Inzwischen erleiden die Xindi bei der Entwicklung der Waffe einige Rückschläge und ein ganzer Laborkomplex wird dabei zerstört. Für den Fall, dass der Plan scheitern sollte, die Menschheit mit der Superwaffe und der anschließenden Jagd zu vernichten, bereiten die Reptilianer einen Ausweichplan vor, der auf eine [[Biogene Waffe|biologische Waffe]] abzielt. Allerdings stimmt der Xindi-Rat gegen den Vorschlag von Dolim. Doch dies hält die Reptilianer nicht davon ab , ihre Pläne um zusetzenumzusetzen. Hierzu fingieren die Reptilianer gemeinsam mit den [[Xindi-Insektoid|insektoiden Xindi]] einen Vorfall auf einem [[Sklave]]nmarkt, welchen die ''Enterprise'' auf ihrer zweiten Station besucht, um einer Spur nachzugehen. Eine vermeintlich hilfsbedürftige Sklavin lässt sich von Archer und Reed retten und auf die ''Enterprise'' bringen, wo sie sich als [[Rajiin]] vorstellt. Sie verfügt über [[telepath]]ische Fähigkeiten, mit denen sie biometrische Daten der Crew sammelt. Als sie auffliegt und von der ''Enterprise''-Crew in den [[Arrest]] gesperrt wird, kommen die Xindi mit einigen Schiffen und greifen die ''Enterprise'' an. Trotz des Kampfeinsatzes der MACO gelingt es den Xindi Rajiin mit zu nehmen und ihre gesammelten Daten auszuwerten. Zu Dolims Überraschung ist der Xindi-Rat verärgert, dass die Reptilianer so diese Daten gesammelt haben. Der Rat beschließt darauf, diese Biowaffe nicht einzusetzen und auch jegliche Forschung in diese Richtung auszusetzen. ({{ENT|Rajiin}})

Einige Zeit darauf entdeckt die ''Enterprise'' das vermisste vulkanische Schiff [[Seleya|''Seleya'']]. Dies ist jenes Schiff nachdem , nach dem die ''Vaankara'' gesucht hat. Das Schiff befindet sich treibend in einem [[Asteroidengürtel]], welches ein hohen Trellium-D-Vorkommen hat. Durch den Einfluss des Trellium-D sind die [[Nerv]]enbahnen der Vulkanier beschädigt worden und in Folge dessen haben diese die Kontrolle über ihre Emotionen verloren. Die Vulkanier an Bord sind nur noch mörderische, aggressive Kreaturen, welche nun das Außenteam der ''Enterprise'' umbringen wollen. Dem außenteamAußenteam, welche das eigentlich die Vulkanier retten wollten wollte, gelingt im letzten Moment die Flucht von der ''Seleya''. Wenig später wird die ''Seleya'' durch die ihre schweren Schäden zerstört und alle Vulkanier an Bord kommen dabei ums Leben. ({{ENT|Impulsiv}})

Wenig später die ''Enterprise'' auf einem verlassenen Planeten ein im Exil lebendes Wesen mit Namen [[Tarquin]], welches der Besatzung bei ihrer Mission seine Hilfe anbietet. Zu diesem Zweck bleibt [[Ensign]] [[Hoshi Sato]] bei dem Wesen, während die ''Enterprise'' weitere Nachforschungen einer nahegelegenen Sphäre unternimmt. Archer und Tucker gelingt es die Sphäre zu untersuchen. Inzwischen versucht Tarquin Sato zu überzeugen für immer bei ihn zu bleiben. Doch Sato möchte zurück auf die ''Enterprise''. Da Tarquin nicht möchte, dass Sato auf dieser Mission etwas geschiet geschieht, weist Tarquin ihnen den Weg zu einer [[Kolonie]] der [[Xindi-Arborealer|aborealen arborealen Xindi]], auf der ein für den Bau der Superwaffe benötigtes Material namens [[Kemocit]] raffineriert raffiniert wird. ({{ENT|Exil}})