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[[Datei:359px-Emblem des Klingonischen Hohen Rates.svg.png|100px]]

[[Datei:Defiant rettet DetepaDetapa-Ratsmitglieder.jpg|thumb|Die Klingonen greifen die Cardassianer und die ''Defiant'' an.]]

Zu der Zeit werden auch seltsame Aktivitäten am bajoranischen Wurmloch beobachtet, und die Föderation vermutet eine getarnte Flotte des Dominions. Die Föderation sieht eine große Bedrohung, und nach dem Anschlag auf der Erde werden Captain Sisko und Odo auf die Erde beordert, um die Formwandler hier aufzuspüren. Captain Sisko, Odo und [[Admiral]] [[Leyton]] versuchen, die Sicherheit auf der Erde zu verbessern, und ihnen gelingt es auch, Jaresh-Inyo von ihren Plänen zu überzeugen. Es finden nun überall auf der Erde [[Bluttest]]s bei Angehörigen der Sternenflotte statt, allerdings sieht Jaresh-Inyo die Gefahr, dass dadurch der Frieden auf der Erde gestört wird. Als Odo auf Commander [[Erika Benteen]] und Admiral Leyton trifft, bemerkt Odo plötzlich ein seltsames Verhalten an dem Admiral. Odo bemerkt, dass dies gar nicht Leyton ist, sondern ein Gründer, welcher Leytons Gestalt angenommen hat. Dem Gründer gelingt es allerdings zu entkommen, doch Odo ist verwundert über das ihm gegenüber gezeigte feindselige Verhalten, welches bisher nicht zwischen ihm und seinem Volk bestanden hat. ({{DS9|Die Front}})

Währenddessen fällt Odo auf, dass sich die Jem'Hadar ihm gegenüber sehr feindselig verhalten. Diese erklären, dass Odo ein gefallener Gott ist und dass sein Volk über ihn richten wird. Odo will dies aber nicht wahr haben, da er und sein Volk keine Götter sind. Später versucht auch Weyoun zu bewirken, dass Odo zu seinen Volk zurück kehrt, aber auch wie bisher lehnt Odo dies wieder ab. Die Sternenflotte führt darauf ihre erste gemeinsame Mission mit dem Dominion durch, allerdings verschweigt Weyoun gegenüber dem [[Erster (Jem'Hadar)|Ersten]] [[Omet'iklan]] und seinen Jem'Hadar die Existenz des Portals. Doch Omet'iklan gibt Weyoun zu verstehen, dass er bereits über das Portal Bescheid weiß und dass niemand, auch nicht Weyoun, an seiner Loyalität gegenüber den Gründern zweifeln soll. Auf der Oberfläche von [[Vandros IV]] kämpfen die Teams aus Sternenflotte gemeinsam mit den Jem'Hadar gegen die Abtrünnigen. Obwohl es zu einigen Verlusten kommt, ist die Mission ein Erfolg, das Portal wird vernichtet und die Abtrünnigen werden getötet. Als Weyoun auf die Oberfläche kommt, um seine Glückwünsche für die Erfolgreiche Mission zu äußern, wird dieser von Omet'iklan getötet, da er seine Loyalität gegenüber den Gründern angezweifelt hat. Omet'iklan erklärt gegenüber Sisko, dass er beeindruckt ist wie die Sternenflotte gekämpft hat, aber da diese Mission abgeschlossen ist, sind sie nun wieder Feinde und darauf kehrt die ''Defiant'' wieder in den Alpha-Quadrant zurück. ({{DS9|Die Abtrünnigen}})

Zu der dieser Zeit sieht Dukat sein Volk dem Untergang geweiht, es ist besiegt durch den Krieg mit den Klingonen und durch die ständigen Kämpfe mit dem [[Maquis]] in der [[Entmilitarisierte Zone|Entmilitarisierten Zone]]. Darauf sieht Dukat nur einen Weg sein Volk zu retten. Dukat beginnt heimliche Verhandlungen zwischen seiner Regierung und dem Dominion zu führen. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})  In dieser Zeit warnt [[Pascal Fullerton]] mit seiner [[Neue Essentialisten-Bewegung|Neuen Essentialisten-Bewegung]] vor angriffen des Dominions und den Borg. Er sieht, dass die Bewohner der Föderation mit ihren Verhalten schwach geworden sind und Fullerton soll mit seinen Warnungen Recht behalten. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Zur selben Zeit wird [[Ishka]], die Frau des großen Nagus Zek und die Mutter von Quark, vom Dominion gefangen genommen. Quark bekommt mit seinem Bruder Rom vom Nagus den Auftrag, Ishka aus der Gewalt des Dominions wieder zu befreien. Quark beschließt seine Mutter mit einigen Ferengi zu befreien. Mit Hilfe von Rom, Nog, [[Gaila (Ferengi)|Gaila]], [[Leck]] und Brunt will Quark seine Mutter befreien. Da in den Simulationen die Ferengi bei der Befreiung von Ishka versagen, beschließt Quark mit dem Dominion ein Tauschgeschäft durchzuführen. Dank des Einsatzes von Kira bekommt Quark den Vorta Keevan von der Föderation ausgeliefert, damit dieser gegen Ishka ausgetauscht werden kann. Der Austausch soll auf der verlassenen cardassianischen Raumstation [[Empok Nor]] stattfinden und die Ferengi treffen dort auf den Vorta [[Yelgrun]]. Yelgrun fordert Keevans Auslieferung von Quark, damit dieser seine Mutter bekommt. Da die Ferengi Angst vor den Jem'Hadar haben, fordert Quark von Yelgrun, dass diese mit ihrem Schiff die Station verlassen und Yelgrun zurück lassen. Yelgrun geht darauf ein, da ihm Keevan zu wichtig ist, allerdings will er zwei Jem'Hadar behalten. Yelgrun bemerkt, dass die Ferengi sehr gerissen sind und das diese vielleicht eines Tages Mitglieder des Dominions werden können.  Kurz vor der Übergabe wird Keevan allerdings durch einen Streit der Ferengis getötet und nun haben diese niemanden, den sie austauschen können. Mit [[Neuralstimulator]]en gelingt es jedoch Nog einige Reflexe an Keevans Körper auszulösen und die Ferengi versuchen auf die Art den Austausch durchzuführen. Yelgrun fällt zuerst darauf rein jedoch bemerkt er schnell den Betrug, doch die Ferengi schlagen zu und töten schnell die beiden Jem'Hadar. Darauf nehmen die Ferengi Yelgrun gefangen. Die Mission ist ein voller Erfolg, Ishka kann befreit werden und die Ferengi übergeben der Sternenflotte den Vorta Yelgrun. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})

Das Dominion festigt wenig später seine Stellungen im Kalandra-Sektor und versucht so, eine Versorgungslinie zwischen dem betazoiden Raum und dem Argolis-Cluster herzustellen. Falls ihnen das so gelingt, so sind sie dazu in der Lage, einen Angriff gegen [[Vulkan]] durchzuführen. Daher plant die Sternenflotte, ihnen in der Nähe des [[Tibor-Nebel]]s den Weg abzuschneiden. Zu diesem Zweck wird die siebente Flotte eingesetzt, welche zuvor große Verluste bei [[Sybaron]] erlitten hat. Außerdem zwingen die Romulaner das Dominion, sich aus dem [[BenzarBenzit-System]] zurückzuziehen. Bei den Kämpfen setzen die Romulaner an den Frontlinien die [[Remaner]] ein, welche blutige Gefechte mit den Truppen des Dominions führen. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}}; {{Film|10}})

Nach der Schließung des Wurmloches scheint sich das Blatt für die Föderationsallianz zu wenden, die Allianz wird wieder von den Dominion-Flotten zurück gedrängt und die Föderationsallianz ist wieder gezwungen defensiv zu kämpfen. Die Klingonen scheitern zu der Zeit bei einem Angriff auf die [[Monac-IV-Schiffswerft|Werften von Monac IV]]. Die Verluste belaufen sich etwa auf 30%. Das Dominion gibt das Chin'toka-System nicht auf und plant es zurück zu erobern. Um dies zu erreichen werden die Schiffswerften angewiesen, ihre Produktion um 15% zu erhöhen. Währenddessen sitzen die Truppen der Föderationsallianz, umzingelt von Dominion-Truppen im Chin'toka-System fest.

General Martok plant kurz darauf einen Angriff mit nur fünf [[B'rel-Klasse|Bird-of-Prey]] zuerst auf die Sternenbasis auf der Oberfläche von [[Trelka V]], dann die [[Manora-Schiffswerft]], schließlich die [[Jem'Hadar-BrutstätteZuchtanlage]] auf [[Sheva II]] und die Versorgungsdepots im [[Borias-Cluster]] durch zu führen. Anschließend soll die Neunte Flotte die Bird-of-Prey und ihre möglichen Verfolger im Kalandra-System empfangen. Die Klingonen beginnen mit den Angriff auf Trelka V und zwei cardassianische Schiffe greifen die Bird-of-Preys an, dabei wird einer der Bird-of-Preys vernichtet. Währenddessen greift Martok mit den anderen Schiffen die Station auf der Oberfläche an und dieser Angriff verwirrt die Cardassianer, doch diese Schlagen schnell zurück. Bei einem Angriff wird Martok verletzt und [[Kor]] übernimmt das Kommando. Doch Kor greift weiter gegen den Willen von Martok die Station an. Der alte Kor hält die Cardassianer sogar für seinen alten Feind aus der Vergangenheit, die Föderation. Allerdings gelingt es Martok wieder das Kommando zu übernehmen und befiehlt den sofortigen Rückzug, um die Manora-Schiffswerft anzugreifen. Danach entzieht Martok Kor von seinem Posten. Während die Bird-of-Preys weiterfliegen, nähert sich eine Flotte von zehn Jem'Hadar-Angriffsjäger und verflogt die klingonische Flotte. Den Jem'Hadar gelingt es mit Langstrecken-[[TachyonenscannerLangstreckentachyonscan]] ner die Bird-of-Preys aufzuspüren und sie verfolgen diese. Da die Bird-of-Preys nicht rechtzeitig die verbündete Flotte erreicht, übernimmt Kor das Kommando über einen Bird-of-Prey und ihm gelingt es bei einem Kampf mit den Jem'Hadar diese lang genug aufzuhalten, dass die übrigen drei Bird-of-Preys die verbündete Flotte erreicht. Bei der Schlacht kommt Kor zwar ums Leben, aber er wird von den Klingonen als Held gefeiert. ({{DS9|Der Dahar-Meister}})

Da die Föderation durch den Dominion-Krieg immer mehr geschwächt wird, sucht die Sternenflotte weiter nach neuen Verbündeten beim Kampf gegen das Dominion. Die Föderation beginnt schließlich mit den [[Son'a]] zusammen zu arbeiten, obwohl bekannt ist, dass sie auch einige Ketracel-White-Anlagen besitzen und so für das Dominion diese Droge produzieren. Während der Allianz zwischen der Föderation und den Son'a will sich die Föderation die [[metaphasische Strahlung]] des Planeten [[Ba'ku (Planet)|Ba'ku]] im [[Briar Patch]] zu nutzen machen, um den natürlichen Alterungsprozess zu stoppen. Allerdings wollen die Son'a zusammen mit dem Sternenflotten Admiral [[Matthew Dougherty]] die dort einheimischen [[Ba'ku]] zwangsumsiedeln.

Doch die Cardassianer haben die Besetzung durch das Dominion satt. Nach dem scheinbaren Tod von Damar entstehen in der Bevölkerung Legenden über den Helden Damar. Mila berichtet den Niedergenschlagenden dem niedergeschlagenen Damar von dem Zuspruch der Bevölkerung. Der Führer der Rebellion plant daraufhin mit Hilfe von Kira und Garak einen Anschlag auf eine [[Jem'Hadar-Kaserne]]. Beim legen Legen einer Bombe, wird Garak jedoch von den Jem'Hadar erwischt. Plötzlich taucht wie aus dem Nichts Damar auf und fordert die Freilassung von Garak. Doch die Soldaten des Dominion denken niht nicht daran, Garak frei zu lassen, sondern wollen Damar stattdessen töten. Bevor die Jem'Hadar ihr Werk jedoch vollenden können , kommt Kira zur Hilfe und tötet stattdessen die Jem'Hadar. Durch die anschließende Explosion der Bombe wird die Kaserne zerstört. Als die Cardassianer sehen, dass Damar noch lebt , fassen diese neuen Mut. Damar fordert die Bevölkerung auf an seiner Seite gegen das Dominion zu kämpfen und das Volk erwidert seine Freiheitsrufe.

Durch die gestohlene Energiedämpfungswaffe findet die Sternenflotte eine Möglichkeit diese Waffe abzuwehren und die Sternenflotte teilt ihr Wissen auch mit den Romulanern. Als die Gründerin dies erfährt , zieht diese alle Truppen des Dominions, der Cardassianer und der Breen in den cardassianischen Raum zurück. Die Gründerin will damit ihre Truppen auf ein kleineres Gebiet konzentrieren, um es den Feind schwerer zu machen sie anzugreifen. Die Gründerin spekuliert, dass die Föderation und ihre Verbündeten das Dominion nicht angreifen werden. Darauf befiehlt die Gründerin die Produktion der Schiffswerften und der Jem'Hadar zu erhöhen, um dann mit einer stärkeren Armee die Föderationsallianz anzugreifen.

Auch die Föderation bekommt den Rückzug des Dominions in den cardassianischen Raum mit. Die Romulaner wollen das Dominion im cardassianischen Raum einkesseln und dort gefangen halten. Doch Captain Sisko ist gegen diese Strategie, da er befürchtet, dass das Dominion die Produktion ihrer Schiffe und der Jem'Hadar erhöht und dann wieder angreifenangreift. Sisko schlägt schließlich vor , das Dominion sofort anzugreifen und die Klingonen stimmen dem zu. Nachdem auch die Romulaner zugestimmt haben , wird die [[Schlacht um Cardassia|Invasion auf Cardassia]] geplant. ({{DS9|In den Wirren des Krieges}})

Auf Cardassia Prime planen Damar, Kira und Garak zusammen mit der cardassianischen Bevölkerung den Aufstand. Es werden [[Streik]]s veranstaltet und auch die Energie und die Kommunikation auf dem Planet wird lahm gelegt. Durch diese Aktion verliert die Gründerin den Kontakt zu der Flotte, welche sich der Föderationsallianz entgegenstellen soll. Legat Broca berichtet der Gründerin, dass die cardassianische Bevölkerung auf dem ganzen Planeten Sabotageakte gegen das Dominion durchführt durchgeführt hat. Weyoun empfiehlt darauf das cardassianische Volk für diese Sabotage zu bestrafen und er lässt von den Jem'Hadar die cardassianische Stadt [[Lakarian City]] auslöschen und dabei . Dabei werden 2 Millionen Männer, Frauen und Kinder getötet. Als Damar die Botschaft von Weyoun sieht , beschließt er zusammen mit Kira und Garak das Hauptquartier des Dominions anzugreifen, um sich an Weyoun zu rächen. Doch dem Dominion gelingt es das Versteck von Damar ausfindig zu machen und ihn zusammen mit Kira und Garak zu verhaften.

Währenddessen trifft die Flotte der Föderationsallianz auf die Flotten des Dominions, der Breen und der Cardassianer. Es kommt zu schweren Gefechten und obwohl die Dominiontruppen keinen Kontakt nach Cardassia Prime haben, sind diese der Föderationsallianz überlegen. Bei den Gefechten werden immer mehr Schiffe der Föderationsallianz vernichtet und zu . Zu den Opfern gehört auch das Flaggschiff der Romulaner.

[[Datei:Cardassiner Cardassianer greifen das Dominion an.jpg|thumb|Das Cardassianische Militär wechselt die Seiten.]]

Die Schlacht verläuft immer schlechter für die Föderationsallianz diese haben . Diese hat bereit ein drittel Drittel ihrer Flotte verloren. Captain Sisko befiehlt sogar mit der neuen ''Defiant'' den Rückzug, da für ihn der Kampf aussichtslos erscheint. Doch plötzlich beginnen die cardassianischen Schiffe die Flotten des Dominions und der Breen anzugreifen. Zu der Zeit gelingt es der Gründerin auf Cardassia Prime wieder Kontakt mit ihren Truppen an der Front herzustellen. Mit Entsetzen muss sie mit ansehen, dass die Cardassianer endgültig das Dominion verraten haben. Die Gründerin befiehlt den Rückzug ihrer Flotten in den Orbit von Cardassia Prime, obwohl sie weiß, dass sie nun von der Föderationsallianz umzingelt sind. Für den Verrat befiehlt die Gründerin Weyoun, die gesamte cardassianische Bevölkerung zu töten. Das erste Opfer ist Legat Broca, obwohl er dem Dominion loyal gegenübersteht.

Die Flotte der Föderation, der Klingonen, der Romulaner und der Cardassianer erreichen, erreicht den Orbit von Cardassia Prime und stehen steht einer weiteren großen Flotte des Dominions und der Breen gegenüber. Die Föderation will die Orbitalen orbitalen Geschütze angreifen, die Klingonen kümmern sich um die Schiffe der Breen und die Romulaner bekämpfen gemeinsam mit den Cardassianern die Schiffe der Jem'Hadar. Doch Admiral Ross schätzt bei diesen Kämpfen sehr hohe Verluste der Flotte.

Inzwischen gelingt es Damar mit seinen Truppen in das Hauptquartier des Dominions einzudringen, doch bei den Gefechten mit den Jem'Hadar kommt Damar ums Leben. Kira, Garak und Ekoor gelingt es die wenigen Jem'Hadar im Gebäude zu töten, da die meisten zur Auslöschung der cardassianischen Bevölkerung abkommandiert worden sind. Den drei gelingt es Weyoun und die im sterben Sterben liegende Gründerin gefangen zu nehmen. Nachdem Weyoun eine abfällige Bemerkung über Damar und Cardassia von sich gegeben hat, tötet Garak den letzten Klon von Weyoun. Obwohl sie weiß, dass sie verloren hat, will die Gründerin nicht kapitulieren. Sie will jeden Jem'Hadar und Breen bis aufs letzte kämpfen lassen, damit die Föderationsallianz trotz des Sieges die hohen Verluste an Leben beklagen muss. Nachdem Kira Kontakt mit der sich im Orbit befindenden ''Defiant'' aufgenommen hat, beamt sich Odo auf die Planetenoberfläche. Odo verbindet sich mit der Gründerin und heilt sie von ihrer Krankheit. Darauf kann Odo sie davon Überzeugenüberzeugen, den Krieg zu beenden. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I|Das, was du zurückläßt, Teil II}})