufgeräumt ist und halbwegs funktioniert, kommt es schon zum ersten Zwischenfall. Ein Bajoraner wird auf mysteriöse Weise ermordet. Im Rahmen dieser [[Mord]]ermittlung muss Ben Sisko Odo vom Dienst suspendieren, da er unter Verdacht gerät. Er ist zwar überzeugt von Odos Unschuld, aber er hat keine andere Möglichkeit. Als Odo jedoch von Bajoranern bedroht wird, stellt er sich hinter ihn. Er fragt die Personen, die ihn umbringen wollen, was wirklich Gerechtigkeit ist. Er verurteilt die [[Selbstjustiz]]. Nebenbei kümmert er sich um den Aufbau der [[Schule]], die [[Keiko O'Brien]] leiten wird. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Die technischen Einrichtungen der Station haben immer wieder Fehlfunktionen. Die [[Replikator]]en sind ständig defekt und Sisko bekommt statt seinem seines [[Raktajino]] s etwas undefinierbaresUndefinierbares. Miles O'Brien bemüht sich um die Reparatur und löst dabei ein Gerät aus, das in die Nahrung einen Virus freisetzt. Als einer der letzten erkrankt Sisko an diesem [[Virus]], der eine [[Aphasie]] auslöst , und er wird unfähig zu handeln. Zuvor versucht er alles, um die Station zu retten. ({{DS9|Babel}}) {{clear}}

Als [[Tosk]] als erster Gast aus dem Gamma-Quadranten eintrifft und sie erfahren, dass er ein Gejagter ist, setzt Sisko sich für ihn ein. Er versucht den [[Jäger]]n ins [[Gewissen]] zu reden, doch diese haben eine ganz andere Auffassung. Für sie ist diese Jagd ein Kulturgut und die Tosk haben einen hohen Stellenwert in ihrer Kultur. Sisko übergibt den Tosk. Doch Miles O’Brien befreit ihn. Als Sisko dies bemerkt, lässt er ihn gewähren, in dem indem er die Gegenmaßnahmen nur langsam einleitet. O’Brien erhält eine Standpauke, doch als er nachfragt, gibt Sisko zu, dass er nicht alles unternommen hat , ihn zu stoppen. ({{DS9|Tosk, der Gejagte}})

[[Jadzia Dax]] hat im Gamma-Quadrat Quadrant eine menschliche Frau [[Vash]] entdeckt und bringt sie mit. Sie lebte bereits zwei Jahre dort. Sisko möchte herausfinden, wie sie dort hin kam , ohne das Wurmloch zu verwenden. Kurz nach ihrer Ankunft erfährt die Station immer wieder einen kurzen Energieabfall. Sisko und sein Team vermuten zuerst dass [[Q]], der auch plötzlich aufgetaucht ist, dahinter steckt, doch dies bewahrheitet sich nicht. Sisko findet schließlich – auch durch die Hilfe von Q – heraus, dass es eine Ware aus dem Gamma-Quadrant ist, die Vash und [[Quark]] versteigern. Eine Lebensform wird in Form eines Kristalls gefangen gehalten. Als sie die Lebensform von der Station gebeamt haben, hören die Störungen auf. ({{DS9|"Q" – Unerwünscht}})

An einem normalen Tag wird Jadzia plötzlich von Beamten von [[Klaestron IV]] verhaftet. Der Grund ist ein Mord und Verrat, den Curzon begangen haben soll. Sisko setzt sich für sie ein. Doch Jadzia will keine Hilfe. Sisko kann sie nicht verstehen. Er organisiert eine Anhörung um die Auslieferung zu verhindern. Es gilt zu beweisen, dass Jadzia nicht Curzon ist und damit nicht für seine Taten verantwortlichist. Er beauftragt den Doktor, Kira und Odo mit Nachforschungen. Odo gelingt es, die entscheidene [[Zeuge|Zeugin]] aufzuspüren um Curzon und damit auch den [[Dax (Symbiont)|Daxsymbionten]] zu entlasten. ({{DS9|Der Fall Dax}})

Auf ''Deep Space 9'' kommt es zu einem Erstkontakt mit den [[Wadi]], dieses Volk ist von Spielen ganz besessen. Sisko begleitet sie ins Quarks und sie beginnen zu spielen. Als Quark sie allerdings betrügt, beginnen sie ihr eigenes Spiel mit ihm. Die Spielfiguren sind jedoch Sisko, Jadzia, Bashir und Kira. Sie laufen durch einen eine Art Labyrinth mit verschiedenen Aufgaben und Prüfungen. Quark verliert das Spiel, weil Sisko nicht breit ist, Jadzia in einer Höhle verletzt zurück zu lassen. ({{DS9|Chula – Das Spiel}}){{clear}}

Kai Opaka kommt spontan auf die Station. Sisko fliegt mit ihr, Jadzia und Bashir durch das Wurmloch. Als sie sich einem Mond im [[Idran-System]] nähern, werden sie von einem [[Satellit]]en abgeschossen. Sie müssen notlanden und die Rio Grande wird zerstört. Kai Opaka kommt ums Leben. Der Mond ist eine Art Straflager mit zwei verfeindeten Lagern. Die [[Ennis]] und die [[Nol-Ennis]] sind seit ewigen Zeiten im Kampf. Durch künstliche Mikroben auf dem Planeten können sie aber nicht sterben. Sisko versucht einen Waffenstillstand zu erwirken und bietet an, sie alle zu evakuieren. Die Vermittlung Vermittlungen scheitern und es bricht eine neue Auseinandersetzung aus. Nach einigen Tagen werden sie von dem Mond gerettet, müssen aber schweren Herzens Kai Opaka zurücklassen, da sie von den Mikroben wieder belebt wiederbelebt worden ist. Sie ist damit fest mit dem Planeten verbunden und würde beim Verlassen sterben. ({{DS9|Die Prophezeiung}})

Zurück auf der Station muss Sisko [[Verhandlung]]en zwischen den [[Paqu]] und den [[Navot]] führen. Die Tetrarchin der Paqu [[Varis Sul]] ist eine junge Frau, die sehr stur ist. Sisko empfängt sie nach 5 Stunden vergeblicher Verhandlungen. Er versucht, sie dazu zu bewegen, wirklich zu verhandeln und nicht alles zu blockieren und damit einen Krieg auszulösen. Später kommt sie zu ihm und vertraut sich ihm an. Sie spricht von Einsamkeit und Überforderung in ihrer Rolle. Sie möchte stark sein, so wie ihr verstorbener Vater es war. Er stellt ihr vor Augen, dass ein starker Herrscher es sich auch trauen muss, Ja zu sagen. Wenig später schlägt sie ein eine Lösung vor, die für beide Seiten vorteilhaft sein wird. In der letzen Verhandlungsrunde einigen sich die beiden Parteien, unter der Leitung von Sisko, dass das Land zurückgegeben wird, es aber für die Paqu einen Zugang zum [[Fluss]] geben wird. ({{DS9|Die Legende von Dal'Rok}})

Das Leben auf der Station scheint seinen normalen Lauf zu nehmen. Doch plötzlich erscheinen überall Gestalten aus den [[Phantasie]]n der Bewohner. Zusätzlich wird die Station durch ein astronomisches Phänomen bedroht. Sisko erkennt, dass die drohende Zerstörung der Station allein aus der Phantasie der Crew herbeigeführt wird. Er weist alle an, sich vorzustellen, dass nichts Besonderes ist und alle Werte normal sind. Aufgrund dessen löst sich das Problem einfach in Luft auf! Wenig später stellt sich heraus, dass dies eine Art „Test“ einer fremden Spezies war, die sie Kennenlernen kennenlernen möchte. Als er genaueres wissen will, vertröstet ihn der Fremde - vielleicht im nächsten Jahr. ({{DS9|Macht der Phantasie}})

Noch während den Nachforschungen verändert sich das Verhalten aller Führungsoffiziere. Misstrauen entsteht. Verschwörungstheorien tauchen auf. Sisko und Kira streiten mit großer Aggression über ein [[Valerianer|valerianisches]] Schiff. Sisko zieht sich zurück, lässt sich vom Miles O´Brien vertreten und beschützen. In seinem Quartier baut er eine besondere [[Uhr]] und schmiedet Pläne mit O`Brien. Odo findet heraus, dass alle, die sich bei der Ankunft des Klingonen auf der OPS befanden, von einer [[Telepathie|telepathischen MatixMatrix]] besessen sind, die der Klingone eingeschleppt hat. Diese zwingt sie, den Kampf einer alten Rasse, den [[Saltah'na]], aus dem Delta-Quadranten zu kämpfen. Sisko entgeht dabei nur knapp einem Mordanschlag. Er wehrt sich mit aller Kraft und begeht dabei fast selbst einen Mord, bevor Kira ihn stoppt. O´Brien und Sisko fliehen mit dem Transporter von der OPS. Odo schafft es über eine List, alle Erkrankten zusammenzurufen und durch einen [[Ionische Interferenz|ionischem Impuls]] von der matrix Matrix zu befreien und sie in den Weltraum hinauszubefördern. Danach kann sich niemand an etwas erinnern. Sisko ist verwundert und fasziniert von der Uhr, die er gebaut hat. ({{DS9|Meuterei}})

Sisko und die Föderation sind schon seit neun Monaten auf der Station, als eines Tages [[Vedek]] [[Winn Adami|Winn]] auf die Station kommt und ihre Lehre verbreitet. Sie vertritt eine konservative Linie und verbietet den bajoranischen Kindern, die Schule der Föderation zu besuchen. Sisko versucht mit ihr in Dialog zu kommen um sie zu einer weicheren Linie zu führen. Doch die Vedek ist nicht sehr dialogfähig. Die Schule wird durch eine Bombe zerstört um dadurch Vedek Bareil auf die Station zu locken. Sie hat geplant , ihn, mit Hilfe der jungen Bajoranerin Nila, umzubringen. Sisko kann den Mord in letzter Minute abwenden , indem er sich auf sie wirft und ihr die Waffen entreißt. ({{DS9|Blasphemie}})