Änderungen
→Delta-Quadrant
Im Delta-Quadranten müssen er und seine Crew mit [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|der]] der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] wegen hoher Verluste an Menschenleben und der Zerstörung des Maquisschiffes durch die [[Kollision]] mit einem [[Kazon]]-Kreuzer zusammenarbeiten, um einen Weg zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en zu finden.
Chakotay willigt ein, dass seine Crew auf der ''Voyager'' dienen soll, eine andere Wahl hat er kaum. Er selbst wird [[Erster Offizier]] auf der ''Voyager''. Er ist der einzige Marquis, der in seiner Vergangenheit Starfleet- und Kommando-Erfahrung hat ({{VOY|Die Parallaxe}}). Janeway zumindest erwähnt das, als Chakotay mit ihr die Position des Chefingenieur bespricht und [[B'Elanna|B'Elanna Torres]] vorschlägt. Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] hat, so wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains. Dies zeigt sich insbesondere darin, dass er seine wilde Natur aus dem ersten Jahr mit der Episode {{VOY|Der Zeitstrom}} endgültig verliert. Zuvor hat er seine grauen Haare behalten, aber nach und nach seine Person dem Bild eines Ersten Offiziers angeglichen. Seitdem spielt er eine Rolle, die in ein Triumvirat passt (wie z.B. Kirk, Spock, McCoy). Der Dritte in diesem Triumvirat ist [[Tuvok]], welcher mit seiner Logik beide auf dem Boden der Tatsachen zurück holt.
{{alt|In einer [[Alternative Zeitlinie|alternativen Zeitlinie]] übernimmt Chakotay [[2378]], nachdem [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] zu Beginn des [[Jahr der Hölle|Jahres der Hölle]] getötet worden ist, das Kommando über die ''Voyager'' und wird zu ihrem [[Captain]]. ({{VOY|Temporale Sprünge}})}}
[[2378]] kommen sich [[Seven of Nine]] und Chakotay näher. Im selben Jahr kehren Chakotay und die ''Voyager'' mithilfe eines [[Transwarpzentrum]]s der [[Borg]] zurück in den Alpha-Quadranten. ({{VOY|Endspiel, Teil I|Endspiel, Teil II}})