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Nachdem eine Sonde in der [[Atmosphäre]] eines [[Gasriese]]n stecken bleibt, besprechen die Führungsoffiziere, wie man diese bergen kann. Als Torres lapidar meint, dass man sie nicht herausbeamen kann, erkundigt er sich nach den genauen Gründen dafür. Zunächst lässt er sich davon beruhigen. Unterdessen beginnt man mit der Bergungsaktion, und er analysiert die Atmosphäre. Inzwischen ist auch ein Malon-Frachter, unter dem Kommando von [[Vrelk]], eingetroffen, der ebenfalls die Sonde bergen soll. Später schlägt er vor die Schilde zu verstärken, falls Vrelk noch mehr Antimaterieabfall ablässt. Nachdem Torres nicht über das Kommunikationssystem antwortet, begibt er sich auf das Holodeck und veranlasst, dass sie auf die Krankenstation gebracht wird. Wenig später spricht er mit Janeway und Paris über Torres' Verletzungen. Sie wussten nichts von ihren Verletzungen. Daher stellen sie Nachforschungen in Torres' Holodeckprogrammen an. Aufgrund des Ergebnisses sucht Chakotay Torres auf und stellt sie zur Rede. Chakotay drängt sie dazu, sich mit ihm eines der Programme anzusehen. Er fragt sie, ob sie Selbstmord begehen will, was sie verneint. Sie berichtet, dass sie überhaupt keine Gefühle mehr hat. Chakotay meint, dass sie sich öffnen soll, worauf sie erwidert, dass sie jede Familie, die sie je hatte, verloren hat. Chakotay entgegnet, dass sie ihre Familie auf der ''Voyager'' nicht verlieren wird, da niemand auf der ''Voyager'' zulassen wird, dass sie sich auf dem Holodeck das Genick bricht. Nachdem sich Torres ihm öffnet, wird er auf die Brücke gerufen, da die Malon angreifen. Janeway befiehlt daher den Start des [[Delta-Flyer(2375)|''Delta Flyers'']]s und Chakotay soll mitfliegen. Auf dem Weg zur Shuttlerampe, wird er von Torres abgefangen, die die Mission übernehmen will. Dies gestattet er. Nach dem erfolgreichen Abschluss der Mission, scannt er das Malonshuttle und stellt fest, dass sie offenbar große Probleme haben, die Atmosphäre zu verlassen. Anschließend spricht er mit Torres und lobt sie für ihre Arbeit. ({{VOY|Extreme Risiken}})

Ende des Jahres empfängt Seven of Nine überraschend einen Notruf vom Föderationsraumschiff [[USS Equinox|USS ''Equinox'']]. Die ''Equinox'' ist wie die ''Voyager'' ebenfalls im Delta-Quadranten verschollen und wird von einer unbekannten Spezies angegriffen. Über diese Entdeckung informiert sie unverzüglich Captain Janeway und Commander Chakotay. Nachdem man die ''Equinox ''erreicht hat, stellt man fest, dass diese angegriffen wird. Nachdem man die Schilde um das Schiff ausgedehnt und so vorerst gerettet hat, begibt sich Chakotay mit einem Außenteam an Bord. Im Maschinenraum findet er die verletzte Ingenieurin [[Marla Gilmore]] und befreit sie aus den Trümmern. Als man wenig später mit den Reparaturen an der ''Equinox'' beginnt, bittet ihn Gilmore sie einem Reparaturteam auf der ''Voyager'' zuzuteilen, da sie schlechte Erinnerungen auf ihrem Schiff bekommt. Chakotay stimmt dem zu. Die Fremden setzen unterdessen ihre Angriffe fort und Chakotay überwacht die Anpassung der Schilde von der Brücke aus. Bei einer kurz darauf stattfindenden Besprechung der Führungsoffiziere beider Schiffe, schlägt er vor die Besatzung der ''Equinox'' auf die ''Voyager'' zu transferieren, um nur ein Schiff verteidigen zu müssen. Jedoch lehnt Captain Ransom diesen Vorschlag ab, weshalb Janeway ihm befiehlt sein Schiff aufzugeben. Chakotay bespricht daraufhin mit Gilmore und Kim die Bergung der Vorräte der ''Equinox''. Gilmore drängt dabei darauf, die Primärsysteme zu ignorieren, da sie zu schwer beschädigt seien, und stattdessen die Vorräte zu bergen. Chakotay interessiert sich dennoch für die modifizierten Plasmainjektoren. Jedoch meint die Ingenieurin, dass diese eine Fehlentwicklung waren. Ihre Besprechung endet, als sie zunächst von Naomi Wildman und wenig später von Captain Ransom unterbrochen werden, der Gilmore auf die Brücke der ''Equinox'' ruft. Anschließend lässt Chakotay Kim ein Bergungsteam zusammenstellen. Nachdem der Doktor entdeckt, dass die Crew der ''Equinox'' Experimente an fremden Wesen durchgeführt und einige Wesen dabei getötet hat, bringt er Gilmore mit einem Sicherheitsoffizier in das astrometrische Labor und fordert sie auf, Ihnen zu helfen. Sie tut dies zunächst auch und liefert Informationen. Jedoch beteiligt sie sich an Ransoms Ausbruch aus dem Arrest, schlägt auf der ''Equinox'' Seven of Nine nieder und macht das Schiff wieder warpflugfähig, sodass es entkommen kann. Anschließend brechen die Schilde zusammen und die Wesen greifen die ''Voyager'' an. ({{VOY|Equinox, Teil I}})