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Ende 2375 erhält die ''Voyager'' einen Notruf von vom dem Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']]. Diese ist wie die ''Voyager'' ebenfalls im Delta-Quadrant verschollen. Die ''Equinox'' wird von einer unbekannten Spezies angegriffen, doch mit Hilfe der ''Voyager'' können diese Fremden abgewehrt werden. Die Überlebenden [[Liste von Crewmitgliedern der USS Equinox|Crewmitglieder ]] werden an Bord der ''Voyager'' gebeamt und diese werden vom Doktor behandelt. Doch der Captain der ''Equinox'' [[Rudy Ransom]] will sein Schiff nicht aufgeben, obwohl dieses schwer beschädigt ist. Seven of Nine scannt vom Astrometrischen Labor der ''Voyager'' das Wissenschaftslabor der ''Equinox'' und findet heraus, dass dieses absichtlich verstrahlt worden ist, damit die ''Voyager'' Crew dieses nicht untersuchen kann. Da die Strahlung dem Doktor nichts anhaben kann, beamt dieser an Bord und findet heraus, dass die ''Equinox'' die [[Nukleogenische Lebensform|fremde Lebensform]], welche das Schiff angegriffen haben, gefangen nehmen und ihre toten Körper als Energiequelle nehemennehmen, um schneller in den Alpha-Quadranten zurück zu gelangen. Darauf lässt Janeway Ramsom und seine Crew unter Arrest stellen. Als der Doktor weiter Untersuchungen an den toten Fremden durchführt, aktiviert er das MHN der ''Equinox''. Als der Doktor erfährt, dass das MHN der ''Equinox'' ebenfalls geholfen hat die Fremden zu töten, ist dieser Entsetzt über die Taten des anderen Doktors. Darauf deaktiviert das MHN den Doktor und stiehlt seinen mobilen Emitter. Das MHN der ''Equinox'' kehrt auf die ''Voyager'' zurück und befreit die ''Equinox'' Crew. Dabei wird auch Seven of Nine mit auf die ''Equinox'' entführt. Ramson und seine Crew sabotieren die Schilde der ''Voyager'' und die ''Equinox'' flieht. Die ''Voyager'' ist nun hilflos den Angriff der Fremden ausgesetzt. ({{VOY|Equinox, Teil I}})

Die ''Voyager'' Crew kann zwar die Angriffe der Fremden abwehren, doch es gibt Verletzte und Tote. Nach diesen Angriff beginnt Janeway die ''Equinox'' zu verfolgen, sie will Ramson und seine Crew für den Verrat an der Sternenflotte bestrafen. Auf der ''Equinox'' wird der Doktor von der Crew aktiviert und dieser behandelt Seven of Nine. Als die ''Equinox'' Crew erkennt, dass Seven of Nine den Warpantrieb der ''Equinox'' mit Codes gesperrt hat, will Ramson diese Codes von Seven of Nine, doch diese weigert sich Ramson die Codes zu geben. Darauf deaktiviert Ramson die [[Ethische Subroutine|Ethischen Subroutinen]] des Doktors, damit er die Informationen aus Seven of Nines Gehirn extrahieren kann. Der Doktor fängt darauf an mit Experimenten an Seven of Nine zu experimentierenan. Währenddessen erreicht die ''Voyager'' die ''Equinox'' und greift diese an. Inzwischen macht sich Ramson schwere Vorwürfe für seine Taten und er will sich Janeway ergeben. Doch Lieutenant [[Maxwell Burke]] meutert gegen seinem seinen Captain und setzt den Angriff auf die ''Voyager'' fort. Doch Ramson gelingt die Flucht und er beamt einen Teil seiner Crew, darunter auch den Doktor und Seven of Nine an Bord der ''Voyager''. An Bord der ''Voyager'' löscht der Doktor das Programm des MHNs der ''Equinox''. Währenddessen greifen die Fremden die ''Equinox'' an und töten Burke und die anderen meuternden Crewmitglieder und Ramson übernimmt wieder das Kommando über die ''Equinox''. Ramson will an Bord der ''Equinox'' bleiben, als diese Explodiert und nach der Zerstörung der ''Equinox'' verschwinden die Fremden Angreifer wieder. Nach der Mission modifiziert lässt der Doktor sein Programmmodifizieren, damit niemand mehr so leicht seine Ethischen Subroutinen löschen kann. ({{VOY|Equinox, Teil II}})

Auf einem [[Markonianischer Außenposten|Markonianischen Außenposten]] trifft Seven of Nine auf ehemaligen Borgdrohnen, welche ebenfalls aus dem Kollektiv befreit worden sind. Doch trotzdem sind diese drei noch immer miteinander durch einen Interlink verbunden. Die drei sind als Drohnen mit Seven of Nine in der Vergangenheit zusammen gewesen und bitte diese sie von dieser Verbindung zu befreien. Der Doktor findet allerdings keine Möglichkeit die Drei von einander zu trennen. Schließlich verbindet sich Seven of Nine mit den drei ehemaligen Drohnen und bei dieser Verbindung stellt sich heraus, dass Seven of Nine für diese Verbindung verantwortlich ist. Da der Doktor nun die Ursache für diese Verbindung weiß, kann er den Interlink trennen, doch dies würde die drei innerhalb weniger Wochen töten, andereseits anderseits durch eine Rückkehr ins Borg-Kollektiv würde die drei rettenÜberleben. Der Doktor will den dreien das Leben retten und will die drei sie zu den Borg zurück bringen, doch Seven of Nine macht dem Doktor klar, dass das Überleben nicht Alles ist und das die drei Drei lieber kurz in Freiheit leben sollen , als bei den Borg. Der Doktor akzeptiert diese Entscheidung und trennt die Verbindung der Drei ehemaligen Drohnen. ({{VOY|Überlebensinstinkt}})

Bei einem Shuttle Shuttleunfall wird Torres schwer Verletzt und erlebt eine Nahtoderfahrung, doch der Doktor kann sie retten. Doch bei dieser Nahtoderfahrung sieht Torres, wie sich ihre Mutter [[Miral]] auf der [[Barke der Toten]] auf dem Weg nach [[Gre'thor]] befindet. Um ihre Mutter zu retten , lässt sich Torres mit der Erlaubnis von Janeway vom Doktor nochmals in einem Nahtoten Zustand versetzten. Dort gelingt es Torres ihre Mutter zu retten und sie erlangt schließlich ihr Bewußtsein zurück. ({{VOY|Die Barke der Toten}})

In den nächsten Wochen fühlt sich der Doktor unterfordert und er bitte Captain Janeway, dass er falls wenn die Kommandoffiziere ausfallen, er das Kommando über die ''Voyager'' übernehmen darf. Doch Janeway lehnt den Vorschlag des Doktors ein [[Notfall-Kommando-Hologramm]] zu werden ab und der Doktor ist sehr Entäuscht Enttäuscht darüber, da er . Der Doktor sehnt sich in dieser Zeit sehr nach der Anerkennung aus der Crew sehnt. Zu dieser Zeit testet der Doktor eine Modifizierung seines Programms in der er [[Tagtraum|Tagträume]] durchlebt und durchlebt seine in seiner Phantasie viele Erlebnisefreien Lauf lässt. In seinen Träumen, wird der Doktor von der Crew anerkannt, die Frauen flirten mit ihm, er übernimmt sogar das Kommando über die ''Voyager'' und rettet diese vor den Borg. Zu der Zeit befindet sich ein Schiff der [[Hierarchie]] in der Nähe und beginnt heimlich die ''Voyager'' zu überwachen und die Crew überlegt . Die Crewmitglieder überlegen sich, ob sie diese die ''Voyager'' überfallen sollen. Bei der Überwachung der ''Voyager'' entdeckt das Crewmitglied [[Devro]] eine Transmission und , aber diese sind in Wirklichkeit die Tagträume Tagtraumerlebnisse des Doktors und erhält . Doch Devro hält diese Daten für echt. Anhand dieser Tagträume plant die Hierarchie einen Angriff auf die ''Voyager''. Währenddessen verliert der Doktor die Kontrolle über seine Tagträume und er kann nicht mehr zwischen Traum und Wirklichkeit unterscheiden. Der Doktor will sogar in den Warpkern springen, da er in seinem Tagtraum glaubt, dass er so die ''Voyager'' retten kann. Um den Doktor zu retten werden die Tagträume aufs Holodeck projeziert projiziert und dabei sehen Kim, Seven of Nine und Janeway die heimlichen Phantasien des Doktors. Janeway sieht auch in einer Phantasie, dass der Doktor nur zum Wohl der Crew lebt und auch hofft nur einmal dafür Annerekennung Anerkennung zu bekommen. Nach ein paar Stunden Arbeit gelingt es Torres das Programm des Doktors zu reparieren. Währenddessen erkennt Devro, dass er nur Tagträume gesehen hat und aufgrund der Fehlinformation von der Hierarchie bestraft werden wird. Um dies zu verhindern, nimmt Devro heimlich Kontakt mit dem Doktor auf und informiert ihn über den Angriff der Hierarchie. Der Doktor soll dafür wie in der Simulation als Kommandant auftreten. Die ''Voyager'' bereitet sich mit dieser Information auf den Angriff der Hierarchie vor. Doch der Doktor ist als Kommandant sehr unsicher und die Hierarchie greift die ''Voyager'' an und diese ist im Kampf gegen die Hierarchie unterlegen. Doch plötzlich wendet der Doktor einen Trick aus seinem Tagtraum an und die Hierarchie Mitglieder fallen auf den diesen Trick rein herein und ziehen sich zurück. Nach seiner Erfolgreichen Mission bekommt der Doktor von Janeway eine Auszeichnung und sie erklärt, dass sie den Doktor auch als Notfall-Kommando-Hologramm mit einsetzen wird. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}})

Kurz darauf erscheint in der nähe Nähe der ''Voyager'' eine [[Graviton-Ellipse]] in der sich auch die verschollene Erdenraumschiff [[Ares IV|''Ares IV'']]befindet. Seven of Nine hält die Bergung dieses Schiffes als zu gefährlich, denoch dennoch begleitet sie die Außenmission im ''Delta Flyer''. Der Doktor beneidet Seven of Nine um diese Mission, die Vergangenheit zu erforschen und bittet sie darum einige Fotos von der Graviton-Ellipse und dem Schiff zu schießen. ({{VOY|Ein kleiner Schritt}})  Einige Zeit später modifiziert Seven of Nine ihren [[Alkoven]] so um, dass sie auch während der Regeneration Daten, welche von der ''Voyager'' empfangen werden auswerten kann. Doch ihr Gehirn kann diese Daten, nicht richtig verarbeiten. So vermutet sie, dass [[Tash]], welcher ein [[Subraumkatapult]] gebaut hat, zu den [[Nacene]] gehört. Doch der Doktor kann dies widerlegen. Später stellt Seven of Nine immer wildere Spekulationen auf und der Doktor untersucht die Modifikation des Alkovens von Seven of Nine, um diese darauf behandeln zu können. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})

Einige Zeit später modifiziert Seven of Nine ihren [[Alkoven]] so um, dass sie auch während der Regeneration Daten von der ''Voyager'' empfangen und auswerten kannDatei:Der Doktor gibt Janeway Ratschläge. Doch ihr Gehirn kann diese Daten, nicht richtig verarbeitenjpg|thumb|Der Doktor gibt Janeway Ratschläge über ihre Beziehung mit Michael Sullivan. So vermutet sie, dass [[Tash]], welcher ein [[Subraumkatapult]] gebaut hat, zu den [[Nacene]] gehört. Doch der Doktor kann dies wiederlegen. Später stellt Seven of Nine immer wildere Spekulationen auf und der Doktor untersucht die modifikation des Alkovens von Seven of Nine, um diese darauf behandeln zu können. ({{VOY|Die Voyager-Konspiration}})

Während einer Außenmission auf [[~/Planet/VOY/6x12/1|Kelemanes Planet]]einen Planeten, dessen Zeit etwa 85.000 mal so schnell voranschreitet wie die der [[Erde]], hat er der Doktor einen Sohn mit Namen [[Jason Tabreez]], um der er sich kümmert. Später erkundigt sich der Doktor bei Gotana-Retz was aus seinen Sohn geworden ist. ({{VOY|Es geschah in einem Augenblick}})

Nachdem Janeway die Tagträume des Doktors sieht, erkennt sie das der Doktor nicht nur ein einfaches Hologramm ist, welcher nur seine Arbeit macht, sondern auch eine Person, welche auch für seine Arbeit ausgezeichnet werden, möchte. Nach den Ereignissen übereicht überreicht Janeway eine Medallie Medaille für die hervoragende hervorragende Leistung des Doktors. ({{VOY|Dame, Doktor, As, Spion}}) Als sich Janeway in die Holofigur Michael Sullivan verliebt, bietet der Doktor ihr seinen Rat an. Der Doktor erklärt ihr, dass es nicht wichtig ist ob Sullivan nun Real oder ein Hologramm ist, wichtig sind nur die Gefühle welche Janeway für Sullivan hat. ({{VOY|Fair Haven}})