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Vor den ersten Verhandlungen mit den [[Drayaner]]n, informiert er Janeway über Neelix' Informationen über die Drayaner. Anschließend empfängt er die drayanische Delegation im Transporterraum und führt sie mit dem Captain durch das Schiff. Nachdem die ''Voyager'' plötzlich zum Abflug aufgefordert wird, kann Tuvoks Shuttle nicht erreicht werden. Nachdem sich Janeway entschließt, entgegen den Forderungen der Drayaner, zu einem Mond zu fliegen, um das vermisste Shuttle zu bergen, übernimmt er das Kommando auf der ''Voyager''. ({{VOY|Unschuld}})
Nachdem die ''Voyager'' die [[Heimatwelt der Kohl]] erreicht, erkennt Chakotay, dass der gesamte Planet vereist ist. Nachdem Harry einen Notruf empfängt, fragt er erneut nach Lebenszeichen auf dem Planeten. Jedoch kann Harry immer noch keine orten und meint, dass es ein automatisches Notsignal sein muss. Nachdem man mehrere Überlebende in Stasiskapseln entdeckt, besprechen die Führungsoffiziere was zu tun ist. Chakotay schlägt vor, die Überlebenden sofort aus den Kapseln zu holen. Dem widerspricht jedoch der Doktor, da dies zu schweren Hirnschäden bei den Insassen führen würde. Er stimmt Tuvoks Vorschlag in die Kapseln zu gehen, um mit den Fremden Kontakt aufzunehmen zu. Nachdem die Boten, Harry und B'Elanna von der Illusion [[Der Clown|eines Clowns]] gefangen genommen werden, nimmt er an einer Besprechung der Führungsoffiziere teil. ({{VOY|Das Ultimatum}})
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