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Wenig später entdeckt man auf einem Planeten ein Dilithiumvorkommen und untersucht es. Durch die Scanstrahlen wird der Planetoid destabilisiert und explodiert. Daraufhin kollabiert das Warpfeld, was Chakotay dem Captain meldet. Daraufhin wird die ''Voyager'' von einem [[Hazari]]schiff angegriffen, dass jedoch abgewehrt werden kann. Auch verfolgt dieses Schiff die ''Voyager'' nicht, da, wie Chakotay herausfindet, die Hazari Verstärkung im ganzen Sektor besitzen. Nachdem eine [[Denkfabrik]] ihre Hilfe, bei der Passage anbietet, fliegt die ''Voyager'' zu einem Treffpunkt. Dort eingetroffen, scannt Chakotay die Umgebung, kann jedoch zunächst nichts entdecken. Nachdem sich die Denkfabrik enttarnt, nehmen Janeway und Seven of Nine Kontakt auf. Inzwischen untersucht Chakotay die anderen Fluchtmöglichkeiten. Jedoch entpuppen sich diese als Fallen. Wenig später verhandelt Janeway mit der Denkfabrik über eine Passage durch den Raum der Hazari. Während der Verhandlung wird die ''Voyager'' erneut von den Hazari angegriffen und kann sich verteidigen. Nachdem die Verhandlungen scheitern, schießt man ein angreifendes Schiff der Hazari kampfunfähig und er untersucht es anschließend mit Janeway. Sie entdecken, dass die Hazari beauftragt wurden. Der Doktor rekonstruiert den Verhandlungspartner der Hazari und es stellt sich heraus, dass es Kurros war. Daraufhin besprechen die Führungsoffiziere und [[Y'Sek]] einen Plan, die Denkfabrik aufzuspüren. Man kommt überein, Seven of Nine an Bord der Denkfabrik zu bringen, damit diese aus dem Subraum auftauchen muss. Dieser Plan gelingt und Seven of Nine kann gerettet werden. ({{VOY|Die Denkfabrik}})
Nachdem Torres in einem Wutanfall die Holokamera des Doktors zerstört, schickt er sie zu Tuvok, um von ihm zu lernen, ihre Emotionen zu kontrollieren. Bald darauf reagiert man auf den Notruf eines malonischen Müllfrachters und beamt zwei Überlebende an Bord. Anschließend arbeitet man einen Plan aus, wie man eine Explosion des Frachters und eine damit verbundene Verseuchung des Sektors verhindern kann. Dazu stellt Chakotay ein Außenteam zusammen, dass auf den Frachter beamt. Als Torres bei der Einsatzbesprechung die Malon wegen ihrer Abfallentsorgung beleidigt, stellt Chakotay sie zur Rede und fordert sie auf diplomatisch zu sein. Nachdem ein Deck nicht entlüftet werden kann, begibt sich der Malon Pelk auf ein kontaminiertes Deck, um den Schaden zu reparieren. Dabei wird er jedoch von einem Unbekannten angegriffen und schwer verletzt. Mit letzter Kraft kann er sich vom Deck schleppen und wird von Chakotay und Neelix entdeckt, stirbt aber Augenblicke später. Daraufhin lässt Chakotay den Leichnam auf die ''Voyager'' beamen und veranlasst eine Autopsie. Anschließend geht er mit [[Fesek]] nach oben, um die Arbeit zu erledigen. Dabei zeigen sich bei Torres Symptome einer Thetastrahlenvergiftung, weshalb Chakotay ihr befiehlt mit Fesek zur Krankenstation zu gehen und sich behandeln zu lassen. Anschließend dekontaminieren sie Deck für Deck. Als sich plötzlich die Luftschleusen auf dem falschen Deck öffnen, müssen sie rasch über eine Leiter fliehen. Dabei wird Chakotay von einem umherfliegenden Metallteil getroffen und bewusstlos. Jedoch kann ihn Harry Kim rechtzeitig herausbeamen. Nachdem Torres die Außenmission erfolgreich abgeschlossen hat, lobt Chakotay sie für ihre emotionale Kontrolle. ({{VOY|Verheerende Gewalt}})
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