Die ''Enterprise'' entdeckt im Weltraum auf ein altes Schiff von der Erde, auf dem man 72 Menschen im Kälteschlaf findet. Da eine Kammer eine Fehlfunktion aufweist, weckt man den Insassen, der sich Khan Noonien Singh vorstellt. Dieser will sich mit dem 23. Jahrhundert vertraut machen und beginnt die Schiffsbibliothek zu studieren. Spock hegt bald den Verdacht, dass diese Menschen zu den Übermenschen gehören, die im 20. Jahrhundert durch genetische Experimente geschaffen wurden, die Macht an sich rissen und in den eugenischen Kriegen besiegt wurden. Die Historikerin Marla McGivers ist von Khan fasziniert und verfällt ihm rasch. Gemeinsam beamen sie auf die ''Botany Bay'' und erwecken die restlichen Übermenschen. Diese übernehmen die Kontrolle über die ''Enterprise'' und Khan befiehlt die Hinrichtung Kirks. Dieser wird von McGivers jedoch gerettet und kann den Raum, in dem sich die Übermenschen befinden , mit Betäubungsgas fluten. Khan kann jedoch entkommen und dringt in den Maschinenraum ein. Dort verursacht er eine PberlastungÜberlastung. Jedoch schafft Kirk es, ihn niederzuschlagen und die ''Enterprise'' zu retten. Anschließend wird eine Gerichtsverhandlung gegen Khan und McGivers anberaumt. Kirk bietet ihnen an, sie auf einem bewohnbaren, aber ungastlichen Planeten auszusetzen und im Gegenzug alle Anklagepunkte fallen zu lassen. Khan ist damit einverstanden und auch McGivers zieht das Exil einem Kriegsgericht vor.