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Die ''Enterprise'' transportiert einige der wichtigsten Diplomaten nach [[Babel (Planet)|Babel]] zur [[Babel-Konferenz]]. Darunter sind auch [[Sarek|Botschafter Sarek]] und dessen Frau [[Amanda Grayson]], Spocks Eltern. An Bord kommt es zu einem Mord und Sarek ist der Hauptverdächtige. Auch Captain Kirk wird angegriffen und ist schwer verletzt, so dass Spock in diese kritischen Situation das Kommando über das Schiff übernehmen muss. Spock kann in Erfahrung bringen, dass Orionische Piraten schon seit längerer Zeit [[Coridan]] wegen der reichen [[Dilithium]]vorkommen überfallen und nun den Beitritt Coridans zur Föderation zu verhindern versuchen, damit das System ihnen weiterhin ungeschützt ausgeliefert ist ({{TOS|Reise nach Babel}}).
Als Spock den Tod der ganzen [[USS Intrepid#USS Intrepid (2260erNCC-1631)|''Intrepid'']]-Besatzung spürt, erfährt er einen [[Telepathie|telepathischen]] Schock. Die ''Enterprise'' wird daraufhin beauftragt herauszufinden, wodurch die ''Intrepid'', ein nur mit Vulkaniern besetztes Raumschiff, vernichtet wurde. Bei der anschließenden Suche treffen sie auf eine riesige [[Weltraumamöbe]]. Spock dringt allein in einem [[Shuttle]] in die Amöbe ein, mit Hilfe der ''Enterprise'' kann die Amöbe unschädlich gemacht werden ({{TOS|Das Loch im Weltraum}}).
Das Computersystem [[M5]], entworfen von dem berühmten [[Richard Daystrom|Dr. Richard Daystrom]], soll an Bord der ''Enterprise'' beweisen, dass es aufgrund seiner überlegenen Technik der [[Multitronik]], der Weiterentwicklung der [[Duotronik]], in der Lage ist, ein Raumschiff vollständig allein zu führen. Mit einer Minimalbesatzung von 20 Mann, darunter Kirk, Spock und McCoy startet M5 die Mission, doch dem Computer unterlaufen schwere Fehleinschätzungen und die Crew schafft es nur knapp M5 wieder zu deaktivieren ({{TOS|Computer M5}}).
