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Im Jahr 2371 erhält sie das Kommando über die USS ''Voyager''. Ihr erster Befehl lautet, das [[Maquis]]-Schiff ''[[SS Val Jean]]'' zu lokalisieren und aufzubringen. Während dieser Mission wird die ''Voyager jedoch von einem Wesen namens ''Fürsorger'' in den [[Delta-Quadrant]]en gezogen.
Nach der Strandung des Schiffes und der Zerstörung der Phalanx des [[Fürsorger]]s, schließen sich beide Crews, Maquis und Sternenflotte zusammen, um nach Hause zurückzukehren. In einem Gespräch mit Tuvok zeigt sich ihr enormer Wille, die Crew nach Hause zu bringen, egal was es kostet. Ihr neuer Erster Offizier wird Commander [[Chakotay]].
In den ersten Tagen lernt sie, den [[Talaxianer]] [[Neelix]] und die [[Ocampa]] [[Kes]] kennen, welche ebenfalls Teil der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew]] werden. ({{VOY|Der Fürsorger, Teil II}})
Die Crew der ''Voyager'' untersucht bei einer [[Außenmission]] einen [[Planet]]en, dessen Bevölkerung am Vortag durch eine [[Explosion]] ausgelöscht worden ist. Bei der [[Untersuchung]] werden Janeway und [[Tom Paris]] in eine [[Subraumspalte]] gezogen und landen in der Vergangenheit. Zuerst versuchen beide, die Einmischung in die Belange der Kultur, der [[Obersten Direktive]] getreu, zu minimieren. Als jedoch klar wird, dass ihr Auftauchen für die Explosion verantwortlich ist, tun beide ihr Möglichstes, um diese zu verhindern. Als ein Außenteam schließlich versucht, einen Subraumspalt zu ihrer Rettung zu öffnen, verschließt Janeway diese mit ihrem Phaser und verhindert so, dass diese Events stattfinden. ({{VOY|Subraumspalten}})
Kurz darauf wird , findet die erste Begegnung der Crew mit den [[NeelixVidiianer]] bei n statt. Diese leiden unter einer Außenmission auf einem Krankheit, die [[AsteroidFresszelle]]en von einem unbekannten [[Humanoid]]en angegriffengenannt wird und ihre Körper langsam aufzufressen droht. Es stellt sich herausSie benötigen Organe gesunder Lebewesen, dass Neelix‘ um zu [[Lungeüberleben]] entfernt worden ist. [[Der Doktor]] kann mit Bei einer holografischen Lunge den Tod von Außenmission werden Neelix verhinderndeshalb beide Lungenflügel entfernt. Neelix stirbtDieser droht daraufhin, falls er seine eigene Lunge nicht wiederbekommtzu sterben. Währenddessen wird der Asteroid von der Crew untersuchtJaneway lässt das vidiianische Schiff verfolgen, welche dort zahlreiche [[Organ]]teile findetum ihn zu retten. Janeway lernt die [[Vidiianer]] kennen, eine [[Spezies]]Nachdem das Schiff, die an in einer [[Krankheit]]risikoreichen Aktion aufgebracht wurde, der [[Fresszelle]] leidetkann Neelix gerettet werden. Die Vidiianer benötigen gesunde OrganeHier zeigt sich erneut das unorthodoxe Vorgehen Janeway's, welche die ''Voyager'' in einen Asteroiden steuern lässt, um zu [[überleben]]die Vidiianer aufzuspüren. Allerdings besitzen Ebenso wird ihr ihr Verantwortungsbewusstsein gegenüber ihrer Crew deutlich, da sie gute medizinische Kentnisse und machen den VorschlagVidiianern unmissverständlich mitteilt, die Lunge eines anderen Besatzungsmitgliedes zu transplantieren. Janewaywelchen Mitteln sie greifen würde, [[Tuvok]] und [[Kes]] sind dazu kompatibel. Kes meldet sich daraufhin freiwilligum diese zu beschützen. ({{VOY|Transplantationen}})
[[Datei:Telek RMor.jpg|thumb|left|Der Romulaner Telek R'Mor]]
Bei [[Sternzeit]] 48579,4 entdecken die [[Sensor]]en der ''Voyager'' ein winziges [[Wurmloch]]. Janeway beschließt, sich das näher anzusehen. Es stellt sich heraus, welches mit 25%er Wahrscheinlichkeit dass es in den [[Alpha-Quadrant]]en Quadranten führt. Janeway entscheidet, hinzufliegenjedoch, mit 3cm Durchmesser, das Wurmloch zu klein für eine Passage ist allerdings nur drei Zentimeter groß. Durch das Wurmloch können sie jedoch [[Telek R'Mor]], einen [[Romulaner]] aus , kontaktieren. Nach einigen Anfangsschwierigkeiten gelingt es Janeway, ihn von einem Besuch auf der Vergangenheit''Voyager'' zu überzeugen. Dort stellt sich allerdings heraus, dass das Wurmloch nicht nur ein Spalt im Raum, kontaktierensondern auch in der Zeit ist. Die Enttäuscht bietet sich der Crew schreibt nur die Möglichkeit, Briefe an ihre [[Familie]]nzu schreiben, die Telek R’Mor weiterleiten sollwelche R'Mor verspricht, zur geeigneten Zeit zu übermitteln. Jedoch findet Nachdem der Romulaner mit den Nachrichten zurück auf sein Schiff gebeamt wurde, teilt [[Tuvok]] herausdem Captain mit, dass Telek R’Mor sterben wird, bevor er die Botschaften weiterleiten kann. Enttäuscht von dieser Nachricht, bleibt nur die Hoffnung darauf, dass er jemanden bestimmt hat, die Botschaften zu übermitteln. (Hier zeigt sich, dass Janeway ein großes diplomatisches Feingefühl hat, da der Romulaner lange Zeit gegen eine visuelle Kommunikation, bzw. einen Besuch ist und schlussendlich von ihr überzeugt werden kann). ({{VOY|Das Nadelöhr}})
[[Datei:IntrepidLandung3.jpg|thumb|Die ''Voyager'' auf dem Planeten der <q>37er</q>.]]