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Das Romulanische Sternenimperium steht kurz vor dem Kollaps. Aus unbekannten Gründen verlieren sie einen Großteil ihrer im All eingesetzten Truppen, das Imperium blutet aus. Verzweifelt wenden sie sich an die Föderation und bieten gar sogar ihren Beitritt an. Dies führt zwangsläufig zu Problemen mit den Klingonen, die in einer Allianz zwischen der Föderation und den Romulanern eine Bedrohung ihres Reiches sehen. Es kommt zum offenen Krieg. Alle Sternenflottenangehörigen müssen sich einem Fitnesstest unterziehen und ihre Diensttauglichkeit unter Beweis stellen. Die ''Enterprise''-Crew trifft es besonders hart: Bis auf Spock, der Dank seiner vulkanischen Physiologie sowohl körperlich als auch geistig nach wie vor auf der Höhe ist, fällt der Rest der Senioroffiziere durch den Test. Die ''Enterprise'' wird unter Spocks Kommando mit einer jüngeren Crew in den Kampf geschickt und verdient sich dort ihre Sporen. Auf dem Rückweg zur Erde aber verschwindet die ''Enterprise'' spurlos. Kirk rottet seine alte Mannschaft wieder zusammen, chartert ein Scout-Schiff und macht sich auf die Suche. Tatsächlich gelingt es den erfahrenen Sternenflottenoffizieren ihr altes Schiff im Orbit eines unbekannten Planeten ausfindig zu machen.

Das Scout-Schiff wird angegriffen. Da Sulu bei der erfolgreichen Abwehr des Gegners verletzt wird, bleibt McCoy mit ihm an Bord, während Kirk, Scott, Chekov und Uhura auf den Planeten beamen. Schnell finden sie heraus, dass die ''Enterprise''-Crew von einer außeridischen außerirdischen Spezies, die die Körper der Besatzungsmitglieder zum eigenen Überleben benötigt, entführt und eingekerkert wurde. Die Aliens sind auch für das Verschwinden einer ganzen Generation von Romulanern und somit für die gegenwärtige interstellare Krise verantwortlich. Kirks Crew, zu der sich auch der wiedergenesene Sulu gesellt, liefert sich eine epische Schlacht mit den wurmartigen Kreaturen und rettet somit schließlich die junge ''Enterprise''-Crew. Doch die Verluste sind dramatisch hoch: Kirk, Scotty, Sulu, Chekov und Uhura sind auf dem Schlachtfeld gefallen. McCoy scheint zunächst der einzige Überlebende der Seniorcrew zu sein. Er verabschiedet sich von jedem einzelnen seiner Kameraden, in dem er sich Szenen aus der gemeinsamen Vergangenheit wieder ins Gedächtnis ruft. Bei Kirks Leiche trifft er auf den völlig entkräfteten Spock. Der Vulkanier stützt sich auf seinen verbliebenen Freund, während beide den Schauplatz der Tragödie verlassen. <ref>Artikel: [http://www.scifimoviepage.com/upcoming/previews/star_trek_academy-2.html Star Trek: Academy - Top Gun in space (Part Two)] auf [http://www.scifimoviepage.com/ SciFiMoviePage.com]</ref>, <ref>Eintrag: [https://groups.google.com/forum/#!topic/rec.arts.startrek/JdC1Dld-vpM Star Trek VI: In Flanders Fields] auf [https://groups.google.com/ Google Groups]</ref>, <ref name="Great">Buch: The Greatest Science Fiction Movies Never Made, ISBN 978-1-84576-755-6</ref>