Er wächst in einer [[Kolonie]] nahe der [[Cardassianische Union|cardassianischen Grenze]] auf, wo auch andere Mitglieder seines [[Stamm]]es, des [[Kautschukbaumvolk]]es, leben. ({{VOY|Tattoo}})

Als Junge kümmert er sich um seinen [[~/Person/VOY/5x19/1|Großvater]], der unter [[Halluzination]]en leidet, welche durch einen [[DNA|Gen]]defekt ausgelöst sind. Der Gendefekt kann bei Chakotay noch vor seiner [[Geburt]] unterdrückt werden, später jedoch wird er von Wesen aktiviert, die versuchen, mit der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] in [[Erstkontakt|Kontakt]] zu treten. ({{VOY|Der Fight}})