Da immer mehr Schiffe des Dominions durch das Wurmloch in den Alpha-Quadranten fliegen, beschließt Captain Sisko das Wurmloch zu vermienen. O'Brien, Dax und Rom arbeiten an einer Methode das Wurmloch effizient zu Verminen und entwickeln [[Selbstreplizierende Mine|selbstreplizierende Minen]]. Mit diesen Minen beginnt die ''Defiant'' unter dem Kommando von Dax das Wurmloch zu Verminen. Allerdings will das Dominion dies nicht zu lassen und droht mit Krieg, falls Sisko die Minen nicht wieder entfernen lässt. Sisko lässt sich nicht davon abbringen das Wurmloch weiter zu Verminen. Darauf schicken das Dominion und die Cardassianer eine Flotte, welche die Station angreifen sollen. Darauf bereitet man sich auf der Station auf einen Angriff des Dominions vor. Auf der ''Defiant''arbeitet O'Brien unter Druck damit alle Minen einsatzbereit sind. Wenig später beginnt mit der [[Schlacht von Deep Space 9 (2373)|Schlacht um Deep Space 9]] der [[Dominion-Krieg]]. Während die Defiant das Wurmloch weiter vermient, wird das Schiff von Jem'Hadar-Angriffsjäger angegriffen. Dax kann aufgrund der Minen nicht angreifen und kann den Angriffen der Jem'Hadar nur ausweichen. Plötzlich erscheint die [[IKS Rotarran|IKS ''Rotarran'']] und vernichtet die Schiffe der Jem'Hadar. Die ''Defiant'' verteilt die übrigend Minen und aktiviert das Minenfeld. Zur selben Zeit gelingt es dem Dominion mit seiner Streitmacht die Station zu übernehmen. Sämtliche Mitglieder der Sternenflotte, inklusive darauf mit der ''Defiant'' evakuiert. Nachdem die ''Defiant'' Deep Space 9 verlassen hat, fliegt das Schiff mit einem Kampfverband der Föderation und Klingonen in die nächste Schlacht. ({{DS9|Zu den Waffen!}})

[[Datei:Dax_Energiezelle_Phaserphalanx.jpg|thumb|Dax als neue Kommandantin der ''Defiant''.]]

Die ersten drei Monate im [[Dominion-Krieg]] verlaufen schlecht für die Föderation und die Klingonen. Die Sternenflotte verliert eine Schlacht nach der anderen und die gesamte Crew ist müde, erschöpft und verzweifelt. Schließlich wird die ''Defiant'' zur [[Sternenbasis 375]] beordert. Dort angekommen, wird Sisko das Kommando über die ''Defiant'' entzogen. Captain Sisko bekommt von Admiral [[William Ross]] den Auftrag mit einem erbeuteten Jem'Hadar-Angriffsjäger ein Ketracel-White Lager des Dominions zu vernichten und die Mission ist schließlich erfolgreich. ({{DS9|Zeit des Widerstands}})