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Wenig später strandet die ''Voyager'' auf einer [[Subraumsandbank]] und Chakotay meldet dies dem Captain. Auch gelangen Angehörige einer photonischen Lebensform an Bord, die das Holodeck für die Realität hält und in Kämpfe mit dem Hologramm [[Chaotica]] gerät. Während Janeway, letztlich erfolgreich, versucht Chaoticas Geheimwaffe zu neutralisieren, hat Chakotay das Kommando über die Brücke. ({{VOY|Chaoticas Braut}})
Nachdem ein Shuttle mit Tuvok und Paris verschwindet, leitet man auf der USS ''Voyager'' eine Suchaktion ein. Chakotay übernimmt dabei die taktische Station. Später meldet er Captain Janeway die Ergebnisse der Sensorenscans des Planeten innerhalb des [[Subraumabflussloch|Subraumabflusslochs]]. Nachdem man einen Weg gefunden hat, die Insassen zu bergen, bereitet er den Transport vor. In letzter Minute gelingt es das Außenteam und Nos an Bord zu beamen. ({{VOY|Schwere}})
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